PDB-9cmz: Crystal Structure of Cdk-related protein kinase 6 (PK6) from Plas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9cmz

タイトル

Crystal Structure of Cdk-related protein kinase 6 (PK6) from Plasmodium falciparum in complex with inhibitor KG2-051

要素

Protein kinase 6

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Protein kinase 6 / Plasmodium falciparum / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

mediator complex / [RNA-polymerase]-subunit kinase / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Cdk-related protein kinase 6 (PK6) from Plasmodium falciparum in complex with inhibitor KG2-051
著者: Seibold, S. / Lovell, S. / Mian, M.R.

履歴

登録	2024年7月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9cmz.cif.gz	353.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9cmz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9cmz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/9cmz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/9cmz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein kinase 6

B: Protein kinase 6

C: Protein kinase 6

ヘテロ分子

109 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Protein kinase 6

B: Protein kinase 6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
73 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Protein kinase 6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.539, 99.428, 78.148
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.78, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Protein kinase 6 分子量: 35847.383 Da / 分子数: 3 / 変異: C44N, C53R, C222N, K237A, K86A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 遺伝子: PF3D7_1337100 / プラスミド: PlfaA.01252.a.A13 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8IDW1, cyclin-dependent kinase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-A1AZE / (4-{[5-chloro-4-(5-chlorothiophen-2-yl)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)[4-(pyrrolidin-1-yl)piperidin-1-yl]methanone 分子量: 502.459 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₅Cl₂N₅OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.3 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Berkeley F7: 20% (w/v) PEG MME 5000, 100 mM Tris pH 8.5, 200 mM lithium sulfate. PlfaA.01252.a.A13.PW39218 at 15.9 mg/mL. His tag cleaved with 3C protease. 2mM KG2-051 added prior to ...詳細: Berkeley F7: 20% (w/v) PEG MME 5000, 100 mM Tris pH 8.5, 200 mM lithium sulfate. PlfaA.01252.a.A13.PW39218 at 15.9 mg/mL. His tag cleaved with 3C protease. 2mM KG2-051 added prior to crystallization. plate SS CloverBook4_pg5, Cryo: 80% crystallant + 20% PEG200.

結晶

マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.3 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Berkeley F7: 20% (w/v) PEG MME 5000, 100 mM Tris pH 8.5, 200 mM lithium sulfate. PlfaA.01252.a.A13.PW39218 at 15.9 mg/mL. His tag cleaved with 3C protease. 2mM KG2-051 added prior to ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月30日
放射	モノクロメーター: HELIOS MULTILAYER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→44.4 Å / Num. obs: 42580 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 11.6 % / CC_1/2: 0.987 / R_merge(I) obs: 0.122 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.127 / Χ²: 1.13 / Net I/σ(I): 18.8 / Num. measured all: 494144
反射シェル	解像度: 2.45→2.54 Å / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.3 % / R_merge(I) obs: 1.894 / Num. measured all: 45821 / Num. unique obs: 4470 / CC_1/2: 0.698 / R_pim(I) all: 0.602 / R_rim(I) all: 1.99 / Χ²: 0.93 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_5383	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.45→34.66 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2553	2094	4.93 %
R_work	0.2196	-	-
obs	0.2214	42504	99.03 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→34.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6682	0	118	26	6826

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	6940
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.973	9390
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.282	2552
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1068
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1157

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.45-2.51	0.4183	142	0.3511	2697	X-RAY DIFFRACTION	99
2.51-2.57	0.3826	130	0.3181	2687	X-RAY DIFFRACTION	99
2.57-2.64	0.38	137	0.3113	2695	X-RAY DIFFRACTION	99
2.64-2.72	0.3781	126	0.3296	2667	X-RAY DIFFRACTION	99
2.72-2.8	0.3671	177	0.2925	2663	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8-2.9	0.3415	136	0.2935	2669	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9-3.02	0.3848	126	0.2891	2698	X-RAY DIFFRACTION	99
3.02-3.16	0.3227	142	0.2711	2659	X-RAY DIFFRACTION	99
3.16-3.32	0.2628	144	0.2579	2690	X-RAY DIFFRACTION	99
3.32-3.53	0.3088	145	0.2324	2662	X-RAY DIFFRACTION	98
3.53-3.81	0.2536	163	0.1974	2672	X-RAY DIFFRACTION	99
3.81-4.19	0.2185	129	0.1863	2694	X-RAY DIFFRACTION	99
4.19-4.79	0.1695	115	0.1512	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
4.79-6.03	0.2099	135	0.1866	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
6.03-34.66	0.1971	147	0.1961	2757	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9486	0.4671	-0.2942	1.5728	-0.8335	3.4064	0.0751	0.6192	-0.1472	-0.1482	-0.0124	0.1098	0.1563	0.5135	-0.1145	0.4012	0.1202	-0.0852	0.952	-0.1519	0.4649	-1.3501	-4.8519	-43.7766
2	3.976	0.6929	-1.2769	2.7348	0.097	4.7113	0.1783	0.3597	-0.1568	0.02	0.0173	-0.1391	-0.1916	0.9648	-0.1254	0.3772	0.0906	-0.0501	0.9761	-0.0086	0.3678	5.421	-4.1253	-28.7718
3	4.6294	-0.2662	-1.2481	3.9292	0.7612	4.3457	0.3707	1.0745	0.6032	-0.5457	0.1644	0.0282	-0.5738	0.4243	-0.5341	0.6813	-0.1414	-0.1032	0.9724	0.0591	0.409	7.2877	11.3484	-24.8966
4	3.0505	0.4141	1.1073	1.8011	1.3877	5.2034	0.2222	-0.2581	0.2492	0.1489	-0.1269	-0.1256	-0.1944	0.603	-0.0857	0.4395	0.0323	-0.0049	0.7985	0.0007	0.3495	4.91	3.9643	-12.5065
5	3.6379	2.2817	-0.0111	1.8644	1.0638	3.1633	-0.1865	-0.0517	0.1974	-0.2913	-0.1386	0.2009	-0.0531	-0.2963	0.4058	0.3524	0.2171	-0.068	1.0848	-0.0088	0.438	15.9384	5.6863	-64.783
6	5.3242	0.046	0.722	1.4212	-1.2201	2.4989	-0.1523	-0.1993	0.1557	0.0193	0.199	0.0393	-0.1859	-0.7473	-0.023	0.3655	0.1318	-0.0188	0.6573	-0.1207	0.3422	28.8511	6.7891	-56.4864
7	1.9868	-1.4989	-0.0429	2.1406	-0.4302	1.6231	-0.2642	-0.1843	-0.3207	-0.0249	0.2884	0.3122	0.3113	-0.1904	-0.116	0.2597	0.0505	-0.0191	0.4951	-0.0166	0.4601	40.7365	-3.7375	-52.5126
8	4.1487	-1.003	1.3621	2.2644	-0.3464	4.6334	-0.2331	-0.5108	0.0097	0.216	0.0609	-0.2385	-0.1179	0.4967	0.2122	0.2884	0.0428	-0.0705	0.6388	-0.0624	0.4324	51.5149	-1.3994	-49.1976
9	3.6773	-0.9256	-0.6455	1.8519	-0.8539	2.5397	0.1148	0.4646	0.2241	-0.2488	-0.0893	-0.2769	-0.0376	0.309	0.004	0.7649	0.051	0.0989	0.4457	0.0717	0.5458	48.7348	4.4365	-11.0302
10	2.0418	-0.3075	-1.3539	3.2588	-1.4825	4.9284	0.1369	-0.1285	-0.0836	-0.3838	0.0207	-0.1766	0.3172	0.4332	-0.1035	0.5855	0.0052	0.1127	0.3231	-0.0913	0.6061	44.0864	-16.892	2.1444

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 116 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 117 through 173 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 174 through 194 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 195 through 294 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 4 through 51 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 52 through 174 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 175 through 211 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 212 through 296 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 4 through 164 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 165 through 295 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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