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- PDB-9cmw: The cryo-EM structure of BamACDE complex from Neisseria gonorrhoeae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cmw
タイトルThe cryo-EM structure of BamACDE complex from Neisseria gonorrhoeae
要素
  • Outer membrane protein assembly factor BamA
  • Outer membrane protein assembly factor BamD
  • Outer membrane protein assembly factor BamE
  • Outer membrane protein assembly factor bamC
キーワードMEMBRANE PROTEIN / beta barrel assembly machinery / BAM complex / outer membrane protein / Neisseria / Neisseria gonnorhoeae / protein folding / beta barrel membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane / protein-macromolecule adaptor activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamC, C-terminal / NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamE / Lipoprotein SmpA/OmlA / Outer membrane protein assembly factor BamE domain / Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane lipoprotein BamD-like / Outer membrane lipoprotein / BamE-like ...NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamC, C-terminal / NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamE / Lipoprotein SmpA/OmlA / Outer membrane protein assembly factor BamE domain / Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane lipoprotein BamD-like / Outer membrane lipoprotein / BamE-like / Outer membrane protein assembly factor BamA / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / Surface antigen D15-like / POTRA domain / POTRA domain profile. / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein assembly factor BamA / Outer membrane protein assembly factor BamE / Lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamD
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae FA 1090 (淋菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Billings, E.M. / Noinaj, N.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
American Heart Association909066 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM132024 米国
Simons FoundationSF349247 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM129539 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM127884 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Structural insights into outer membrane protein biogenesis in pathogenic Neisseria.
著者: Evan Billings / Zixing Fan / Moloud Aflaki Sooreshjani / James C Gumbart / Nicholas Noinaj /
要旨: N. gonorrhoeae (Ngo) causes the sexually transmitted infection gonorrhea with ∼106 million infections worldwide annually. Ngo infections can result in an increased risk of acquiring HIV, ...N. gonorrhoeae (Ngo) causes the sexually transmitted infection gonorrhea with ∼106 million infections worldwide annually. Ngo infections can result in an increased risk of acquiring HIV, infertility, and blindness. To combat Ngo infections, we report the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of the Ngo β-barrel assembly machinery (NgBAM), which is responsible for the biogenesis of β-barrel outer membrane proteins (OMPs). NgBAM was observed in an inward-open state; however, the polypeptide transport-associated (POTRA) domains more closely match those found in the outward-open state in E. coli β-barrel assembly machinery (BAM). The barrel seam of NgBamA consists of partial pairing of strand β1 with β16; no outward-open state of NgBAM was observed. Molecular dynamics (MD) simulations reveal unique overall dynamics and interplay between the POTRA domains of NgBamA and NgBamD. We propose that in Ngo, initial recognition occurs in the inward-open state where the last strand of the OMP partially pairs with β1 of NgBamA and must compete off β16.
履歴
登録2024年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月3日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月3日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月3日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月3日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月3日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年9月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.22025年9月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein assembly factor BamA
C: Outer membrane protein assembly factor bamC
D: Outer membrane protein assembly factor BamD
E: Outer membrane protein assembly factor BamE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,4244
ポリマ－177,4244
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein assembly factor BamA


分子量: 88025.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The endogenous signal sequence in the NgBamA gene was replaced by the pelB signal sequence, which is cleaved in the mature protein
由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae FA 1090 (淋菌)
株: FA1090 / 遺伝子: bamA, NGO_1801 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7Express / 参照: UniProt: Q5F5W8
#2: タンパク質 Outer membrane protein assembly factor bamC


分子量: 41946.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The endogenous lipidation signal sequence was replaced with the lipidation signal sequence from E. coli BamB
由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae FA 1090 (淋菌)
株: FA1090 / 遺伝子: NGO_0948 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7Express / 参照: UniProt: Q5F848
#3: タンパク質 Outer membrane protein assembly factor BamD


分子量: 31535.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The endogenous lipidation signal sequence was replaced with the lipidation signal sequence from E. coli BamB
由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae FA 1090 (淋菌)
株: FA1090 / 遺伝子: bamD, NGO_0277 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7Express / 参照: UniProt: Q5F9W0
#4: タンパク質 Outer membrane protein assembly factor BamE


分子量: 15915.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The endogenous lipidation signal sequence was replaced with the lipidation sequence sequence from E. coli BamB. the C-terminus contains a 10x histadine tag.
由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae FA 1090 (淋菌)
株: FA1090 / 遺伝子: bamE, NGO_1780 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7Express / 参照: UniProt: Q5F5Y8
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: NgBamACDE / タイプ: COMPLEX
詳細: beta barrel assembly machnery complex from Neisseria gonorrhoeae
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 183 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 株: FA1090
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: T7Express
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 1xPBS pH 7.5, with 0.01% LMNG
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1137 mMsodium chlorideNaCl1
22.7 mMpotassium chlorideKCl1
310 mMsodium phosphateNa2HPO41
41.8 mMpotassium phosphateKH2PO41
50.01 %lauryl maltose neopentyl glycolLMNG1
試料濃度: 4.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Sample used directly after purification over a Superdex200 size exclusion chromatography column.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R3.5/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blot force of 2, blot time of 15 seconds.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 9700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2230 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 0.03 sec. / 電子線照射量: 41.87 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10825
詳細: Data was collected at the National Center for Cryo-EM Access and Training, using one of the Titan Krios (Elizabeth).
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 11520 / 縦: 8184

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC3.2粒子像選択
2Leginon画像取得
4cryoSPARC3.2CTF補正patch motion and CTF correction
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
11cryoSPARC3.2分類
12cryoSPARC3.2３次元再構成
13PHENIXモデル精密化Real space refine
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4552267
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 95431 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Chain-ID: A / PDB chain-ID: A / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDAccession codeInitial refinement model-ID
14K3B

4k3b

4K3B1
25WAQ

5waq

5WAQ2
35WAM

5wam

5WAM3
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0029252
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.54512515
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.1031276
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041357
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031639

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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