[日本語] English
万見
- PDB-9cmt: The crystal structure of HP1alpha CSD-Agno complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cmt
タイトルThe crystal structure of HP1alpha CSD-Agno complex
要素
  • Agnoprotein
  • Chromobox protein homolog 5
キーワードVIRAL PROTEIN / heterochromatin protein 1 alpha / Agnoprotein / JC polyomavirus / dimerization
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell rough endoplasmic reticulum membrane / host cell nuclear membrane / chromocenter / histone H3K9me2/3 reader activity / Transcriptional Regulation by E2F6 / : / histone methyltransferase complex / pericentric heterochromatin / site of DNA damage / histone deacetylase complex ...host cell rough endoplasmic reticulum membrane / host cell nuclear membrane / chromocenter / histone H3K9me2/3 reader activity / Transcriptional Regulation by E2F6 / : / histone methyltransferase complex / pericentric heterochromatin / site of DNA damage / histone deacetylase complex / ribonucleoprotein complex binding / heterochromatin / transcription repressor complex / SUMOylation of chromatin organization proteins / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / kinetochore / histone deacetylase binding / nuclear envelope / heterochromatin formation / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / protein-macromolecule adaptor activity / DNA-binding transcription factor binding / chromosome, telomeric region / ribonucleoprotein complex / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / protein-containing complex binding / nucleolus / host cell plasma membrane / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
Polyomavirus agnoprotein / Polyomavirus agnoprotein / Chromo shadow domain / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain / : / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain ...Polyomavirus agnoprotein / Polyomavirus agnoprotein / Chromo shadow domain / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain / : / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F6Z / Agnoprotein / Chromobox protein homolog 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
JC polyomavirus (JC ポリオーマウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Goldgur, Y. / Xie, W. / Schaefer, U. / Tarakhovsky, A. / Patel, D. / Chen, S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM129430 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM124165 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Chromatin mimicry by human JC virus.
著者: Schaefer, U. / Miroshnikova, Y.A. / Xie, W. / Larson, A.G. / Lu, Z. / Chen, S. / Bradic, M. / Goldgur, Y. / Chen, K. / Sharma, V.P. / Cao, J. / Patel, D.J. / Narlikar, G.J. / Wickstrom, S.A. / Tarakhovsky, A.
履歴
登録2024年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Chromobox protein homolog 5
B: Chromobox protein homolog 5
C: Agnoprotein
D: Chromobox protein homolog 5
E: Chromobox protein homolog 5
F: Agnoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0558
ポリマ－33,3026
非ポリマー7532
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.961, 112.961, 154.687
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 114 through 176)
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1(chain "D" and resid 114 through 176)
d_4ens_1(chain "E" and resid 114 through 176)
d_1ens_2chain "C"
d_2ens_2chain "F"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ALAALAALAALAAA114 - 1763 - 65
d_21ens_1ALAALAALAALABB114 - 1763 - 65
d_31ens_1ALAALAALAALADD114 - 1763 - 65
d_41ens_1ALAALAALAALAEE114 - 1763 - 65
d_11ens_2ARGARGSERSERCC2 - 171 - 16
d_12ens_2F6ZF6ZF6ZF6ZCG101
d_21ens_2ARGARGSERSERFF2 - 171 - 16
d_22ens_2F6ZF6ZF6ZF6ZFH101

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.28042773248, -0.34872893191, 0.894286541834), (-0.449007083696, -0.871110859572, -0.198893210358), (0.848382534973, -0.345765820151, -0.400865403806)11.7743225982, 72.7669942878, 15.7908852162
2given(-0.604524532809, 0.345710740476, 0.717658813888), (0.670354575568, -0.265896626044, 0.692765275742), (0.430319453717, 0.899879474251, -0.0710077430664)-3.9000777502, 38.6119274856, -42.6862631899
3given(0.286668526173, -0.308829362016, -0.906887854841), (0.895083842014, -0.251127982119, 0.368455767171), (-0.341534876502, -0.917365337122, 0.204437683366)24.5680545096, 38.1190850227, 27.4232019279
4given(-0.708901132986, 0.634865896222, 0.307253116283), (-0.223983964324, -0.615720392282, 0.755459848207), (0.668797702879, 0.466726571284, 0.578684663941)-9.37944282615, 61.0879953002, -37.5194525877

-
要素

#1: タンパク質
Chromobox protein homolog 5 / Antigen p25 / Heterochromatin protein 1 homolog alpha / HP1 alpha


分子量: 7392.421 Da / 分子数: 4 / 変異: C133S, T145S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBX5, HP1A
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P45973
#2: タンパク質・ペプチド Agnoprotein / Agno


分子量: 1866.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) JC polyomavirus (JC ポリオーマウイルス)
参照: UniProt: P03086
#3: 化合物 ChemComp-F6Z / 3',6'-DIHYDROXY-3-OXO-3H-SPIRO[2-BENZOFURAN-1,9'-XANTHENE]-5-CARBOXYLIC ACID / FAM[色素]


分子量: 376.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H12O7
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 7.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 83.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1 uL protein solution (about 10 mg/ml) and 1 uL reservoir solution containing 0.01 M NiCl2, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, and 20% PEG2000MME (v/v)
PH範囲: 8.5 / Temp details: ambient

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.17→30 Å / Num. obs: 17508 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 113.24 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rpim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 40.8
反射 シェル解像度: 3.17→3.25 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 863 / CC1/2: 0.831 / Rpim(I) all: 0.645

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.17→29.84 Å / SU ML: 0.4836 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.7218
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2861 1734 9.99 %
Rwork0.2479 15619 -
obs0.2518 17353 98.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 117.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.17→29.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2315 0 54 0 2369
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01092419
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.47423263
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0796347
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0101407
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.9948310
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.38419011412
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.65008402449
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.60407145331
ens_2d_2CCX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS6.10863024093
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.17-3.270.40741350.38191212X-RAY DIFFRACTION94.26
3.27-3.370.34741430.36141289X-RAY DIFFRACTION99.24
3.37-3.490.50461400.36991257X-RAY DIFFRACTION99.43
3.49-3.630.33531450.32941305X-RAY DIFFRACTION99.45
3.63-3.80.31051430.28691277X-RAY DIFFRACTION99.44
3.8-40.33441420.281287X-RAY DIFFRACTION98.96
4-4.250.30191380.26971266X-RAY DIFFRACTION98.25
4.25-4.570.23381470.21241316X-RAY DIFFRACTION99.12
4.57-5.030.24571450.19641302X-RAY DIFFRACTION99.66
5.04-5.750.25861470.22091328X-RAY DIFFRACTION99.86
5.76-7.230.2931500.28041351X-RAY DIFFRACTION99.93
7.24-29.840.26661590.21211429X-RAY DIFFRACTION99.75

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る