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万見
- PDB-9cml: Crystal structure of p110alpha-RAS binding domain (RBD) in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cml
タイトルCrystal structure of p110alpha-RAS binding domain (RBD) in complex with molecular glue D223
要素Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
キーワードSIGNALING PROTEIN / RAS / PI3Kalpha / p110alpha / PIK3CA / RBD / glue / D223 / oncoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


response to muscle inactivity / negative regulation of actin filament depolymerization / regulation of actin filament organization / response to L-leucine / response to butyrate / IRS-mediated signalling / autosome genomic imprinting / phosphatidylinositol 3-kinase complex / PI3K events in ERBB4 signaling / cellular response to hydrostatic pressure ...response to muscle inactivity / negative regulation of actin filament depolymerization / regulation of actin filament organization / response to L-leucine / response to butyrate / IRS-mediated signalling / autosome genomic imprinting / phosphatidylinositol 3-kinase complex / PI3K events in ERBB4 signaling / cellular response to hydrostatic pressure / regulation of cellular respiration / Activated NTRK2 signals through PI3K / negative regulation of fibroblast apoptotic process / Activated NTRK3 signals through PI3K / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IB / positive regulation of protein localization to membrane / vasculature development / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / Co-stimulation by ICOS / cardiac muscle cell contraction / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / Nephrin family interactions / anoikis / Signaling by LTK in cancer / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / relaxation of cardiac muscle / Signaling by LTK / MET activates PI3K/AKT signaling / PI3K/AKT activation / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / vascular endothelial growth factor signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / Signaling by ALK / PI-3K cascade:FGFR3 / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / negative regulation of macroautophagy / response to dexamethasone / PI-3K cascade:FGFR2 / phosphatidylinositol-mediated signaling / PI-3K cascade:FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR1 / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / energy homeostasis / RET signaling / negative regulation of anoikis / PI3K events in ERBB2 signaling / insulin receptor substrate binding / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / PI3K Cascade / intercalated disc / protein kinase activator activity / regulation of multicellular organism growth / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / positive regulation of TOR signaling / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / RAC2 GTPase cycle / Interleukin receptor SHC signaling / Role of phospholipids in phagocytosis / GAB1 signalosome / adipose tissue development / phagocytosis / endothelial cell migration / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / Signaling by FGFR4 in disease / positive regulation of lamellipodium assembly / cardiac muscle contraction / GPVI-mediated activation cascade / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / Signaling by FGFR3 in disease / Tie2 Signaling / response to muscle stretch / Signaling by FGFR2 in disease / RAC1 GTPase cycle / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Signaling by FGFR1 in disease / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / Downstream signal transduction / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / Regulation of signaling by CBL / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / response to activity / cellular response to glucose stimulus / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / liver development / Signaling by SCF-KIT / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by ERBB2 KD Mutants / platelet activation / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / VEGFA-VEGFR2 Pathway / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cellular response to insulin stimulus / glucose metabolic process
類似検索 - 分子機能
PI3Kalpha, catalytic domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain ...PI3Kalpha, catalytic domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Czyzyk, D.J. / Simanshu, D.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)75N91019D00024 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Molecular glues that facilitate RAS binding to PI3K alpha promote glucose uptake without insulin.
著者: Terayama, K. / Furuzono, S. / Fer, N. / Yan, W. / Young, L.C. / Czyzyk, D.J. / Goldstein de Salazar, R. / Sasaki, M. / Uozumi, A. / Konishi, M. / Kanda, S. / Sogawa, Y. / Yamaguchi, M. / ...著者: Terayama, K. / Furuzono, S. / Fer, N. / Yan, W. / Young, L.C. / Czyzyk, D.J. / Goldstein de Salazar, R. / Sasaki, M. / Uozumi, A. / Konishi, M. / Kanda, S. / Sogawa, Y. / Yamaguchi, M. / Tsuji, T. / Kuroyanagi, J. / Hayashi, M. / Ogura, Y. / Simanshu, D.K. / Kubota, K. / Tanaka, J. / McCormick, F.
履歴
登録2024年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
B: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1664
ポリマ－33,0032
非ポリマー1,1632
水3,369187
1
A: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0832
ポリマ－16,5011
非ポリマー5821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0832
ポリマ－16,5011
非ポリマー5821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.041, 91.173, 47.944
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform / PI3-kinase subunit alpha / PI3K-alpha / PI3Kalpha / PtdIns-3-kinase subunit alpha / ...PI3-kinase subunit alpha / PI3K-alpha / PI3Kalpha / PtdIns-3-kinase subunit alpha / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic subunit alpha / PtdIns-3-kinase subunit p110-alpha / p110alpha / Phosphoinositide 3-kinase alpha / Phosphoinositide-3-kinase catalytic alpha polypeptide / Serine/threonine protein kinase PIK3CA


分子量: 16501.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3CA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P42336, phosphatidylinositol 3-kinase, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-A1AZD / tert-butyl [2-(2-{[(2P)-2-{4-[4-(2-amino-2-oxoethyl)-2-fluoroanilino]thieno[2,3-d]pyridazin-7-yl}phenyl]oxy}ethoxy)ethyl]carbamate


分子量: 581.658 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H32FN5O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M (TRIS/Bicine), 0.1 M amino acid mix, 50 %v/v (MPD, PEG 1000, PEG 3350)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→50 Å / Num. obs: 21190 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.961 / Rmerge(I) obs: 0.187 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 10.91
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.01-2.133.30.9291.4133280.8180.75695.4
2.13-2.283.30.5682.9732170.90497.8
2.28-2.463.20.4075.0529640.92697.7
2.46-2.73.40.3428.3527730.93398.9
2.7-3.013.40.38213.1325320.80998.9
3.01-3.480.34117.9822020.76497.9
3.48-4.253.50.15924.418870.93698.9
4.25-5.993.30.09525.7514700.97498.1
5.99-503.20.05127.048170.99796.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.1_5286: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.01→45.59 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 1070 5.07 %
Rwork0.2287 --
obs0.2312 21118 97.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→45.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2150 0 82 187 2419
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032295
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5983105
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.111883
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046337
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004377
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.01-2.10.46771310.40942405X-RAY DIFFRACTION94
2.1-2.210.34151330.33472483X-RAY DIFFRACTION98
2.21-2.350.35691340.30752484X-RAY DIFFRACTION97
2.35-2.530.35491330.29432508X-RAY DIFFRACTION98
2.53-2.790.38221380.27332534X-RAY DIFFRACTION99
2.79-3.190.3031330.24472544X-RAY DIFFRACTION99
3.19-4.020.23641300.19532531X-RAY DIFFRACTION98
4.02-45.590.21921380.18282559X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.7687 Å / Origin y: -31.4592 Å / Origin z: -12.199 Å
111213212223313233
T0.3056 Å20.0234 Å2-0.0288 Å2-0.2931 Å2-0.002 Å2--0.2463 Å2
L0.8873 °20.0444 °2-0.1141 °2-1.324 °20.0493 °2--0.5368 °2
S-0.0065 Å °-0.0275 Å °0.0525 Å °0.129 Å °0.0098 Å °-0.0254 Å °-0.0458 Å °0.034 Å °-0.0019 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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