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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9cmi | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human claudin-4 complex with Clostridium perfringens enterotoxin, sFab COP-1, and Nanobody | |||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / claudin / Fab / enterotoxin / nanobody | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 paracellular transport / positive regulation of metallopeptidase activity / calcium-independent cell-cell adhesion via plasma membrane cell-adhesion molecules / Tight junction interactions / bicellular tight junction assembly / apicolateral plasma membrane / regulation of cell morphogenesis / tight junction / positive regulation of wound healing / chloride channel activity ...paracellular transport / positive regulation of metallopeptidase activity / calcium-independent cell-cell adhesion via plasma membrane cell-adhesion molecules / Tight junction interactions / bicellular tight junction assembly / apicolateral plasma membrane / regulation of cell morphogenesis / tight junction / positive regulation of wound healing / chloride channel activity / renal absorption / chloride channel complex / bicellular tight junction / lateral plasma membrane / establishment of skin barrier / basal plasma membrane / response to progesterone / female pregnancy / circadian rhythm / transmembrane signaling receptor activity / cell-cell junction / toxin activity / cell adhesion / positive regulation of cell migration / apical plasma membrane / structural molecule activity / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å | |||||||||
データ登録者 | Vecchio, A.J. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM Structures of Clostridium perfringens Enterotoxin Bound to its Human Receptor, Claudin-4 著者: Vecchio, A.J. / Kossiakoff, A.A. / Erramilli, S.K. / Rathnayake, S.S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9cmi.cif.gz | 213.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9cmi.ent.gz | 164.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9cmi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9cmi_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9cmi_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9cmi_validation.xml.gz | 47.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9cmi_validation.cif.gz | 69.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/9cmi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/9cmi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 45749MC 9cmhC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 22234.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLDN4, CPER, CPETR1, WBSCR8 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O14493 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 33000.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Trypsin treated CpE 由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) 遺伝子: cpe / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P01558 |
-抗体 , 3種, 3分子 HKL
#3: 抗体 | 分子量: 28064.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
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#4: 抗体 | 分子量: 13175.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
#5: 抗体 | 分子量: 25794.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
-非ポリマー , 2種, 3分子
#6: 化合物 | ChemComp-AV0 / |
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#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human claudin-4 complex with Clostridium perfringens enterotoxin, sFab COP-1, and Nanobody タイプ: COMPLEX / 詳細: 5-protein complex / Entity ID: #1-#5 / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.12 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: synthetic construct (人工物) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 20 mM Hepes pH 7.4, 100 mM NaCl, and 0.003% LMNG | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 5.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: glow-discharged for 30 seconds at 20 W using a Solarus 950 (Gatan) plasma cleaner グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2100 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 70 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6774 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 5766325 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 431680 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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拘束条件 |
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