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- PDB-9cly: Crystal structure of the 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reduct... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cly
タイトルCrystal structure of the 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase, CylG, from Streptococcus agalactiae 2603V/R
要素CylG protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / fatty acid and phospholipid metabolism / NAD(P)-dependent dehydrogenase / CSBID / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / Structural Genomics / NAD(P)-binding domain-containing protein(
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Chem-NDP / CylG protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus agalactiae 2603V/R (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Maltseva, N. / Kim, Y. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of the 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase, CylG, from Streptococcus agalactiae 2603V/R
著者: Maltseva, N. / Kim, Y. / Endres, M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2024年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CylG protein
B: CylG protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8305
ポリマ－53,2702
非ポリマー1,5603
水2,774154
1
A: CylG protein
B: CylG protein
ヘテロ分子

A: CylG protein
B: CylG protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,66010
ポリマ－106,5404
非ポリマー3,1206
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1
単位格子
Length a, b, c (Å)111.518, 111.518, 102.561
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-474-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CylG protein


分子量: 26635.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae 2603V/R (バクテリア)
遺伝子: cylG, SAG0664 / プラスミド: p53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q8E0R2
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.41 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 60% Tacsimate, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→50 Å / Num. obs: 39959 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.8 % / Biso Wilson estimate: 32.39 Å2 / CC1/2: 0.988 / Net I/σ(I): 21.86
反射 シェル解像度: 2.16→2.2 Å / Num. unique obs: 1970 / CC1/2: 0.815 / Rpim(I) all: 0.253

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.16→48.29 Å / SU ML: 0.1857 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.8073
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2021 2040 5.11 %
Rwork0.1689 37881 -
obs0.1707 39921 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→48.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3699 0 101 154 3954
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00683962
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81325356
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0556617
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0066673
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.14341551
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.16-2.210.26141290.20722484X-RAY DIFFRACTION99.5
2.21-2.270.24651190.19462508X-RAY DIFFRACTION99.96
2.27-2.330.19611240.18732525X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.390.21491460.18552477X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.470.21581370.18942492X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.560.22321220.18562533X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.660.25691380.19732505X-RAY DIFFRACTION100
2.66-2.780.23111400.19432485X-RAY DIFFRACTION99.92
2.78-2.930.2211440.1942523X-RAY DIFFRACTION100
2.93-3.110.20231350.19222510X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.350.19691540.17852500X-RAY DIFFRACTION99.96
3.36-3.690.1861190.14832547X-RAY DIFFRACTION99.96
3.69-4.230.1651140.13812583X-RAY DIFFRACTION100
4.23-5.320.17961580.13352557X-RAY DIFFRACTION100
5.33-48.290.20341610.17482652X-RAY DIFFRACTION99.86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.143230141960.6741201145550.7471930395241.27065504140.3282901820191.019845816770.146844920530.274415882892-0.4039351395290.02565813949790.0954194392849-0.4737334275540.1670705845850.293616502996-0.2331605582690.2475681242230.0575534691047-0.06379383977790.296060451624-0.08095750717820.41668282388855.9031983471-64.979074061820.0821152172
23.241640669580.3543585198980.2263579550652.84775460574-1.036034840385.499701361080.01875649183020.628706110526-0.202810140207-0.4504527781270.0974993242129-0.2403674503790.4146348686040.206153201364-0.1155535915440.2390896955360.003914432494410.008969443379360.297489047853-0.06838332312770.30531511529948.1154372424-53.017386645310.363374267
37.241407680860.3151905636370.3302155362344.84551835060.090800221193.64726268266-0.0661632291794-0.3987497297980.3902549876680.354931493151-0.0839458924532-0.270329697747-0.5079267639910.2437653713790.1195866865660.336081399742-0.0711317885299-0.05492654570340.203294803143-0.02122985656960.25687252348543.2641940687-25.628614719226.2266110636
42.846467024521.01576669456-0.7504375790042.28656177539-0.4402354075631.979844942840.0289460903126-0.0003195755882910.3093526602010.0113662098758-0.03454203857880.0716544579189-0.2894231337820.03496971974470.006097408605960.219213960903-0.00804050786208-0.02808760180.1831999219150.001939893773920.17427347986231.8218584219-33.791100568817.1780411326
52.977525966370.605076345684-0.2639254574814.00702792921-1.53476671346.18170433220.0796823831032-0.3636442855650.1238415598040.5403391935490.03846920675670.130124675611-0.254084545258-0.34428035389-0.1445624160940.1873316874490.0110655066831-0.01669242759530.233438419677-0.02327000667010.2583461477639.6354199937-45.054034853928.6922108665
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid -1 through 169 )BC-1 - 1691 - 171
22chain 'B' and (resid 170 through 240 )BC170 - 240172 - 242
33chain 'A' and (resid 1 through 58 )AA1 - 581 - 58
44chain 'A' and (resid 59 through 169 )AA59 - 16959 - 169
55chain 'A' and (resid 170 through 240 )AA170 - 240170 - 240

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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