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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9clq | ||||||
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タイトル | PANK3 complex structure with compound PZ-4352 | ||||||
![]() | Pantothenate kinase 3 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / PANK / Substrate / Complex / Inhibitor / Activator | ||||||
機能・相同性 | ![]() Coenzyme A biosynthesis / vitamin binding / acetyl-CoA binding / pantothenate kinase / pantothenate kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / phosphorylation / protein homodimerization activity / ATP binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yun, M. / Lee, R.E. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: PANK3 complex structure with compound PZ-4352 著者: Yun, M. / Lee, R.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 195.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 970.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 973 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 42125.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 158分子 








#2: 化合物 | ChemComp-A1AZA / 分子量: 398.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H20F2N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-ACT / | ||||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-ANP / | #6: 化合物 | ChemComp-MG / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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Has protein modification | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.88 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: PEG 4000, ammonium acetate, citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→34.65 Å / Num. obs: 33027 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.4 % / Biso Wilson estimate: 24.95 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 15.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 1.314 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2006 / CC1/2: 0.768 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.24 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→32.07 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -29.8244161688 Å / Origin y: -8.05082401173 Å / Origin z: 5.1404782403 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |