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- PDB-9clb: Crystal structure of Bak bound to the inhibitory aBAK -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9clb
タイトルCrystal structure of Bak bound to the inhibitory aBAK
要素
  • Bcl-2 homologous antagonist/killer
  • aBAK
キーワードAPOPTOSIS / BAK / inhibitor / BH3-mimetic / computational design
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation and oligomerization of BAK protein / BH domain binding / B cell negative selection / BAK complex / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus / response to mycotoxin / limb morphogenesis / Release of apoptotic factors from the mitochondria / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis ...Activation and oligomerization of BAK protein / BH domain binding / B cell negative selection / BAK complex / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus / response to mycotoxin / limb morphogenesis / Release of apoptotic factors from the mitochondria / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / endocrine pancreas development / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / B cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / regulation of mitochondrial membrane permeability / calcium ion transport into cytosol / fibroblast apoptotic process / response to UV-C / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / porin activity / thymocyte apoptotic process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / pore complex / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / vagina development / B cell homeostasis / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / positive regulation of proteolysis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / blood vessel remodeling / animal organ regeneration / cellular response to unfolded protein / Pyroptosis / heat shock protein binding / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / intrinsic apoptotic signaling pathway / release of cytochrome c from mitochondria / epithelial cell proliferation / response to gamma radiation / regulation of mitochondrial membrane potential / apoptotic signaling pathway / response to hydrogen peroxide / positive regulation of protein-containing complex assembly / establishment of localization in cell / cellular response to mechanical stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to UV / protein-folding chaperone binding / channel activity / response to ethanol / transmembrane transporter binding / mitochondrial outer membrane / regulation of cell cycle / positive regulation of apoptotic process / response to xenobiotic stimulus / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / apoptotic process / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 ...Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2 homologous antagonist/killer
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Birkinshaw, R.W. / Berger, S.A. / Lee, E.F. / Harris, T.J. / Tran, S. / Bera, A.K. / Arguinchona, L. / Kang, A. / Sankaran, B. / Kasapgil, S. ...Birkinshaw, R.W. / Berger, S.A. / Lee, E.F. / Harris, T.J. / Tran, S. / Bera, A.K. / Arguinchona, L. / Kang, A. / Sankaran, B. / Kasapgil, S. / Miller, M.S. / Smyth, S. / Uren, R. / Kluck, R. / Colman, P.M. / Fairlie, W.D. / Czabotar, P.E. / Baker, D.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)2001406 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)2016894 オーストラリア
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Computational design of potent and selective binders of BAK and BAX.
著者: Berger, S. / Lee, E.F. / Harris, T.J. / Tran, S. / Bera, A.K. / Arguinchona, L. / Kang, A. / Sankaran, B. / Kasapgil, S. / Miller, M.S. / Smyth, S. / Lutfi, M. / Uren, R.T. / Kluck, R.M. / ...著者: Berger, S. / Lee, E.F. / Harris, T.J. / Tran, S. / Bera, A.K. / Arguinchona, L. / Kang, A. / Sankaran, B. / Kasapgil, S. / Miller, M.S. / Smyth, S. / Lutfi, M. / Uren, R.T. / Kluck, R.M. / Colman, P.M. / Fairlie, W.D. / Czabotar, P.E. / Baker, D. / Birkinshaw, R.W.
履歴
登録2024年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年9月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2 homologous antagonist/killer
B: aBAK
C: Bcl-2 homologous antagonist/killer
D: aBAK
E: Bcl-2 homologous antagonist/killer
F: aBAK
G: Bcl-2 homologous antagonist/killer
H: aBAK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,5238
ポリマ－101,5238
非ポリマー00
水00
1
A: Bcl-2 homologous antagonist/killer
B: aBAK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3812
ポリマ－25,3812
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2230 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area12210 Å2
手法PISA
2
C: Bcl-2 homologous antagonist/killer
D: aBAK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3812
ポリマ－25,3812
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2230 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area12260 Å2
手法PISA
3
E: Bcl-2 homologous antagonist/killer
F: aBAK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3812
ポリマ－25,3812
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2230 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area12360 Å2
手法PISA
4
G: Bcl-2 homologous antagonist/killer
H: aBAK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3812
ポリマ－25,3812
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.497, 74.493, 76.315
Angle α, β, γ (deg.)113.130, 90.150, 105.510
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 86 through 135 or resid 137...
21(chain C and (resid 86 through 135 or resid 137 through 165))
31(chain E and (resid 86 through 135 or resid 137...
41(chain G and (resid 86 through 135 or resid 137 through 165))
12(chain B and ((resid 2 through 3 and (name N...
22(chain D and ((resid 2 through 3 and (name N...
32(chain F and ((resid 2 through 3 and (name N...
42(chain H and resid 2 through 114)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASNASNGLYGLY(chain A and (resid 86 through 135 or resid 137...AA86 - 1351 - 50
121ARGARGHISHIS(chain A and (resid 86 through 135 or resid 137...AA137 - 16452 - 79
131HISHISHISHIS(chain A and (resid 86 through 135 or resid 137...AA16580
141ASNASNHISHIS(chain A and (resid 86 through 135 or resid 137...AA86 - 1651 - 80
151ASNASNHISHIS(chain A and (resid 86 through 135 or resid 137...AA86 - 1651 - 80
161ASNASNHISHIS(chain A and (resid 86 through 135 or resid 137...AA86 - 1651 - 80
171ASNASNHISHIS(chain A and (resid 86 through 135 or resid 137...AA86 - 1651 - 80
211ASNASNGLYGLY(chain C and (resid 86 through 135 or resid 137 through 165))CC86 - 1351 - 50
221ARGARGHISHIS(chain C and (resid 86 through 135 or resid 137 through 165))CC137 - 16552 - 80
311ASNASNGLYGLY(chain E and (resid 86 through 135 or resid 137...EE86 - 1351 - 50
321ARGARGHISHIS(chain E and (resid 86 through 135 or resid 137...EE137 - 16452 - 79
331HISHISHISHIS(chain E and (resid 86 through 135 or resid 137...EE16580
341ASNASNHISHIS(chain E and (resid 86 through 135 or resid 137...EE86 - 1651 - 80
351ASNASNHISHIS(chain E and (resid 86 through 135 or resid 137...EE86 - 1651 - 80
361ASNASNHISHIS(chain E and (resid 86 through 135 or resid 137...EE86 - 1651 - 80
371ASNASNHISHIS(chain E and (resid 86 through 135 or resid 137...EE86 - 1651 - 80
411ASNASNGLYGLY(chain G and (resid 86 through 135 or resid 137 through 165))GG86 - 1351 - 50
421ARGARGHISHIS(chain G and (resid 86 through 135 or resid 137 through 165))GG137 - 16552 - 80
112ALAALAASPASP(chain B and ((resid 2 through 3 and (name N...BB2 - 33 - 4
122ALAALALEULEU(chain B and ((resid 2 through 3 and (name N...BB2 - 1153 - 116
132ALAALALEULEU(chain B and ((resid 2 through 3 and (name N...BB2 - 1153 - 116
142ALAALALEULEU(chain B and ((resid 2 through 3 and (name N...BB2 - 1153 - 116
152ALAALALEULEU(chain B and ((resid 2 through 3 and (name N...BB2 - 1153 - 116
212ALAALAASPASP(chain D and ((resid 2 through 3 and (name N...DD2 - 33 - 4
222ALAALALYSLYS(chain D and ((resid 2 through 3 and (name N...DD2 - 1143 - 115
232ALAALALYSLYS(chain D and ((resid 2 through 3 and (name N...DD2 - 1143 - 115
242ALAALALYSLYS(chain D and ((resid 2 through 3 and (name N...DD2 - 1143 - 115
252ALAALALYSLYS(chain D and ((resid 2 through 3 and (name N...DD2 - 1143 - 115
312ALAALAASPASP(chain F and ((resid 2 through 3 and (name N...FF2 - 33 - 4
322ALAALAGLUGLU(chain F and ((resid 2 through 3 and (name N...FF2 - 1163 - 117
332ALAALAGLUGLU(chain F and ((resid 2 through 3 and (name N...FF2 - 1163 - 117
342ALAALAGLUGLU(chain F and ((resid 2 through 3 and (name N...FF2 - 1163 - 117
352ALAALAGLUGLU(chain F and ((resid 2 through 3 and (name N...FF2 - 1163 - 117
412ALAALALYSLYS(chain H and resid 2 through 114)HH2 - 1143 - 115

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Bcl-2 homologous antagonist/killer / Apoptosis regulator BAK / Bcl-2-like protein 7 / Bcl2-L-7


分子量: 11515.069 Da / 分子数: 4 / 変異: C166S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAK1, BAK, BCL2L7, CDN1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16611
#2: タンパク質
aBAK


分子量: 13865.690 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M 2-(N-Morpholino)ethanesulfonic acid (MES) pH 6.5, 0.2 M L-Proline and 10% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9536 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9536 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.86→40.6 Å / Num. obs: 21041 / % possible obs: 96.92 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.983 / Rrim(I) all: 0.2 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 2.86→2.96 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.44 / Num. unique obs: 1921 / CC1/2: 0.49 / Rrim(I) all: 1.22

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3965精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IMT

2imt


解像度: 2.86→40.56 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2699 1078 5.14 %
Rwork0.221 19896 -
obs0.2236 20974 96.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 147.56 Å2 / Biso mean: 56.1151 Å2 / Biso min: 20.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.86→40.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6379 0 0 0 6379
残基数----778
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1481X-RAY DIFFRACTION8.953TORSIONAL
12C1481X-RAY DIFFRACTION8.953TORSIONAL
13E1481X-RAY DIFFRACTION8.953TORSIONAL
14G1481X-RAY DIFFRACTION8.953TORSIONAL
21B2356X-RAY DIFFRACTION8.953TORSIONAL
22D2356X-RAY DIFFRACTION8.953TORSIONAL
23F2356X-RAY DIFFRACTION8.953TORSIONAL
24H2356X-RAY DIFFRACTION8.953TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.86-2.990.34491180.27582291240990
2.99-3.150.26761280.25512489261798
3.15-3.350.33951460.25182538268498
3.35-3.60.27471150.23692514262997
3.61-3.970.2981280.2162531265998
3.97-4.540.22951540.19182497265198
4.54-5.720.27411590.21062509266899
5.72-40.560.23791300.20912527265798
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.4376-0.70123.6614.2132-0.4644.9451.1427-0.2896-2.22530.4423-0.53350.62530.9913-0.4093-0.59430.33690.02040.00590.3835-0.02130.699-10.918-33.93869.4039
29.51250.12751.75111.4662-0.13652.07050.00180.2965-0.40530.0725-0.1636-0.13940.00360.55120.03870.2211-0.00420.08470.35050.11530.3478-3.2768-25.93269.6417
36.6173-0.1-2.34691.41490.34682.37420.680.48631.3229-0.2979-0.19920.1532-0.7665-0.2291-0.26790.4514-0.01240.07540.76280.16330.3263-7.27828.662612.0205
40.9150.35690.50151.5749-1.55077.77440.2036-0.05060.0648-0.214-0.05520.0595-0.07350.6291-0.18340.21870.06470.00030.2455-0.01710.2113-3.82892.85144.9413
54.23860.4916-1.04033.2937-0.17443.09320.1312-0.2340.01090.35190.0373-0.2914-0.034-0.0939-0.22070.33990.0660.0150.390.00010.2897-10.94329.265428.3077
69.55333.1045-2.37951.9051-1.31854.65610.405-0.09141.99490.09180.06150.8209-0.4575-0.5349-0.54050.38680.06720.11240.43860.08180.4751-22.632411.887424.8432
72.97771.0261-0.55375.1182-0.16252.71510.29230.10170.27270.3005-0.0940.29770.20390.2304-0.14380.25470.05890.00120.30080.14840.3478-16.665215.3844-8.2607
8-0.0244-1.19910.55533.5757-3.79275.72310.049-0.19470.06970.26550.3020.39080.1565-0.1337-0.35190.3051-0.0211-0.0510.2499-0.00220.3524-15.23341.88083.1387
94.9361.1891-0.83290.8910.44661.85410.38940.57270.782-0.2028-0.24980.2192-0.484-0.0328-0.19610.29910.0230.09140.33830.16560.4756-9.507627.5906-12.9158
106.2371-0.1173-5.38430.8959-1.71675.95390.3382-1.0341-0.12530.0796-0.4592-0.2726-0.44060.9201-0.01640.3173-0.0552-0.02890.5266-0.06780.46052.197626.5222-8.6994
114.582.38582.00743.56931.47385.33010.52440.137-0.22290.2609-0.04540.0050.576-0.1848-0.40550.34830.1190.04620.51150.14190.3492-3.9882-5.898-17.7525
120.176-0.0484-1.57740.1299-0.12734.8534-0.0625-0.02580.00730.2347-0.0812-0.0745-0.11540.5634-0.02290.3335-0.02330.03910.4563-0.00420.2262-5.6986-5.2576-0.347
133.7958-0.89760.94991.73630.09233.04860.76292.438-0.8918-0.3762-0.5824-0.03980.65740.607-0.31690.65650.2018-0.16520.7321-0.26260.56-13.0207-14.109-34.2764
141.70611.38090.91461.2151.15572.1450.30150.0311-0.6051-0.17060.2458-0.33430.6080.37510.61880.36281.1766-0.55211.9489-0.28881.193113.5002-21.726-23.0383
156.5697-2.19942.67373.7362-3.08414.7362-0.10111.45121.27390.0395-0.0736-0.3416-0.0919-0.03860.17070.32220.1532-0.04010.65210.02230.3296-12.3484-5.9027-27.2821
163.7485-0.15221.53211.3198-2.16614.41310.63590.8133-1.2005-0.0894-0.19160.58760.6791-0.4756-0.59350.4546-0.0398-0.11310.6473-0.01890.6084-23.6401-12.7449-26.8287
171.6381-1.38910.17733.9866-0.33831.51090.23170.1661-0.1134-0.567-0.19490.26530.05450.08530.06520.2521-0.02490.03340.39680.1410.3053-16.6564-16.66216.5861
180.10050.9153-0.9721.6281-1.80623.1420.03810.01630.064-0.47340.14670.04350.0863-0.217-0.07180.39980.0750.08390.26730.07150.3939-15.0942-2.8496-5.3768
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'F' and (resid 2 through 39 )F2 - 39
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'F' and (resid 40 through 116 )F40 - 116
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'G' and (resid 86 through 106 )G86 - 106
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'G' and (resid 107 through 166 )G107 - 166
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 2 through 78 )H2 - 78
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 79 through 116 )H79 - 116
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 86 through 124 )A86 - 124
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 125 through 165 )A125 - 165
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 2 through 78 )B2 - 78
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 79 through 115 )B79 - 115
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 86 through 124 )C86 - 124
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 125 through 165 )C125 - 165
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 2 through 34 )D2 - 34
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 35 through 39 )D35 - 39
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 40 through 78 )D40 - 78
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 79 through 114 )D79 - 114
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 86 through 124 )E86 - 124
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 125 through 165 )E125 - 165

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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