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- PDB-9cjw: The 24mer DNA Duplex 5'-GCTGGAAAGTTTAAACTTTCCAGC-3' Bound by the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cjw
タイトルThe 24mer DNA Duplex 5'-GCTGGAAAGTTTAAACTTTCCAGC-3' Bound by the Diamidine DB2447 at Single G Sites
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*TP*TP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*C)-3')
キーワードDNA / minor groove / diamidine / single G / DNA recognition / small molecule
機能・相同性: / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Terrell, J.R. / Ogbonna, E.N. / Paul, A. / Wilson, W.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM111749 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Sequence Recognition in the Minor Groove: Single G Targeting by Diamidine Small Molecules
著者: Terrell, J.R. / Ogbonna, E.N. / Paul, A. / Poon, G.M.K. / Wilson, W.D.
履歴
登録2024年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*TP*TP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*C)-3')
B: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,16523
ポリマ－14,6933
非ポリマー1,47220
水2,846158
1
A: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*TP*TP*T)-3')
B: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*TP*TP*T)-3')
B: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,28028
ポリマ－14,6484
非ポリマー1,63324
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
2
C: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子

C: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,04918
ポリマ－14,7382
非ポリマー1,31216
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.173, 39.173, 479.389
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-103-

CA

21A-104-

CA

31C-104-

CA

41C-105-

CA

51C-229-

HOH

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要素

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DNA鎖 , 3種, 3分子 ACB

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*TP*TP*T)-3')


分子量: 3717.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*C)-3')


分子量: 7368.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*C)-3')


分子量: 3606.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 178分子

#4: 化合物 ChemComp-A1AAQ / 4,4'-[pyridine-2,6-diylbis(methyleneoxy)]di(benzene-1-carboximidamide)


分子量: 375.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H21N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.94 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.62
詳細: 0.8mM stock DNA solution in 7.5 mM HEPES, pH=6.6 buffer mixed 1:1 with well solution containing 10 mM HEPES, pH=8.6, 600 mM CaCl2, 42% PEG200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.920071 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月29日
放射モノクロメーター: Vertical DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.920071 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→26.77 Å / Num. obs: 18393 / % possible obs: 99.15 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 25.96 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05469 / Rpim(I) all: 0.0196 / Rrim(I) all: 0.05824 / Net I/σ(I): 20.71
反射 シェル解像度: 1.64→1.699 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.2757 / Mean I/σ(I) obs: 4.76 / Num. unique obs: 1819 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rpim(I) all: 0.09472 / Rrim(I) all: 0.2918 / % possible all: 97.49

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.64→26.77 Å / SU ML: 0.1694 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.1024
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2672 1824 9.98 %
Rwork0.2198 16444 -
obs0.2245 18268 99.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→26.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 978 74 158 1210
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01881155
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.00331764
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1577190
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.017358
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d32.0341521
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.64-1.680.25111340.23721193X-RAY DIFFRACTION97.07
1.68-1.730.33731330.23061206X-RAY DIFFRACTION97.59
1.73-1.790.26431370.23551263X-RAY DIFFRACTION98.38
1.79-1.850.25371360.22661217X-RAY DIFFRACTION99.19
1.85-1.930.23231380.21191234X-RAY DIFFRACTION99.56
1.93-2.020.31961390.22791256X-RAY DIFFRACTION99.79
2.02-2.120.32561390.2491254X-RAY DIFFRACTION99.86
2.12-2.250.29161400.23891258X-RAY DIFFRACTION99.86
2.26-2.430.28551430.23541283X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.670.24491390.24491259X-RAY DIFFRACTION100
2.67-3.060.2711450.24741302X-RAY DIFFRACTION99.79
3.06-3.850.2811430.20591300X-RAY DIFFRACTION98.5
3.85-26.770.24211580.1991419X-RAY DIFFRACTION99.62
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.11661152259 Å / Origin y: 12.9946869074 Å / Origin z: 30.309023546 Å
111213212223313233
T0.196478296392 Å20.0127870636297 Å20.0013286192314 Å2-0.256045668259 Å20.0130952232242 Å2--0.190633908353 Å2
L0.0455078291971 °20.00381773744747 °2-0.470796491343 °2-0.0548866980726 °2-0.0154270910041 °2--5.77411440071 °2
S0.126581032735 Å °0.0107777890325 Å °-0.00421427509476 Å °0.0123343255824 Å °0.0910354949855 Å °0.000364585195734 Å °0.047259773034 Å °-0.294114546566 Å °-0.218217375093 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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