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- PDB-9cjq: X-ray crystal structure of SARS-CoV-2 main protease quadruple mut... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cjq
タイトルX-ray crystal structure of SARS-CoV-2 main protease quadruple mutants in complex with Ensitrelvir
要素main protease
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / HYDROLASE-INHIBITOR complex / SARS2
機能・相同性
機能・相同性情報


protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / TRAF3-dependent IRF activation pathway ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / snRNP Assembly / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA helicase activity / SARS coronavirus main proteinase / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / G-quadruplex RNA binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / omega peptidase activity / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA helicase / methyltransferase cap1 activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / cysteine-type deubiquitinase activity / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / regulation of autophagy / viral protein processing / lyase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / copper ion binding / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : ...RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / Lipocalin signature. / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / : / : / Coronavirus replicase NSP7 / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7YY / Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Esler, M.A. / Shi, K. / Harris, R.S. / Aihara, H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P01 CA214279 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R37 AI064064 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray crystal structure of SARS-CoV-2 main protease quadruple mutants in complex with Ensitrelvir
著者: Esler, M.A. / Shi, K. / Harris, R.S. / Aihara, H.
履歴
登録2024年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: main protease
B: main protease
C: main protease
D: main protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,90210
ポリマ－135,6514
非ポリマー2,2526
水3,153175
1
A: main protease
B: main protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9515
ポリマ－67,8252
非ポリマー1,1263
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area24890 Å2
手法PISA
2
C: main protease
D: main protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9515
ポリマ－67,8252
非ポリマー1,1263
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2830 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area24990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.022, 106.994, 116.522
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
main protease


分子量: 33912.711 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 3264-3570 / 変異: T21I, L50F, S144A, E166V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTD1
#2: 化合物
ChemComp-7YY / 6-[(6-chloranyl-2-methyl-indazol-5-yl)amino]-3-[(1-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)methyl]-1-[[2,4,5-tris(fluoranyl)phenyl]methyl]-1,3,5-triazine-2,4-dione


分子量: 531.878 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H17ClF3N9O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: 薬剤, 抗ウイルス剤, プロテアーゼ阻害剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Data were collected for crystals of robot tray J000317: 0.05 M HEPES sodium, pH 7.0, 1% w/v Tryptone, 12% w/v PEG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→78.4 Å / Num. obs: 34334 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 34.33 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.134 / Rsym value: 0.116 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2.24→2.46 Å / Rmerge(I) obs: 0.672 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1717 / CC1/2: 0.663 / Rpim(I) all: 0.5 / Rrim(I) all: 0.911 / Rsym value: 0.672

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.24→78.33 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2576 1677 4.92 %
Rwork0.2212 --
obs0.223 34092 64.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→78.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9391 0 119 175 9685
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.893438
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451467
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081713
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.24-2.30.264420.32167X-RAY DIFFRACTION2
2.3-2.380.4204300.3307544X-RAY DIFFRACTION13
2.38-2.460.3826640.3191093X-RAY DIFFRACTION27
2.46-2.560.3061000.30871712X-RAY DIFFRACTION42
2.56-2.680.32931250.29572272X-RAY DIFFRACTION55
2.68-2.820.33071620.28852766X-RAY DIFFRACTION66
2.82-2.990.31851640.27563430X-RAY DIFFRACTION82
2.99-3.220.29682300.25784091X-RAY DIFFRACTION99
3.23-3.550.25131860.22094148X-RAY DIFFRACTION99
3.55-4.060.24612070.19744141X-RAY DIFFRACTION99
4.06-5.120.20921960.17064118X-RAY DIFFRACTION98
5.12-78.330.20972110.19394033X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.749-3.08795.46972.7839-1.99525.0811-0.2533-0.25430.29130.30180.2433-0.017-0.3184-0.2640.15230.50520.0925-0.15010.54740.07640.4708-8.227735.3799-10.3262
21.1320.2674-0.48556.06760.87720.3716-0.1549-0.1180.3047-0.1507-0.10320.4237-0.338-0.32910.17090.61510.1438-0.21520.5640.03170.4887-17.274141.0223-19.0621
33.4659-1.9437-0.69493.8599-0.90562.38920.18230.14450.0416-0.098-0.0579-0.29470.146-0.2181-0.14520.51940.045-0.19720.46820.01770.4635-4.784627.2413-13.1175
42.9215-0.2933-1.08923.52190.88641.4624-0.078-0.3088-1.11270.28890.26310.10080.00570.2404-0.04440.52190.0617-0.09240.52270.02180.4234.591811.9106-12.7536
53.896-1.6958-1.25494.731.11435.2743-0.1567-0.3663-0.2579-0.0840.05470.05380.09790.20690.06090.49590.0279-0.25320.62480.0810.612611.919710.1456-11.2332
62.14520.2835-0.20942.4416-0.32023.0514-0.0083-0.0450.1870.03650.0626-0.1042-0.40990.2685-0.05150.5028-0.0374-0.17340.4327-0.0020.47379.791735.810714.0365
79.11120.3525-1.23263.33080.26673.64260.12190.36471.00120.0142-0.04210.18760.28360.0748-0.02620.4961-0.0004-0.15620.3985-0.00810.31292.842331.16238.9597
80.78250.9586-0.64072.23480.46812.00370.0788-0.2311-0.21650.27250.0314-0.06290.26650.354-0.17040.498-0.0154-0.26390.47050.06290.48028.754223.661118.249
92.24470.5068-1.39686.0927-0.47623.4256-0.15560.5866-0.70710.08840.14240.12010.1041-0.5836-0.02370.5098-0.124-0.28510.85210.05750.638-13.42685.624911.8028
108.5615-2.43391.11538.0837-3.77038.723-0.59991.31870.1825-0.89680.4618-0.2709-0.0180.00090.15460.4064-0.1223-0.26240.7973-0.07590.6766-7.407610.91974.2749
111.14040.37850.560.52020.66571.37180.0132-0.0097-0.1195-0.2260.04930.05030.0687-0.1943-0.0190.1962-0.0351-0.2080.15070.02110.308516.889562.6257-47.4279
121.2318-0.0199-0.08781.26530.42261.23520.0933-0.07660.00620.09080.1032-0.3393-0.06720.26030.56110.1496-0.0258-0.24280.1138-0.15440.358527.794568.1444-37.055
130.366-0.03980.43831.39920.34141.29250.1348-0.0309-0.0831-0.1345-0.08390.04740.3085-0.1894-0.17250.1185-0.0144-0.19160.1457-0.01750.206312.299256.86-45.8972
146.491710.43832.3410.54333.3105-0.09340.80040.37410.1732-0.21810.1868-0.0641-0.3570.10260.18570.0149-0.0990.16930.02150.330512.388757.9946-48.2135
150.43820.1982-0.06140.50440.04910.02070.1894-0.0577-0.25810.1594-0.0787-0.190.274-0.15990.54150.1811-0.0405-0.31750.1919-0.04280.38518.402450.611-38.8157
162.10450.93940.432.18450.20811.5137-0.13710.429-0.3865-0.24050.2533-0.29650.03540.1764-0.06070.0832-0.2367-0.27210.1178-0.20580.2335-2.113133.8436-47.2748
171.5235-1.02090.81661.8424-0.46712.7265-0.03730.3534-0.17670.224-0.06770.1665-0.17150.14160.16280.18230.0219-0.14320.1388-0.05190.40530.842562.3717-67.7633
183.4138-0.51490.46194.2156-0.22981.54520.2033-0.05760.2558-0.2484-0.25830.187-0.1784-0.38930.02580.33320.1749-0.1150.2038-0.01670.3068-7.694267.7729-76.182
192.5104-0.91220.50072.75740.35634.05110.2593-0.12230.1209-0.0737-0.343-0.1937-0.1312-0.05560.13150.20530.0018-0.12960.1263-0.02380.26396.128254.1781-68.6585
200.8973-0.84610.04470.86680.1040.24050.0011-0.0399-0.1585-0.1679-0.09050.36460.0592-0.1603-0.0140.1852-0.0975-0.17050.14110.01790.46855.383347.3824-73.4625
213.22020.1948-0.33880.8004-0.05244.899-0.09080.1895-0.24750.06630.0003-0.15240.50420.1491-0.49680.44690.0757-0.25790.3703-0.03390.544724.514329.3108-69.4168
222.7551-0.5481.37193.33451.97133.8341-0.13170.0334-0.24880.24540.21840.18160.12670.4049-0.06510.1299-0.022-0.16080.19480.02660.263621.776938.4383-67.0741
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 43 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 44 through 100 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 101 through 180 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 181 through 226 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 227 through 305 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 2 through 139 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 140 through 155 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 156 through 200 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 201 through 273 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 274 through 300 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 1 through 43 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 44 through 91 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 92 through 139 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 140 through 155 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 156 through 200 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 201 through 300 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 2 through 43 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 44 through 100 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 101 through 155 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 156 through 213 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 214 through 236 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 237 through 305 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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