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- PDB-9cjg: P450-G9 from Actinokineospora terrae, a non-canonical, serine-lig... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cjg
タイトルP450-G9 from Actinokineospora terrae, a non-canonical, serine-ligated cytochrome P450 in the ligand-free, closed conformation
要素Cytochrome P450-G9
キーワードOXIDOREDUCTASE / P450 / cytochrome / serine / P411
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
1-BUTANOL / FORMIC ACID / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450
類似検索 - 構成要素
生物種Actinokineospora terrae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Ireland, K.A. / Davis, K.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/John E. Fogarty International Center (NIH/FIC)R35-GM147557 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1937971 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Non-Canonical Cytochrome P450 Enzymes in Nature.
著者: Nguy, A.K.L. / Ireland, K.A. / Kayrouz, C.M. / Caceres, J.C. / Greene, B.L. / Davis, K.M. / Seyedsayamdost, M.R.
履歴
登録2024年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450-G9
B: Cytochrome P450-G9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,3328
ポリマ－88,8582
非ポリマー1,4736
水8,809489
1
A: Cytochrome P450-G9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2866
ポリマ－44,4291
非ポリマー8575
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P450-G9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0462
ポリマ－44,4291
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.130, 59.650, 233.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450-G9


分子量: 44429.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinokineospora terrae (バクテリア)
遺伝子: SAMN04487818_101238 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A1H9KM06, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-1BO / 1-BUTANOL / BUTAN-1-OL / ブタノ-ル


分子量: 74.122 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 489 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.6 % / 解説: Colored rods
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 60% (v/v) tacsimate pH 7, 0.7% (v/v) 1-butanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2023年2月18日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→57.8 Å / Num. obs: 64200 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 23.77 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.03885 / Rpim(I) all: 0.03885 / Rrim(I) all: 0.05494 / Net I/σ(I): 9.59
反射 シェル解像度: 1.85→1.916 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.3714 / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / Num. unique obs: 6334 / CC1/2: 0.68 / CC star: 0.9 / Rpim(I) all: 0.3714 / Rrim(I) all: 0.5253 / % possible all: 99.73

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLM7.4.0データ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER位相決定
Coot0.9.8.4モデル構築
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→57.8 Å / SU ML: 0.2577 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.0595
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2425 1999 3.12 %
Rwork0.2143 62162 -
obs0.2152 64161 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→57.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5691 0 102 489 6282
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00845941
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94368148
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0556914
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01271075
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.31062085
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.90.35581410.30474396X-RAY DIFFRACTION99.76
1.9-1.950.33971420.28664379X-RAY DIFFRACTION99.76
1.95-20.30941410.26954395X-RAY DIFFRACTION99.58
2-2.070.29561410.25364375X-RAY DIFFRACTION99.54
2.07-2.140.28291420.2374418X-RAY DIFFRACTION99.41
2.14-2.230.26311410.22844380X-RAY DIFFRACTION99.47
2.23-2.330.27361420.22484406X-RAY DIFFRACTION99.34
2.33-2.450.26131410.22434400X-RAY DIFFRACTION99.52
2.45-2.610.25881410.22444408X-RAY DIFFRACTION98.93
2.61-2.810.27721430.21244453X-RAY DIFFRACTION99.31
2.81-3.090.2491430.2144410X-RAY DIFFRACTION98.53
3.09-3.540.2431420.19764443X-RAY DIFFRACTION98.12
3.54-4.460.19091450.17794525X-RAY DIFFRACTION99.11
4.46-57.80.19521540.20354774X-RAY DIFFRACTION99.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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