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- PDB-9cj4: Dual phosphorylated human p38 alpha bound to BIRB796 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cj4
タイトルDual phosphorylated human p38 alpha bound to BIRB796
要素Mitogen-activated protein kinase 14
キーワードTRANSFERASE / MAPK14 / kinase / phosphorylated / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


stress-activated protein kinase signaling cascade / positive regulation of cyclase activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / CD163 mediating an anti-inflammatory response / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / positive regulation of myoblast fusion ...stress-activated protein kinase signaling cascade / positive regulation of cyclase activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / CD163 mediating an anti-inflammatory response / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / positive regulation of myoblast fusion / cellular response to UV-B / cartilage condensation / Platelet sensitization by LDL / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of muscle cell differentiation / Myogenesis / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Activation of the AP-1 family of transcription factors / D-glucose import / p38MAPK cascade / ERK/MAPK targets / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / response to dietary excess / fatty acid oxidation / cellular response to lipoteichoic acid / response to muramyl dipeptide / MAP kinase kinase activity / JUN kinase activity / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / regulation of ossification / signal transduction in response to DNA damage / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / MAP kinase activity / mitogen-activated protein kinase / chondrocyte differentiation / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myoblast differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / skeletal muscle tissue development / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / p38MAPK events / striated muscle cell differentiation / positive regulation of brown fat cell differentiation / response to muscle stretch / positive regulation of interleukin-12 production / cellular response to ionizing radiation / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / placenta development / osteoclast differentiation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of erythrocyte differentiation / DNA damage checkpoint signaling / positive regulation of D-glucose import / NOD1/2 Signaling Pathway / stem cell differentiation / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / response to insulin / cell morphogenesis / bone development / cellular response to virus / platelet activation / positive regulation of protein import into nucleus / VEGFA-VEGFR2 Pathway / glucose metabolic process / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / spindle pole / chemotaxis / osteoblast differentiation / peptidyl-serine phosphorylation / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / cellular senescence / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / angiogenesis / protein phosphatase binding / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / transcription by RNA polymerase II / cell surface receptor signaling pathway / nuclear speck / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / glutamatergic synapse / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B96 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Stadnicki, E.J. / Ludewig, H. / Prem Kumar, R. / Kern, D. / Bradshaw, N.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Other private 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Dual-Action Kinase Inhibitors Influence p38 alpha MAP Kinase Dephosphorylation.
著者: Stadnicki, E.J. / Ludewig, H. / Kumar, R.P. / Wang, X. / Qiao, Y. / Kern, D. / Bradshaw, N.
履歴
登録2024年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,23416
ポリマ－41,5031
非ポリマー1,73115
水6,738374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.206, 62.719, 91.413
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.39, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-874-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 14 / MAP kinase 14 / MAPK 14 / Cytokine suppressive anti-inflammatory drug-binding protein / CSAID- ...MAP kinase 14 / MAPK 14 / Cytokine suppressive anti-inflammatory drug-binding protein / CSAID-binding protein / CSBP / MAP kinase MXI2 / MAX-interacting protein 2 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha / Stress-activated protein kinase 2a / SAPK2a


分子量: 41503.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK14, CSBP, CSBP1, CSBP2, CSPB1, MXI2, SAPK2A / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16539, mitogen-activated protein kinase

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非ポリマー , 6種, 389分子

#2: 化合物 ChemComp-B96 / 1-(5-TERT-BUTYL-2-P-TOLYL-2H-PYRAZOL-3-YL)-3-[4-(2-MORPHOLIN-4-YL-ETHOXY)-NAPHTHALEN-1-YL]-UREA / BIRB-796


分子量: 527.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H37N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 8mg/mL phosphorylated p38 alpha was incubated with 250uM BIRB796 with a final DMSO concentration of 5% and set at a 1:1 ratio with 100 mM BIS-TRIS pH 5.5, 200 mM ammonium sulfate, and 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月18日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→49.64 Å / Num. obs: 42440 / % possible obs: 99.39 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 24.03 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.208 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2812 / CC1/2: 0.647 / Rpim(I) all: 0.493 / % possible all: 99.65

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21_5207)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→49.64 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1985 2161 5.09 %
Rwork0.1596 --
obs0.1615 42440 99.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→49.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2718 0 115 374 3207
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113192
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3734359
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9221233
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058488
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012555
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.840.30151640.26132648X-RAY DIFFRACTION100
1.84-1.890.27091470.2462662X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.940.35511420.29842640X-RAY DIFFRACTION98
1.94-20.25921430.22532666X-RAY DIFFRACTION99
2-2.060.27731390.2042684X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.130.17531330.17612661X-RAY DIFFRACTION99
2.13-2.220.19731610.14792663X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.320.2051440.17232676X-RAY DIFFRACTION99
2.32-2.440.21021370.15132693X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.60.20341380.15662697X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.80.20151520.14982679X-RAY DIFFRACTION99
2.8-3.080.17181500.14522681X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.520.19721420.1422706X-RAY DIFFRACTION100
3.52-4.440.16211420.1262731X-RAY DIFFRACTION100
4.44-49.640.16971270.15362792X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.526-0.393-0.93331.46320.26192.765-0.1491-0.221-0.19770.41010.00690.06120.2573-0.13050.09370.2629-0.02290.02710.23640.02120.1556-13.9591-32.11130.2333
21.1692-0.64870.33082.1432-0.61890.9961-0.0685-0.06570.00490.14420.05340.0653-0.0523-0.06690.02420.16050.00110.01390.1864-0.01480.1648-11.7683-18.267417.8595
30.5582-0.32960.11720.6044-0.14620.3448-0.01550.00440.08720.0037-0.0043-0.1222-0.03120.02870.02630.1771-0.01240.01290.1796-0.01270.2135-13.0934-11.10246.1681
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 61 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 62 through 201 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 202 through 352 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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