PDB-9cis: Crystal structure of the pyrophosphate-dependent phosphofructokin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9cis

タイトル

Crystal structure of the pyrophosphate-dependent phosphofructokinase from Candidatus Prometheoarchaeum syntrophicum with fructose 6-phosphate

要素

6-phosphofructokinase

キーワード

TRANSFERASE / 2.7.1.90 / phosphofructokinase / phosphotransferase / Rossman fold

機能・相同性

機能・相同性情報

6-phosphofructokinase complex / 6-phosphofructokinase activity / fructose-6-phosphate binding / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / fructose 6-phosphate metabolic process / monosaccharide binding / canonical glycolysis / AMP binding / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Candidatus Prometheoarchaeum syntrophicum (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Compton, J.A. / Yosaatmadja, Y. / Bashiri, G. / Vickers, C.J. / Patrick, W.M.

資金援助

ニュージーランド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and function of an unusual, multi-tasking phosphofructokinase from an Asgard archaeon
著者: Compton, J.A. / Yosaatmadja, Y. / Bashiri, G. / Vickers, C.J. / Patrick, W.M.

履歴

登録	2024年7月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9cis.cif.gz	282.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9cis.ent.gz	221.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9cis.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/9cis ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/9cis	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9cirC 9citC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (5)

登録構造単位

B: 6-phosphofructokinase

A: 6-phosphofructokinase

C: 6-phosphofructokinase

D: 6-phosphofructokinase

ヘテロ分子

188 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.210, 71.866, 136.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.08, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

6-phosphofructokinase

分子量: 46779.289 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Candidatus Prometheoarchaeum syntrophicum (古細菌)
遺伝子: DSAG12_00460 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5B9D762

#2: 糖

ChemComp-F6P / 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / FRUCTOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-fructose / 6-O-phosphono-D-fructose / 6-O-phosphono-fructose

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.93 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 1 M MMT pH 9.0, 25 % PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95366 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95366 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→45.5 Å / Num. obs: 69107 / % possible obs: 99.78 % / 冗長度: 14.1 % / R_merge(I) obs: 0.29 / R_pim(I) all: 0.08 / R_rim(I) all: 0.3 / Net I/σ(I): 8
反射シェル	解像度: 2.35→2.43 Å / R_merge(I) obs: 8.63 / Num. unique obs: 4391 / R_pim(I) all: 2.35 / R_rim(I) all: 8.94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→45.5 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3144	3397	4.93 %
R_work	0.2437	-	-
obs	0.2471	68953	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→45.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10539	0	64	85	10688

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	10792
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.979	14748
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.494	1587
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1763
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1911

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.38	0.431	134	0.3816	2701	X-RAY DIFFRACTION	99
2.38-2.42	0.3643	155	0.3464	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.46	0.3786	134	0.3225	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.5	0.4061	170	0.3211	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.54	0.3984	157	0.3151	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.59	0.3957	136	0.3125	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.64	0.3675	123	0.3007	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.69	0.3391	135	0.2988	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.75	0.3539	138	0.2918	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.81	0.3331	143	0.2759	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.88	0.3501	175	0.2763	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-2.96	0.3555	135	0.2631	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.05	0.3238	169	0.261	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
3.05-3.15	0.3616	145	0.2618	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.26	0.3036	144	0.2542	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.39	0.3138	146	0.2508	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
3.39-3.54	0.3109	123	0.2463	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
3.54-3.73	0.3056	127	0.2253	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
3.73-3.96	0.3057	156	0.2232	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
3.96-4.27	0.2912	128	0.2102	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
4.27-4.7	0.2537	132	0.2056	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7-5.38	0.2978	130	0.2233	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
5.38-6.77	0.3356	129	0.2652	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
6.77-45.5	0.2785	133	0.212	2876	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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