PDB-9cik: Crystal structure of Staphylococcal nuclease variant Delta+PHS V2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9cik

タイトル

Crystal structure of Staphylococcal nuclease variant Delta+PHS V23R/L36D at cryogenic temperature

要素

Thermonuclease

キーワード

HYDROLASE / STAPHYLOCOCCAL NUCLEASE / ARGININE / ION PAIR

機能・相同性

機能・相同性情報

micrococcal nuclease / endonuclease activity, active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and producing 3'-phosphomonoesters / nucleic acid binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Zhang, Y. / Schlessman, J.L. / SIegler, M.A. / Garcia-Moreno E., B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Staphylococcal nuclease variant Delta+PHS V23R/L36D at cryogenic temperature
著者: Zhang, Y. / Schlessman, J.L. / Robinson, A.C. / Garcia-Moreno E., B.

履歴

登録	2024年7月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9cik.cif.gz	73.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9cik.ent.gz	52.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9cik.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9cik_validation.pdf.gz	786.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9cik_full_validation.pdf.gz	787.4 KB	表示
XML形式データ	9cik_validation.xml.gz	8.5 KB	表示
CIF形式データ	9cik_validation.cif.gz	11.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/9cik ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/9cik	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thermonuclease

ヘテロ分子

16.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	30.875, 60.382, 38.196
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.06, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Thermonuclease / TNase / Micrococcal nuclease / Staphylococcal nuclease 分子量: 16203.459 Da / 分子数: 1 / 変異: V23R, L36D / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: nuc, SACOL0860 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5HHM4, micrococcal nuclease
#2: 化合物	ChemComp-THP / THYMIDINE-3',5'-DIPHOSPHATE / チミジン3′,5′-ビスりん酸タイプ: DNA linking / 分子量: 402.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₂O₁₁P₂
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.88 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 28% MPD, 25 mM Potassium Phosphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: Agilent SuperNova / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2022年12月15日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→20.11 Å / Num. obs: 10282 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 16 % / R_merge(I) obs: 0.016 / R_sym value: 0.049 / Net I/σ(I): 53.8
反射シェル	解像度: 1.95→2.02 Å / R_merge(I) obs: 0.148 / Mean I/σ(I) obs: 5.85 / Num. unique obs: 1030 / R_sym value: 0.305 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
CrysalisPro	42.49 64-bit (release 15-03-2022)	データスケーリング
CrysalisPro	42.49 64-bit (release 15-03-2022)	データ削減
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→19.18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 6.975 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20829	489	4.8 %	RANDOM
R_work	0.17133	-	-	-
obs	0.17308	9777	99.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.257 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.48 Å²	-0 Å²	0.08 Å²
2-	-	-0.54 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.95→19.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1037	0	26	103	1166

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	1103
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1081
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.776	1.877	1491
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.59	1.808	2498
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.109	5	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.496	5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.277	10	214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	162
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1260
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	242
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.963	0.902	523
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.954	0.901	523
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.481	1.612	654
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.484	1.614	655
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.185	1.215	580
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.183	1.216	581
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.251	2.116	834
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.962	12.56	4782
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.844	11.79	4696
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.227	34	-
R_work	0.227	708	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	11.5244	-4.2362	1.2966	9.0521	-3.4346	7.666	0.0749	0.4136	-1.3352	-0.079	-0.0917	0.4112	0.7426	-0.1829	0.0168	0.197	-0.0195	0.0612	0.0415	-0.0789	0.22	10.242	-5.993	1.468
2	5.2705	-1.699	-0.9248	4.0454	5.0715	6.6863	-0.244	0.0015	-0.5623	0.4395	0.1864	0.166	0.5071	0.2886	0.0576	0.3001	0.0417	0.0442	0.2109	-0.0024	0.1435	15.741	-1.697	5.556
3	3.8344	-4.9407	0.0716	6.647	-0.1304	0.0077	-0.0722	0.1757	-0.247	0.0052	0.0496	0.1014	0.026	-0.0344	0.0225	0.328	-0.0223	0.09	0.3302	-0.1507	0.2931	16.794	-2.583	0.349
4	7.9574	-2.368	0.284	2.6664	1.2395	1.2322	-0.2642	-0.4787	-0.0525	0.2424	0.1994	0.2715	0.104	0.034	0.0648	0.2603	-0.002	0.0523	0.1898	0.0172	0.0708	10.037	3.448	9.102
5	8.9705	-0.1618	-0.5495	3.8822	-0.7228	1.5707	0.0512	0.7364	-0.2712	-0.1178	-0.1277	0.1138	0.0943	0.0336	0.0765	0.2168	0.0092	0.0388	0.2233	-0.0343	0.0617	11.964	2.326	-0.1
6	8.2264	-2.4932	-0.6278	3.8508	1.3109	1.8368	0.0117	0.3366	0.6308	-0.0597	0.0171	0.5506	0.0352	-0.1277	-0.0289	0.1746	-0.0179	0.0195	0.1586	0.0783	0.281	2.94	11.079	3.669
7	27.302	12.3404	9.1456	9.307	-0.3535	8.4654	-0.1749	-0.9308	2.3143	0.4728	-0.4419	1.1588	-0.6866	-0.3	0.6169	0.2797	0.1291	0.1135	0.3703	-0.2135	0.4498	0.478	16.808	15.873

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	18 - 27
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	28 - 36
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	37 - 74
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	75 - 91
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	92 - 126
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	127 - 135

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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