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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9cij | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Staphylococcal nuclease variant Delta+PHS V23E/L36R at cryogenic temperature | ||||||
要素 | Thermonuclease | ||||||
キーワード | HYDROLASE / ARGININE / ION-PAIR / STAPHYLOCOCCAL NUCLEASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 micrococcal nuclease / endonuclease activity, active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and producing 3'-phosphomonoesters / nucleic acid binding / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, Y. / Schlessman, L.J. / Siegler, M.A. / Garcia-Moreno E., B. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of Staphylococcal nuclease variant Delta+PHS V23E/L36R at cryogenic temperature 著者: Zhang, Y. / Schlessman, L.J. / Robinson, A.C. / Garcia-Moreno E., B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9cij.cif.gz | 72.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9cij.ent.gz | 51.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9cij.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9cij_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9cij_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9cij_validation.xml.gz | 8.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9cij_validation.cif.gz | 11.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/9cij ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/9cij | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16217.484 Da / 分子数: 1 / 変異: V23E, L36R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: Mu50 / 遺伝子: nuc, SACOL0860 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5HHM4, micrococcal nuclease |
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#2: 化合物 | ChemComp-THP / |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.28 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 35% MPD, 25mM Potassium Phosphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: Agilent SuperNova / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年11月20日 |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→24.9 Å / Num. obs: 11216 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.022 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 40 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.163 / Mean I/σ(I) obs: 5.04 / Num. unique obs: 1127 / Rsym value: 0.255 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→24.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 5.668 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.499 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.9→24.9 Å
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拘束条件 |
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