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- PDB-9ci7: Structure of PNUTS:Tox4 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ci7
タイトルStructure of PNUTS:Tox4 complex
要素
  • Serine/threonine-protein phosphatase 1 regulatory subunit 10
  • TOX high mobility group box family member 4
キーワードSIGNALING PROTEIN / PNUTS / PPP1R10 / Transcriptional elongation factor S-II homology N-terminal domain. Tox4 / zinc binding protein / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitotic DNA damage checkpoint / positive regulation of termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / PTW/PP1 phosphatase complex / RNA polymerase II promoter clearance / protein phosphatase 1 binding / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / protein phosphatase inhibitor activity / positive regulation of telomere maintenance / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / enzyme-substrate adaptor activity ...negative regulation of mitotic DNA damage checkpoint / positive regulation of termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / PTW/PP1 phosphatase complex / RNA polymerase II promoter clearance / protein phosphatase 1 binding / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / protein phosphatase inhibitor activity / positive regulation of telomere maintenance / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / enzyme-substrate adaptor activity / chromatin DNA binding / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / chromosome, telomeric region / protein stabilization / nuclear body / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Transcription elongation factor, TFIIS/CRSP70, N-terminal, sub-type / Domain in the N-terminus of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / TFIIS N-terminal domain profile. / Transcription factor IIS, N-terminal / TFIIS helical bundle-like domain / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / TFIIS/LEDGF domain superfamily ...: / Transcription elongation factor, TFIIS/CRSP70, N-terminal, sub-type / Domain in the N-terminus of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / TFIIS N-terminal domain profile. / Transcription factor IIS, N-terminal / TFIIS helical bundle-like domain / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / TFIIS/LEDGF domain superfamily / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein phosphatase 1 regulatory subunit 10 / TOX high mobility group box family member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Page, R. / Peti, W. / Wang, X.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)144379 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)144483 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2025
タイトル: PNUTS:PP1 recruitment to Tox4 regulates chromosomal dispersal in Drosophila germline development.
著者: Duncalf, L. / Wang, X. / Aljabri, A.A. / Campbell, A.E. / Alharbi, R.Q. / Donaldson, I. / Hayes, A. / Peti, W. / Page, R. / Bennett, D.
履歴
登録2024年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein phosphatase 1 regulatory subunit 10
B: TOX high mobility group box family member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5059
ポリマ－24,2092
非ポリマー2967
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2970 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area10930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.630, 70.630, 97.165
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Space group name HallP61
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 1 regulatory subunit 10 / MHC class I region proline-rich protein CAT53 / Phosphatase 1 nuclear targeting subunit / Protein PNUTS


分子量: 18029.049 Da / 分子数: 1 / 変異: C48S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ppp1r10, Cat53, Pnuts / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O55000
#2: タンパク質 TOX high mobility group box family member 4 / Epidermal Langerhans cell protein LCP1


分子量: 6180.001 Da / 分子数: 1 / 変異: C601S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TOX4, C14orf92, KIAA0737 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O94842

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非ポリマー , 4種, 135分子

#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 100 mM MES pH 6.5, 1 M LiCl, 15% PEG6K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.192 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.192 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→38.04 Å / Num. obs: 15943 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 38.74 Å2 / CC1/2: 0.973 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.498 / Num. unique obs: 1260 / CC1/2: 0.735

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RESOLVEモデル構築
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
SOLVE位相決定
Cootモデル構築
Aimlessデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→35.32 Å / SU ML: 0.2166 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.8137
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2167 783 4.92 %
Rwork0.1882 15133 -
obs0.1896 15916 98.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→35.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1581 0 7 128 1716
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00121629
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3362204
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0326258
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0025276
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.0886619
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.230.28881400.24762459X-RAY DIFFRACTION97.12
2.23-2.40.22611210.20412539X-RAY DIFFRACTION99.25
2.4-2.640.27491420.24132517X-RAY DIFFRACTION99.55
2.64-3.030.27031400.22162512X-RAY DIFFRACTION98.66
3.03-3.810.22691070.19872569X-RAY DIFFRACTION99.78
3.81-35.320.15551330.14552537X-RAY DIFFRACTION98.13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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