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万見
- PDB-9chn: P. vulgaris trimeric HigBA- operator 2 DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9chn
タイトルP. vulgaris trimeric HigBA- operator 2 DNA
要素
  • Antitoxin HigA
  • DNA (5'-D(*GP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*TP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*AP*AP*TP*AP*C)-3')
  • Endoribonuclease HigB
キーワードANTITOXIN/DNA BINDING PROTEIN/DNA / Toxin / antitoxin / promoter / DNA BINDING PROTEIN / ANTITOXIN-DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin sequestering activity / plasmid maintenance / RNA catabolic process / translation repressor activity / RNA endonuclease activity / negative regulation of cell growth / ribosome binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of translation ...toxin sequestering activity / plasmid maintenance / RNA catabolic process / translation repressor activity / RNA endonuclease activity / negative regulation of cell growth / ribosome binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of translation / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / mRNA binding / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Toxin HigB-1 / RelE-like toxin of type II toxin-antitoxin system HigB / Toxin-antitoxin system, antidote protein, HigA / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin domain superfamily / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Antitoxin HigA / Endoribonuclease HigB
類似検索 - 構成要素
生物種Proteus vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Pavelich, I.J. / Schureck, M.A. / Hoffer, E.D. / Dunham, C.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Other private 米国
Other government 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: P. vulgaris trimeric HigBA- operator 2 DNA
著者: Pavelich, I.J. / Schureck, M.A. / Hoffer, E.D. / Dunham, C.M.
履歴
登録2024年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antitoxin HigA
B: Endoribonuclease HigB
C: Antitoxin HigA
D: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*TP*AP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*AP*AP*TP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,16317
ポリマ－46,8725
非ポリマー29212
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)139.820, 139.820, 80.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: -y+1,x+1/2,z+5/4
#7: y+1,-x+1/2,z+5/4
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 2種, 3分子 ACB

#1: タンパク質 Antitoxin HigA / Antidote protein / Host inhibition of growth protein A


分子量: 11549.950 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus vulgaris (バクテリア) / 遺伝子: higA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7A224
#2: タンパク質 Endoribonuclease HigB / Host inhibition of growth protein B / Killer protein / Toxin HigB / mRNA interferase HigB


分子量: 10889.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus vulgaris (バクテリア) / 遺伝子: higB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q7A225, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 DE

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*TP*AP*C)-3')


分子量: 6390.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Proteus vulgaris (バクテリア)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*AP*AP*TP*AP*C)-3')


分子量: 6492.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Proteus vulgaris (バクテリア)

-
非ポリマー , 2種, 183分子

#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Tris-HCl, KCl, MgCl2, 2-mercaptoethanol, NaCl, EDTA, CaCl2, PEG 3350
PH範囲: 7.5-8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→34.98 Å / Num. obs: 23989 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.209 % / Biso Wilson estimate: 77.144 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 1.042 / Net I/σ(I): 18.53 / Num. measured all: 172942 / Scaling rejects: 91
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.6-2.677.0971.0181.9412250175117260.8671.09898.6
2.67-2.747.3030.7662.6512832176017570.9380.82599.8
2.74-2.827.2920.5593.6111770161616140.9650.60299.9
2.82-2.917.3070.4434.3511969163916380.9760.47799.9
2.91-37.3060.3375.6211631159315920.9840.36399.9
3-3.117.2970.2128.0711098152515210.9930.22999.7
3.11-3.237.2750.12311.5610825149114880.9980.13299.8
3.23-3.367.2870.06815.610325142414170.9990.07399.5
3.36-3.517.2540.06318.819793135113500.9990.06899.9
3.51-3.687.2210.05721.79510132113170.9990.06199.7
3.68-3.887.2590.0623.68871122212220.9990.065100
3.88-4.117.1820.04929.078482118111810.9990.053100
4.11-4.47.2070.04534.147935110111010.9990.048100
4.4-4.757.1880.04336.077612105910590.9990.047100
4.75-5.27.1260.04138.2367349459450.9990.045100
5.2-5.827.0670.04240.6860428558550.9990.045100
5.82-6.717.0880.03942.6555007767760.9990.042100
6.71-8.227.0510.03445.4645836506500.9990.037100
8.22-11.636.9120.03247.7834705035020.9990.03499.8
11.63-34.986.1510.03444.8317102902780.9980.03895.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MCX

4mcx


解像度: 2.8→34.98 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2177 1841 10.08 %
Rwork0.174 16418 -
obs0.1783 18259 94.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 242.3 Å2 / Biso mean: 69.9751 Å2 / Biso min: 28.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→34.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2142 855 12 171 3180
Biso mean--78.58 59.55 -
残基数----314
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.880.3382950.285790299768
2.88-2.960.29071230.25411009113278
2.96-3.060.27691310.24641192132389
3.06-3.160.2751480.24261282143097
3.17-3.290.25361490.20313331482100
3.29-3.440.22891520.1761304145699
3.44-3.620.24631480.179113271475100
3.62-3.850.21491440.181213211465100
3.85-4.140.19781450.15813341479100
4.15-4.560.1651500.136113421492100
4.56-5.220.13861470.136513521499100
5.22-6.560.21621520.153913321484100
6.58-34.980.23531570.16861388154599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.60031.6946-2.31241.8304-1.031.1698-0.0530.89140.0023-0.2160.06790.0340.1069-0.3813-0.03010.30320.0257-0.03250.2856-0.02530.549326.983-4.4068-13.8709
21.2685-0.52420.04486.27020.36328.75750.02211.8222-0.5082-1.1170.07370.26720.4027-0.3844-0.11370.8316-0.0797-0.04141.4835-0.29670.723922.0034-9.2634-32.0964
33.5650.3934-0.01360.18680.15060.63360.0558-0.0992-0.8568-0.0984-0.16890.10820.24710.10630.13680.31880.0339-0.0150.2707-0.00360.836344.7023-7.3218-10.1961
46.3491-1.6825-1.43030.3413-0.0962-0.3154-0.3395-0.90970.36370.15930.1475-0.06090.06140.21830.17280.32530.0209-0.03380.7094-0.0230.737834.18620.96314.3908
55.92990.1112-0.10160.1104-0.40531.1152-0.3132-1.4165-0.22330.13180.1452-0.18020.08870.33530.08990.31160.0665-0.0430.6333-0.08420.804834.98991.00484.5081
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 1:95)A1 - 95
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 0:91)B0 - 91
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resseq 7:91)C7 - 91
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resseq 1:21)D1 - 21
5X-RAY DIFFRACTION5(chain E and resseq 1:21)E1 - 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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