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- PDB-9ch4: Crystal structure of shark nonclassical MHC CLASS I, UGA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ch4
タイトルCrystal structure of shark nonclassical MHC CLASS I, UGA
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Ig-like domain-containing protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC / class I / shark / nurse shark / B2m / beta-2-microglobulin
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-03F / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Ginglymostoma cirratum (コモリザメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Castro, C.D. / Adams, E.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI170844 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CD1-like, lipid-presenting, nonclassical MHC molecules in shark
著者: Castro, C.D. / Adams, E.J.
履歴
登録2024年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ig-like domain-containing protein
B: Beta-2-microglobulin
C: Ig-like domain-containing protein
D: Beta-2-microglobulin
E: Ig-like domain-containing protein
F: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,91519
ポリマ－124,9266
非ポリマー6,98913
水1,72996
1
A: Ig-like domain-containing protein
B: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子

ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7008
ポリマ－41,6422
非ポリマー3,0586
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,y,-z1
Buried area4770 Å2
ΔGint23 kcal/mol
Surface area20160 Å2
手法PISA
2
C: Ig-like domain-containing protein
D: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0556
ポリマ－41,6422
非ポリマー2,4134
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint20 kcal/mol
Surface area19360 Å2
手法PISA
3
E: Ig-like domain-containing protein
F: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5846
ポリマ－41,6422
非ポリマー1,9424
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area18320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.773, 95.628, 112.372
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.96, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 Ig-like domain-containing protein


分子量: 30890.941 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ginglymostoma cirratum (コモリザメ)
遺伝子: scyTo_0002318 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 10751.004 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ginglymostoma cirratum (コモリザメ)
遺伝子: B2M, b2m / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: F4ZE04

-
糖 , 4種, 10分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1040.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-1-3-4-2/a3-b1_a4-c1_a6-f1_c4-d1_d6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 99分子

#7: 化合物 ChemComp-03F / (9Z)-N-[(2S,3R,4E)-1-(beta-D-glucopyranosyloxy)-3-hydroxyoctadec-4-en-2-yl]octadec-9-enamide / N-(9Z-octadecenoyl)-1--glucosyl-sphing-4-enine


分子量: 726.079 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H79NO8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Morpheus H8: 37.5 % v/v Precipitant Mix 4 (25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350), 0.1 M Sodium HEPES; MOPS (acid) pH 7.5, 0.1 M Amino acids

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.67→93.2 Å / Num. obs: 41251 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.291 / Rpim(I) all: 0.119 / Rrim(I) all: 0.314 / Net I/σ(I): 6.5 / Num. measured all: 288789
反射 シェル解像度: 2.67→2.78 Å / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.55 / Num. measured all: 32111 / Num. unique obs: 4586 / CC1/2: 0.522 / Rpim(I) all: 0.627 / Rrim(I) all: 1.674 / Net I/σ(I) obs: 1.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.67→93.2 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2617 1979 4.8 %
Rwork0.2394 --
obs0.2405 41199 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.67→93.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8956 0 290 96 9342
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.625
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.5373908
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1011428
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0231590
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.67-2.740.3551290.3262767X-RAY DIFFRACTION98
2.74-2.810.34991460.31262787X-RAY DIFFRACTION99
2.81-2.890.3351510.30782738X-RAY DIFFRACTION99
2.89-2.990.32861280.29262782X-RAY DIFFRACTION99
2.99-3.090.32121490.28212777X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.220.33041320.28532813X-RAY DIFFRACTION100
3.22-3.370.2841660.25832751X-RAY DIFFRACTION100
3.37-3.540.2781490.24812827X-RAY DIFFRACTION100
3.54-3.760.24971250.22032805X-RAY DIFFRACTION100
3.76-4.060.23511510.21672791X-RAY DIFFRACTION100
4.06-4.460.17991370.19972816X-RAY DIFFRACTION99
4.46-5.110.21071520.19772828X-RAY DIFFRACTION100
5.11-6.440.25771470.24362831X-RAY DIFFRACTION100
6.44-93.20.29781170.23292907X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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