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Yorodumi- PDB-9cgs: Structure of human MAIT A-F7 TCR in complex with human MR1-Pyrido... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9cgs | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of human MAIT A-F7 TCR in complex with human MR1-Pyridoxal-5'-phosphate | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / immune receptors | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationpositive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / beta-2-microglobulin binding / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / T cell receptor binding / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions ...positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / beta-2-microglobulin binding / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / T cell receptor binding / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / defense response to Gram-negative bacterium / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / lysosomal membrane / innate immune response / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Awad, W. / Rossjohn, R. | ||||||
| Funding support | Australia, 1items
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Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2024Title: MR1 presents vitamin B6-related compounds for recognition by MR1-reactive T cells. Authors: McInerney, M.P. / Awad, W. / Souter, M.N.T. / Kang, Y. / Wang, C.J.H. / Chan Yew Poa, K. / Abdelaal, M.R. / Le, N.H. / Shepherd, C.M. / McNeice, C. / Meehan, L.J. / Nelson, A.G. / Raynes, J. ...Authors: McInerney, M.P. / Awad, W. / Souter, M.N.T. / Kang, Y. / Wang, C.J.H. / Chan Yew Poa, K. / Abdelaal, M.R. / Le, N.H. / Shepherd, C.M. / McNeice, C. / Meehan, L.J. / Nelson, A.G. / Raynes, J.M. / Mak, J.Y.W. / McCluskey, J. / Chen, Z. / Ang, C.S. / Fairlie, D.P. / Le Nours, J. / Illing, P.T. / Rossjohn, J. / Purcell, A.W. | ||||||
| History |
|
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9cgs.cif.gz | 827.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9cgs.ent.gz | 566.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9cgs.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9cgs_validation.pdf.gz | 505.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 9cgs_full_validation.pdf.gz | 517 KB | Display | |
| Data in XML | 9cgs_validation.xml.gz | 80 KB | Display | |
| Data in CIF | 9cgs_validation.cif.gz | 105.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/9cgs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/9cgs | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 9cgrC C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 4 types, 8 molecules ACBFDGEH
| #1: Protein | Mass: 31939.787 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: MR1 / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 11879.356 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 21-119 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / Production host: ![]() #3: Protein | Mass: 22781.268 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: ![]() #4: Protein | Mass: 27677.760 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 4 types, 963 molecules 






| #5: Chemical | | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-NA / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.71 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: PEG 3350, BTP, Ca acetate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.9537 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 22, 2024 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2→44.18 Å / Num. obs: 138487 / % possible obs: 98.48 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 37.67 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.05 |
| Reflection shell | Resolution: 2→2.07 Å / Redundancy: 3.6 % / Num. unique obs: 49319 / CC1/2: 0.781 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2→44.18 Å / SU ML: 0.2325 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.49 / Phase error: 23.6549 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 49.37 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→44.18 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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