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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9cgi | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Nipah Virus polymerase (L) protein in complex with the tetrameric phosphoprotein (P) | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / VIRAL PROTEIN / Nipah virus / L protein / phosphoprotein / RNA-dependent RNA polymerase / PRNTase / GDP polyribonucleotidyl transferase / RNA capping / viral replication | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative stranded viral RNA transcription / NNS virus cap methyltransferase / GDP polyribonucleotidyltransferase / negative stranded viral RNA replication / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / virion component / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / molecular adaptor activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response ...negative stranded viral RNA transcription / NNS virus cap methyltransferase / GDP polyribonucleotidyltransferase / negative stranded viral RNA replication / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / virion component / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / molecular adaptor activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / GTPase activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Henipavirus nipahense (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, B. / Yang, G. / Wang, D. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structure of the Nipah virus polymerase phosphoprotein complex. 著者: Yang, G. / Wang, D. / Liu, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9cgi.cif.gz | 421.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9cgi.ent.gz | 311.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9cgi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9cgi_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9cgi_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9cgi_validation.xml.gz | 62.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9cgi_validation.cif.gz | 93.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/9cgi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/9cgi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 45580MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 257565.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Henipavirus nipahense (ウイルス) / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q997F0, RNA-directed RNA polymerase, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用, GDP polyribonucleotidyltransferase, NNS virus cap methyltransferase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 78390.320 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Henipavirus nipahense (ウイルス) / 遺伝子: P/V/C / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9IK91 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: The Nipah virus L-P complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.65 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Henipavirus nipahense (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 8 詳細: 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 250 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM TCEP, and 4 mM MgCl2 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 77 K / 最低温度: 63 K |
撮影 | 平均露光時間: 1.7 sec. / 電子線照射量: 54.8 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6114 |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.21_5207: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 3052781 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 278295 / アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 73.5 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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