PDB-9cg2: DUF512 protein from Pyrococcus furiosus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9cg2

タイトル

DUF512 protein from Pyrococcus furiosus

要素

Elp3/MiaA/NifB-like radical SAM core domain-containing protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / radical S-adenosylmethionine enzyme / DUF512

機能・相同性

機能・相同性情報

iron-sulfur cluster binding / catalytic activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Wang, B. / Radle, M.I. / Peduzzi, O. / Solinski, A. / Knox, H.L. / Cui, J. / Maurya, R. / Yennawar, N. / Booker, S.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Bio Med Chem Au / 年: 2024
タイトル: Structural Evidence for DUF512 as a Radical S -Adenosylmethionine Cobalamin-Binding Domain.
著者: Wang, B. / Solinski, A.E. / Radle, M.I. / Peduzzi, O.M. / Knox, H.L. / Cui, J. / Maurya, R.K. / Yennawar, N.H. / Booker, S.J.

履歴

登録	2024年6月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年9月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9cg2.cif.gz	183.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9cg2.ent.gz	140.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9cg2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9cg2_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9cg2_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9cg2_validation.xml.gz	21.4 KB	表示
CIF形式データ	9cg2_validation.cif.gz	29.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/9cg2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/9cg2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9cg1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Elp3/MiaA/NifB-like radical SAM core domain-containing protein

ヘテロ分子

43.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.882, 80.454, 98.431
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Elp3/MiaA/NifB-like radical SAM core domain-containing protein 分子量: 41286.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: PFC_03440 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I6U6R8

-
非ポリマー , 6種, 308分子

#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION 分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-B12 / COBALAMIN 分子量: 1330.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₂H₈₉CoN₁₃O₁₄P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-5AD / 5'-DEOXYADENOSINE 分子量: 251.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#6: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.83 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM DL-malic acid, MES and Tris base buffer (in the molar ratio 1:2:2), pH 6.0, 30% (w/v) PEG1500

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 2.0.1 / 波長: 1.03768 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.03768 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 29482 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.982 / CC star: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.07 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.081 / Χ²: 0.818 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 108632

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.95-1.98	3.7	0.61	1437	0.725	0.917	0.339	0.702	0.703	99.6
1.98-2.02	3.7	0.52	1480	0.71	0.911	0.291	0.599	0.699	99.5
2.02-2.06	3.7	0.463	1453	0.832	0.953	0.261	0.535	0.786	99.5
2.06-2.1	3.7	0.42	1456	0.798	0.942	0.237	0.485	0.843	99.7
2.1-2.15	3.6	0.346	1441	0.873	0.966	0.197	0.401	0.783	99
2.15-2.2	3.6	0.289	1489	0.896	0.972	0.165	0.335	0.849	99.6
2.2-2.25	3.5	0.252	1439	0.9	0.973	0.148	0.294	0.876	98.7
2.25-2.31	3.3	0.209	1458	0.942	0.985	0.128	0.247	0.848	97.5
2.31-2.38	3.7	0.203	1429	0.942	0.985	0.116	0.236	0.81	98.3
2.38-2.46	3.9	0.18	1477	0.956	0.989	0.1	0.208	0.814	99.8
2.46-2.54	3.8	0.157	1480	0.941	0.985	0.089	0.182	0.906	99.9
2.54-2.65	3.8	0.129	1476	0.97	0.992	0.073	0.149	0.852	99.1
2.65-2.77	3.7	0.11	1475	0.968	0.992	0.063	0.127	0.884	99.6
2.77-2.91	3.6	0.095	1477	0.976	0.994	0.056	0.111	0.913	99.5
2.91-3.1	3.6	0.076	1474	0.983	0.996	0.044	0.088	0.911	97.9
3.1-3.33	4	0.066	1486	0.986	0.997	0.037	0.076	0.866	98.7
3.33-3.67	3.9	0.059	1503	0.987	0.997	0.033	0.068	0.868	98.9
3.67-4.2	3.6	0.051	1496	0.985	0.996	0.029	0.059	0.773	98.6
4.2-5.29	3.7	0.046	1504	0.989	0.997	0.026	0.053	0.618	97.5
5.29-50	3.8	0.062	1552	0.989	0.997	0.034	0.071	0.771	93.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.96→37.24 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2128	2000	7.06 %
R_work	0.1692	-	-
obs	0.1723	28345	94.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.96→37.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2940	0	110	303	3353

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3145
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.846	4289
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.574	1269
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	480
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	587

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.96-2.01	0.2114	102	0.2	1348	X-RAY DIFFRACTION	70
2.01-2.06	0.2687	123	0.1978	1625	X-RAY DIFFRACTION	83
2.06-2.12	0.2593	141	0.1886	1847	X-RAY DIFFRACTION	94
2.12-2.19	0.2302	142	0.1926	1876	X-RAY DIFFRACTION	98
2.19-2.27	0.2235	148	0.1804	1943	X-RAY DIFFRACTION	98
2.27-2.36	0.221	145	0.165	1916	X-RAY DIFFRACTION	97
2.36-2.47	0.226	147	0.168	1934	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.6	0.2181	149	0.1757	1966	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.76	0.2246	150	0.1688	1965	X-RAY DIFFRACTION	99
2.76-2.97	0.2101	148	0.1763	1956	X-RAY DIFFRACTION	99
2.97-3.27	0.2023	149	0.1761	1965	X-RAY DIFFRACTION	99
3.27-3.74	0.2007	150	0.164	1977	X-RAY DIFFRACTION	99
3.74-4.71	0.1933	152	0.1431	2005	X-RAY DIFFRACTION	98
4.71-37.24	0.1987	154	0.163	2022	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 12.3778 Å / Origin y: 17.0259 Å / Origin z: 24.1702 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1274 Å²	0.0334 Å²	0.0271 Å²	-	0.0984 Å²	-0.0109 Å²	-	-	0.1005 Å²
L	1.1824 °²	0.5719 °²	0.6296 °²	-	0.5863 °²	0.1983 °²	-	-	0.7115 °²
S	0.0069 Å °	-0.1021 Å °	-0.076 Å °	0.0748 Å °	-0.0023 Å °	-0.0239 Å °	0.096 Å °	-0.0489 Å °	-0.0086 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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