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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9cfn | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of an exoribonuclease-resistant RNA from a Tombusvirus-like associated RNA | |||||||||
![]() | RNA (59-MER) | |||||||||
![]() | RNA / xrRNA / pseudoknot | |||||||||
機能・相同性 | IRIDIUM HEXAMMINE ION / : / RNA / RNA (> 10)![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Gezelle, J. / Wimberly, B. / Gong, Z. / Steckelberg, A.L. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A conserved viral RNA fold enables nuclease resistance across kingdoms of life 著者: Gezelle, J.G. / Korn, S.M. / McDonald, J.T. / Gong, Z. / Erickson, A. / Huang, C.-H. / Yang, F. / Cronin, M. / Kuo, Y.-W. / Wimberly, B.T. / Steckelberg, A.L. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 156.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 104.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 426.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 429.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 19012.357 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() 参照: GenBank: 1782103816 #2: 化合物 | ChemComp-IRI / #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | Has protein modification | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.07 % / 解説: Rod-like cluster |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: well solution: 0.02 M Magnesium chloride hexahydrate 0.05 M Sodium cacodylate trihydrate pH 7.0 15% v/v 2-Propanol 0.001 M Hexammine cobalt(III) chloride 0.001 M Spermine 5 mg/mL RNA was ...詳細: well solution: 0.02 M Magnesium chloride hexahydrate 0.05 M Sodium cacodylate trihydrate pH 7.0 15% v/v 2-Propanol 0.001 M Hexammine cobalt(III) chloride 0.001 M Spermine 5 mg/mL RNA was dissolved in: 2.5 mM MgCl2 10 mM HEPES-KOH pH 7.5 0.5 mM spermidine 300 nL sitting drops were set up using the mosquito with a 1:1 well:RNA ratio |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→41.06 Å / Num. obs: 8421 / % possible obs: 87.25 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 55.77 Å2 / CC1/2: 0.981 / CC star: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.05966 / Rrim(I) all: 0.1177 / Net I/σ(I): 10.53 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.004 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.8365 / Mean I/σ(I) obs: 1.71 / Num. unique obs: 494 / CC1/2: 0.817 / CC star: 0.948 / Rpim(I) all: 0.4913 / Rrim(I) all: 0.9738 / % possible all: 58.81 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→41.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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