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- PDB-9cfn: Crystal structure of an exoribonuclease-resistant RNA from a Tomb... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cfn
タイトルCrystal structure of an exoribonuclease-resistant RNA from a Tombusvirus-like associated RNA
要素RNA (59-MER)
キーワードRNA / xrRNA / pseudoknot
機能・相同性IRIDIUM HEXAMMINE ION / : / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Beet western yellows ST9 associated virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Gezelle, J. / Wimberly, B. / Gong, Z. / Steckelberg, A.L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-2036197 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM150778 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: A conserved viral RNA fold enables nuclease resistance across kingdoms of life.
著者: Gezelle, J.G. / Korn, S.M. / McDonald, J.T. / Gong, Z. / Erickson, A. / Huang, C.H. / Yang, F. / Cronin, M. / Kuo, Y.W. / Wimberly, B.T. / Steckelberg, A.L.
履歴
登録2024年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月23日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22025年9月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (59-MER)
B: RNA (59-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,13928
ポリマ－38,0252
非ポリマー7,11426
水00
1
A: RNA (59-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,86415
ポリマ－19,0121
非ポリマー3,85214
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA (59-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,27513
ポリマ－19,0121
非ポリマー3,26312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.637, 42.392, 84.491
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.620, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y

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要素

#1: RNA鎖 RNA (59-MER)


分子量: 19012.357 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Beet western yellows ST9 associated virus (ウイルス)
発現宿主: Beet western yellows ST9 associated virus (ウイルス)
参照: GenBank: 1782103816
#2: 化合物...
ChemComp-IRI / IRIDIUM HEXAMMINE ION


分子量: 294.400 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: H18IrN6
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.07 % / 解説: Rod-like cluster
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: well solution: 0.02 M Magnesium chloride hexahydrate 0.05 M Sodium cacodylate trihydrate pH 7.0 15% v/v 2-Propanol 0.001 M Hexammine cobalt(III) chloride 0.001 M Spermine 5 mg/mL RNA was ...詳細: well solution: 0.02 M Magnesium chloride hexahydrate 0.05 M Sodium cacodylate trihydrate pH 7.0 15% v/v 2-Propanol 0.001 M Hexammine cobalt(III) chloride 0.001 M Spermine 5 mg/mL RNA was dissolved in: 2.5 mM MgCl2 10 mM HEPES-KOH pH 7.5 0.5 mM spermidine 300 nL sitting drops were set up using the mosquito with a 1:1 well:RNA ratio

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→41.06 Å / Num. obs: 8421 / % possible obs: 87.25 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 55.77 Å2 / CC1/2: 0.981 / CC star: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.05966 / Rrim(I) all: 0.1177 / Net I/σ(I): 10.53
反射 シェル解像度: 2.9→3.004 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.8365 / Mean I/σ(I) obs: 1.71 / Num. unique obs: 494 / CC1/2: 0.817 / CC star: 0.948 / Rpim(I) all: 0.4913 / Rrim(I) all: 0.9738 / % possible all: 58.81

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
STARANISOv3.352 5-Apr-2024データスケーリング
PHENIX1.20.1_4487位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→41.06 Å / SU ML: 0.3523 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.6471
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2581 739 10.01 %
Rwork0.2173 6645 -
obs0.2214 7384 87.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→41.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2333 170 0 2503
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00172754
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50344427
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0246544
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0028109
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.78161301
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.120.36771040.2743932X-RAY DIFFRACTION62.26
3.12-3.440.2741300.21881173X-RAY DIFFRACTION78.02
3.44-3.940.28511640.24511477X-RAY DIFFRACTION97.27
3.94-4.950.26971690.21551512X-RAY DIFFRACTION99.94
4.96-41.060.21121720.19211551X-RAY DIFFRACTION98.18
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00951895657302-0.004427036297690.01222817570160.0028427342124-0.0118415857440.02336118781580.006476955693230.0020620958797-0.01690595600680.0281861585908-0.009001947886440.02055172301830.0506108300739-0.003198267823540.00828948687525-0.228688934973-0.178058789701-0.02952444888080.1260796180150.08332092921830.1751057088736.91136960351.6134814331131.2996178732
20.0157026216960.005666760124530.003991035716620.00298245824430.00123735745570.02139064821170.1854700455010.007263417857220.0925308203046-0.1079609418840.07503011308570.0660196545844-0.169226722512-0.0309208687852-0.0002511878016470.717990169427-0.08798171144830.1715611116740.6315478198860.07917051598530.48104398349641.16919725053.9546007044810.5532102573
30.0121009732823-0.0448262716088-0.03039990597370.3226739295890.2388789468370.1807324405460.1536210081010.110520667977-0.0399517612884-0.2406769408360.03454883655430.141716658157-0.161067356006-0.03913842741660.4549666933080.0761913395440.0904453815976-0.04327721486920.1425344519870.03103610761540.15262190775930.71327330376.9516037563125.6762573986
40.1037986983060.01324227430070.04426698665570.001371730553150.006509972912740.02188912781810.01432353948430.0450391292817-0.00422915524495-0.06081221208380.0824015605534-0.069341822108-0.0273629394395-0.04958105795420.01751245438221.305478412390.2213750958440.4509853378590.7467947976640.02735691521140.57627389947341.35000166221.675598106392.60088320094
50.045381309746-0.020439157708-0.02691328163290.007919778095480.01003797769340.0172694523772-0.0227767621747-0.01505121048630.0198623788845-0.00274686574018-0.07489133540040.0271835619799-0.0555770652701-0.0512538605939-0.04952561557910.05139985799490.0393896524206-0.09118151772940.182467820951-0.06471328788830.2475797895680.5763736125570.45497160396235.6417684126
60.07745882156830.00472721710418-0.04814266443770.0454599708627-0.02151648636640.03788229714440.0481943763477-0.0601735578064-0.0689273386215-0.01873903123940.1057545293990.0002587108063430.222609219447-0.001399397475930.0506827326480.7712531855970.0254484871655-0.2430487659330.579228429222-0.08178389634330.1909614316287.00398953606-1.1167050275315.649557839
70.2896801805080.0524333494135-0.04418558235380.0211325363178-0.0464945456490.499855478126-0.1494218188510.05780524058730.1443362857990.0248784803095-0.0568761977090.119765698583-0.0379985116436-0.10513369046-0.2457589480780.0970544230079-0.03608954984010.0001088445756190.227243101865-0.02608064639750.2086512020879.05890096785-4.1005796486934.1521851747
80.001426461891370.000604328130937-0.00361964677133-0.000578467772879-0.004176961633360.0156861389201-0.0717599207734-0.01789079695390.0660628528886-0.137908211174-0.1030573138970.108120205925-0.0564212590930.03096430689-6.48493493357E-50.937523131510.192858132188-0.06177213628790.8486711038140.03302235956490.50436429582410.7405330340.7848288911618.48908468714
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 11 )AA1 - 11
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 12 through 22 )AA12 - 22
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 23 through 46 )AA23 - 46
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 47 through 55 )AA47 - 55
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 11 )BB2 - 11
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 12 through 22)BB12 - 22
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 23 through 46 )BB23 - 46
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 47 through 55 )BB47 - 55

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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