PDB-9cfd: Fab 8C1 in complex with OspCA peptide P15 (residues 132-146)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9cfd

タイトル

Fab 8C1 in complex with OspCA peptide P15 (residues 132-146)

要素

(Monoclonal 8C1 Fab ...) x 2
Outer surface protein C

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Anti-OspA antibody

機能・相同性

external side of cell outer membrane / Lipoprotein, OspC-type / Outer surface protein C-like superfamily / Lipoprotein / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / cell surface / membrane / Outer surface protein C

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Rudolph, M.J. / Mantis, N.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fab 8C1 in complex with OspCA peptide P15 (residues 132-146)
著者: Rudolph, M.J. / Mantis, N.

履歴

登録	2024年6月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9cfd.cif.gz	326 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9cfd.ent.gz	221.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9cfd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9cfd_validation.pdf.gz	458.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9cfd_full_validation.pdf.gz	461.7 KB	表示
XML形式データ	9cfd_validation.xml.gz	26.6 KB	表示
CIF形式データ	9cfd_validation.cif.gz	36.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/9cfd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/9cfd	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
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光化学系I (Photosystem I)
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ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

H: Monoclonal 8C1 Fab Heavy Chain

L: Monoclonal 8C1 Fab Light Chain

P: Outer surface protein C

ヘテロ分子

49.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.440, 106.440, 71.344
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅
Space group name Hall	P6₅

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 P

#3: タンパク質・ペプチド	Outer surface protein C / pC / P23 分子量: 1764.972 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 132-146 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア) 参照: UniProt: Q07337

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体	Monoclonal 8C1 Fab Heavy Chain 分子量: 23659.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	Monoclonal 8C1 Fab Light Chain 分子量: 23965.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
非ポリマー , 3種, 387分子

#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.93 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM Tris- pH 7.0, 200 mM Li2SO4, and 2.0 M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS-II

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月31日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.64→50 Å / Num. obs: 56365 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 19.3 % / B_iso Wilson estimate: 22.94 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.089 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.092 / Χ²: 0.908 / Net I/σ(I): 6.3 / Num. measured all: 1088903

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.64-1.67	11.7	1.041	2570	0.855	0.96	0.296	1.084	0.343	91.1
1.67-1.7	15.4	0.907	2805	0.948	0.986	0.225	0.935	0.355	100
1.7-1.73	18.5	0.875	2831	0.958	0.989	0.201	0.898	0.37	100
1.73-1.77	19.8	0.735	2789	0.968	0.992	0.165	0.753	0.375	100
1.77-1.81	20.5	0.59	2810	0.982	0.995	0.131	0.605	0.394	100
1.81-1.85	20.7	0.489	2827	0.987	0.997	0.108	0.501	0.416	100
1.85-1.89	20.8	0.418	2834	0.988	0.997	0.093	0.428	0.44	100
1.89-1.94	20.5	0.327	2831	0.992	0.998	0.073	0.335	0.48	100
1.94-2	20.5	0.256	2830	0.994	0.998	0.057	0.262	0.515	100
2-2.07	20.2	0.208	2789	0.996	0.999	0.047	0.213	0.555	100
2.07-2.14	19.8	0.173	2857	0.997	0.999	0.039	0.177	0.619	100
2.14-2.23	18.6	0.147	2831	0.997	0.999	0.035	0.151	0.683	100
2.23-2.33	18.6	0.132	2803	0.997	0.999	0.032	0.136	0.746	100
2.33-2.45	20	0.114	2828	0.998	1	0.026	0.117	0.81	100
2.45-2.6	21.4	0.1	2842	0.998	1	0.022	0.102	0.935	100
2.6-2.8	21.1	0.09	2840	0.999	1	0.02	0.092	1.199	100
2.8-3.09	20.7	0.077	2829	0.999	1	0.017	0.079	1.6	100
3.09-3.53	19.9	0.067	2852	0.999	1	0.015	0.069	2.207	100
3.53-4.45	17	0.058	2853	0.999	1	0.014	0.06	2.593	99.4
4.45-50	20	0.049	2914	0.999	1	0.011	0.05	2.263	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.64→46.09 Å / SU ML: 0.1776 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 20.2306
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1887	2878	5.12 %
R_work	0.1605	53370	-
obs	0.162	56248	99.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→46.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3377	0	22	377	3776

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0178	3524
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.41	4800
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.092	547
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0122	610
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.4769	483

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.64-1.67	0.3124	115	0.2694	2410	X-RAY DIFFRACTION	93.41
1.67-1.69	0.2867	151	0.2379	2469	X-RAY DIFFRACTION	99.66
1.69-1.72	0.2633	144	0.2139	2540	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.72-1.76	0.2471	106	0.1946	2585	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.76-1.79	0.2025	126	0.176	2536	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.79-1.83	0.2029	145	0.1632	2552	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.83-1.88	0.2044	137	0.1719	2515	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.88-1.92	0.2048	164	0.1632	2521	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.97	0.193	126	0.1621	2579	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.97-2.03	0.1793	147	0.1618	2531	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.03-2.1	0.1763	115	0.1508	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.17	0.1781	150	0.1469	2540	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.17-2.26	0.1568	138	0.1428	2516	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.26-2.36	0.1963	143	0.1557	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.49	0.1785	138	0.1502	2543	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.49-2.64	0.1855	148	0.1545	2549	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.85	0.1517	133	0.1533	2579	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.85-3.13	0.1922	134	0.1627	2558	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.13-3.59	0.1887	134	0.1534	2557	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.59-4.51	0.1746	130	0.144	2559	X-RAY DIFFRACTION	99.12
4.52-46.09	0.1982	154	0.176	2597	X-RAY DIFFRACTION	98.92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.00180155963	1.47112370074	-0.599274312118	3.69153332186	-4.31448475424	6.32089303448	0.0188694183625	0.453266894502	-0.284551577534	-0.296203309409	-0.04996826162	-0.240781023574	0.362619838435	0.251066151959	0.0842332953779	0.179760552478	0.0253092636443	-0.0119916122317	0.306223205102	-0.0694742489748	0.270124676289	7.77368591556	-41.3795611144	-13.8188964349
2	1.71230608337	0.644456235025	0.779101771807	5.21476390627	-2.2202991644	4.0740770783	0.137384540025	0.257838132293	-0.163089902699	0.226306875333	0.0420890350711	-0.0451330669329	-0.450721758857	0.130816333045	-0.064348053972	0.0912814237595	0.075647685909	0.00370869123669	0.278158399382	-0.0408240522798	0.212963071113	9.4983562882	-41.0705563331	-10.8716731134
3	2.38682426101	0.624485253371	0.341590398322	6.58854085129	-2.21090339631	3.96674294218	-0.0151860449363	0.582403689852	0.0733934275037	-0.741191615453	0.132773090336	0.346068647883	-0.016085432879	-0.0563598834575	-0.185657141329	0.239461220162	0.040259688259	0.00249943564619	0.422635892293	-0.0168192252293	0.239993613367	4.81125557835	-36.3072892222	-20.2575093092
4	2.23057450519	-1.88250583843	-2.06892814366	3.99370618639	2.57982489546	5.16192635713	-0.178302138672	-0.627023799059	0.185746762577	0.104890479663	0.201503131334	0.246737846523	-0.376958511088	-0.561486272521	0.036903678118	0.356671579364	0.0711727424287	0.00448783663188	0.451463987558	0.0333816112112	0.237468239858	16.429623804	-39.7216429311	37.1470683132
5	1.49234219119	1.42942464986	-0.0557770175898	3.22591536815	-3.44377566301	5.98025820329	0.01910966414	-0.186381259928	0.331104296267	0.165184062006	0.132799536389	0.268795161953	-0.412406508415	-0.254014998493	-0.315557277634	0.249580510156	0.0878646597747	0.0185865589709	0.182167565561	-0.0460894441441	0.204172676126	18.3262341266	-24.7906192508	15.8407263865
6	2.06722822064	1.53475629408	-3.29035782902	2.40876397663	-4.67674708199	9.26206621548	-0.15086932971	-0.00893055311402	0.0459192449866	0.255939598736	0.184315055437	-0.0365421509895	-0.560760584375	-0.667883320792	-0.169139622679	0.290493520353	0.103144821771	0.0201780203413	0.313006318918	-0.0443234497731	0.190729003054	15.220822672	-28.6678789491	28.4369625185
7	3.09016393193	-0.292651519141	2.29854183754	3.00053825692	-1.96712656738	2.73352095213	0.0216301791373	-0.0947740459266	0.10220377992	0.015099996657	-0.0498495941633	-0.119714716653	0.162239517852	0.177274766078	-0.0277545106438	0.127795555588	0.0275011483055	-0.00649157860845	0.15401959212	0.0032768869308	0.154796411124	24.9076278253	-34.7533332181	23.1364275015
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11	7.85320708047	5.29188678971	1.01052914656	6.78926011128	0.503762230987	1.17319436302	-0.340783091241	0.618639567532	0.269627773589	-0.385134631633	0.220419167181	0.45031167461	-0.0386836421686	0.048787723237	0.100240149596	0.172421227804	0.0116038224455	0.0235671397747	0.241294497937	-0.00479537364632	0.206981962605	2.56198603046	-29.0241846912	-7.77549587498
12	3.89468902061	0.859997903564	-0.346105949083	0.666726421314	-0.137503352417	1.26663325857	-0.0961170809852	0.0694733057034	-0.36034319661	-0.0405115807226	0.0556416304968	-0.0571504465604	0.0522765789716	-0.132135442206	0.0395114372768	0.169420952733	0.00976328937439	0.0342161814921	0.162580589499	0.0124971783835	0.213493465953	6.37100088705	-31.7990197202	-1.3409788158
13	8.30469162847	5.19682349051	2.93793587404	4.26186720621	2.02088946255	1.88029670261	-0.252169812574	-0.222139381395	0.134693984891	-0.245349586908	0.103976132119	0.151396197085	-0.219108053271	-0.205299682576	0.0828920872256	0.199868582079	0.0300269785307	0.0301311484934	0.223745788489	0.00317848635967	0.218976281539	-1.37683056529	-25.9399636213	0.346530456315
14	7.1891816342	3.1679446943	2.28377768009	6.36451801689	0.406934886633	4.98712653027	-0.219253857107	-0.296046045358	0.969714424948	-0.103811678871	-0.0755451388487	0.341859590839	-0.315660808691	-0.861821126702	0.248378772544	0.242842274577	0.071941510382	0.0136415376296	0.312771977159	0.00114348749006	0.32138022322	-1.34221411137	-21.9922539747	-2.8776880907
15	2.65349994588	0.0777294204866	2.13049256711	2.42930505482	0.753912304174	4.86826673909	0.0259957267553	0.0250660646973	-0.13456590962	-0.0771308642196	0.0215174778499	0.00656298368277	0.0596829027298	-0.0373850987655	-0.0482812525963	0.182518762442	0.0360374610361	-0.00453420521255	0.183634509306	0.0252621307363	0.218500977201	23.9827861659	-54.2083932665	18.7039559788
16	3.34124334883	0.628153749353	-1.34478951181	6.91993767957	-2.31546448808	7.58453150372	0.112817104129	0.0281341881169	0.0272009681998	-0.471513916396	0.160280487124	0.540563856469	-0.361963849907	-0.691043181376	-0.282305424658	0.158873332156	0.0404155757111	-0.0396784721129	0.170431982466	0.00112300525153	0.163073658061	14.8668146233	-45.5273392725	17.3191429985
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18	1.62869847243	-0.412544369422	1.63680455097	0.293004094078	-0.559031664952	2.54460013369	0.0518641717773	0.0359224056875	-0.138940757662	0.00172989528501	0.0419289212222	0.0849815590519	0.00254936986491	-0.122863683731	-0.127227454421	0.132968680581	0.0282795523456	0.0141692928251	0.196049247748	-0.00462541064387	0.188073181381	12.361041963	-43.8432583932	4.33825103703

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'L' and (resid 134 through 155 )	L	B	134 - 155	134 - 155
2	2	chain 'L' and (resid 156 through 177 )	L	B	156 - 177	156 - 177
3	3	chain 'L' and (resid 178 through 218 )	L	B	178 - 218	178 - 218
4	4	chain 'P' and (resid 132 through 145 )	P	C	132 - 145	1 - 14
5	5	chain 'H' and (resid 1 through 17 )	H	A	1 - 17	1 - 17
6	6	chain 'H' and (resid 18 through 32 )	H	A	18 - 32	18 - 32
7	7	chain 'H' and (resid 33 through 57 )	H	A	33 - 57	33 - 57
8	8	chain 'H' and (resid 58 through 76 )	H	A	58 - 76	58 - 76
9	9	chain 'H' and (resid 77 through 91 )	H	A	77 - 91	77 - 91
10	10	chain 'H' and (resid 92 through 120 )	H	A	92 - 120	92 - 120
11	11	chain 'H' and (resid 121 through 146 )	H	A	121 - 146	121 - 141
12	12	chain 'H' and (resid 147 through 189 )	H	A	147 - 189	142 - 184
13	13	chain 'H' and (resid 190 through 204 )	H	A	190 - 204	185 - 199
14	14	chain 'H' and (resid 205 through 215 )	H	A	205 - 215	200 - 210
15	15	chain 'L' and (resid 1 through 37 )	L	B	1 - 37	1 - 37
16	16	chain 'L' and (resid 38 through 53 )	L	B	38 - 53	38 - 53
17	17	chain 'L' and (resid 54 through 80 )	L	B	54 - 80	54 - 80
18	18	chain 'L' and (resid 81 through 133 )	L	B	81 - 133	81 - 133

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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