[日本語] English
万見
- PDB-9ceq: Lanthanide Binding Tag complex LBT3-NH2:La3+ -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ceq
タイトルLanthanide Binding Tag complex LBT3-NH2:La3+
要素Lanthanide Binding Tag Peptide
キーワードDE NOVO PROTEIN / Rare earth complex / calmodulin derivative
機能・相同性LANTHANUM (III) ION
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Kt, S. / Messinger, R.J. / Favaro, D.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0022240 米国
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2025
タイトル: The Role of Asparagine as a Gatekeeper Residue in the Selective Binding of Rare Earth Elements by Lanthanide-Binding Peptides.
著者: Kt, S.S. / Qiao, B. / Marmorstein, J.G. / Wang, Y. / Favaro, D.C. / Stebe, K.J. / Petersson, E.J. / Radhakrishnan, R. / de la Fuente-Nunez, C. / Tu, R.S. / Maldarelli, C. / Olvera de la Cruz, M. / Messinger, R.J.
履歴
登録2024年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年6月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lanthanide Binding Tag Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,0592
ポリマ－1,9201
非ポリマー1391
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: fluorescence resonance energy transfer, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Lanthanide Binding Tag Peptide


分子量: 1920.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-LA / LANTHANUM (III) ION / ランタントリカチオン


分子量: 138.905 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: La / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
121isotropic12D 1H-1H TOCSY
131isotropic12D 1H-13C HSQC
141isotropic12D 1H-15N HSQC

-
試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 300 uM LBT3, 600 uM LANTHANUM (III) ION, 50 mM D13 MES, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O
詳細: 300uM LBT3 with 600uM La3+ cations in 50mM MES-D13 buffer, 100mM NaCl, pH 6
Label: LBT3:La sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 uMLBT3natural abundance1
600 uMLANTHANUM (III) IONnatural abundance1
50 mMMESD131
100 mMsodium chloridenatural abundance1
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: conditions_1 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III HD / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III HD / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.98.15Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CcpNmr Analysis3.1CCPNchemical shift assignment
TopSpin3.6Bruker Biospin解析
CcpNmr Analysis Assign3.1CCPNpeak picking
GROMACS2016.3GROMACS精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る