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万見
- PDB-9ce9: Solution NMR structure of the fungal loosenin PcaLOOL12 from Phan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ce9
タイトルSolution NMR structure of the fungal loosenin PcaLOOL12 from Phanerochaete carnosa
要素RlpA-like protein double-psi beta-barrel domain-containing protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Expansin / Non-lytic / Cellulose / Carbohydrate-active enzymes / Defibrillation
機能・相同性: / RlpA-like domain superfamily / RlpA-like protein double-psi beta-barrel domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Phanerochaete carnosa
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Buchko, G.W. / Master, E.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC05-76RL01830 米国
引用ジャーナル: Biotechnol Biofuels Bioprod / 年: 2025
タイトル: SANS investigation of fungal loosenins reveals substrate-dependent impacts of protein action on the inter-microfibril arrangement of cellulosic substrates.
著者: Dahiya, D. / Peter-Szabo, Z. / Senanayake, M. / Pingali, S.V. / Leite, W.C. / Byrnes, J. / Buchko, G.W. / Sivan, P. / Vilaplana, F. / Master, E.R. / O'Neill, H.
履歴
登録2024年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月17日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
改定 1.32025年3月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RlpA-like protein double-psi beta-barrel domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7801
ポリマ－10,7801
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, The retention time on a gel filtration column and estimated rotational correlation time (tc) were consistent with a monomer.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 RlpA-like protein double-psi beta-barrel domain-containing protein


分子量: 10779.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phanerochaete carnosa (strain HHB-10118-sp) (菌類)
株: HHB-10118-sp / 遺伝子: PHACADRAFT_262410 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: K5VZD3
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
141isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
151isotropic13D 1H-15N NOESY
1101isotropic13D HNCO
191isotropic13D HNCA
181isotropic13D CBCA(CO)NH
171isotropic13D HN(CA)CB
161isotropic13D C(CO)NH
1112isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
1123isotropic1Deuterium exchange
1131isotropic13D 1H-15N TOCSY
1141isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
1151isotropic13D HN(CA)CO

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] PcaLOOL12, 100 mM sodium chloride, 20 mM TRIS, 93% H2O/7% D2OPcaLOOL1293% H2O/7% D2O
solution20.8 mM [U-10% 13C; U-99% 15N] PcaLOOL12, 100 mM sodium chloride, 20 mM TRIS, 93% H2O/7% D2OPcaLOOL1293% H2O/7% D2O
solution30.4 mM [U-99% 15N] PcaLOOL12, 100 mM sodium chloride, 20 mM TRIS, 93% H2O/7% D2OPcaLOOL1293% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMPcaLOOL12[U-99% 13C; U-99% 15N]1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
20 mMTRISnatural abundance1
0.8 mMPcaLOOL12[U-10% 13C; U-99% 15N]2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
20 mMTRISnatural abundance2
0.4 mMPcaLOOL12[U-99% 15N]3
100 mMsodium chloridenatural abundance3
20 mMTRISnatural abundance3
試料状態イオン強度: 0.12 mM / Ionic strength err: 0.005 / Label: all / pH: 7 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K / Temperature err: 0.2

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian VNMRS / 製造業者: Varian / モデル: VNMRS / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
PokyManthey, Tonelli, Clos II, Rahimi, Markley and Leeデータ解析
CYANA1.2Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CNSSOLVE1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
TALOS+Shen, Delaglio, Cornilescu and Baxデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
PSVS1.5Bhattacharya and Montelioneデータ解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 2
詳細: STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED ITERATIVELY USING CYANA (AUTOMATED NOESY ASSIGNMENTS). A TOTAL OF 20 STRUCTURES OUT OF 100 WITH LOWEST TARGET FUNCTION FROM THE FINAL CYANA CALCULATION ...詳細: STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED ITERATIVELY USING CYANA (AUTOMATED NOESY ASSIGNMENTS). A TOTAL OF 20 STRUCTURES OUT OF 100 WITH LOWEST TARGET FUNCTION FROM THE FINAL CYANA CALCULATION WERE TAKEN AND REFINED BY RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS/ENERGY MINIMIZATION IN EXPLICIT WATER (CNS) AFTER ADDING 10% TO THE UPPER BOUNDARY LIMIT OF THE DISTANCE RESTRAINTS AND THE VDW
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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