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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9ce9 | ||||||
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タイトル | Solution NMR structure of the fungal loosenin PcaLOOL12 from Phanerochaete carnosa | ||||||
要素 | RlpA-like protein double-psi beta-barrel domain-containing protein | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / Expansin / Non-lytic / Cellulose / Carbohydrate-active enzymes / Defibrillation | ||||||
機能・相同性 | RlpA-like domain superfamily / RlpA-like protein double-psi beta-barrel domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Phanerochaete carnosa | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Buchko, G.W. / Master, E.R. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Bio-SANS investigation of fungal loosenins reveal substrate dependent impacts of protein action on inter-fibril distance and packing order of cellulosic substrates 著者: Buchko, G.W. / Master, E.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9ce9.cif.gz | 654.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9ce9.ent.gz | 557.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9ce9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9ce9_validation.pdf.gz | 540.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9ce9_full_validation.pdf.gz | 691.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 9ce9_validation.xml.gz | 36.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9ce9_validation.cif.gz | 60.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/9ce9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/9ce9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10779.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Phanerochaete carnosa (strain HHB-10118-sp) (菌類) 株: HHB-10118-sp / 遺伝子: PHACADRAFT_262410 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: K5VZD3 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.12 mM / Ionic strength err: 0.005 / Label: all / pH: 7 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K / Temperature err: 0.2 |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian VNMRS / 製造業者: Varian / モデル: VNMRS / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 2 詳細: STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED ITERATIVELY USING CYANA (AUTOMATED NOESY ASSIGNMENTS). A TOTAL OF 20 STRUCTURES OUT OF 100 WITH LOWEST TARGET FUNCTION FROM THE FINAL CYANA CALCULATION ...詳細: STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED ITERATIVELY USING CYANA (AUTOMATED NOESY ASSIGNMENTS). A TOTAL OF 20 STRUCTURES OUT OF 100 WITH LOWEST TARGET FUNCTION FROM THE FINAL CYANA CALCULATION WERE TAKEN AND REFINED BY RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS/ENERGY MINIMIZATION IN EXPLICIT WATER (CNS) AFTER ADDING 10% TO THE UPPER BOUNDARY LIMIT OF THE DISTANCE RESTRAINTS AND THE VDW | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |