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万見
- PDB-9cdz: Crystal Structure of MDM2-Peptide Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cdz
タイトルCrystal Structure of MDM2-Peptide Complex
要素
  • E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
  • Peptide
キーワードONCOPROTEIN / De novo design / Cyclic peptide / Deep learning / AlphaFold / MDM2
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to vitamin B1 / response to formaldehyde / response to water-immersion restraint stress / traversing start control point of mitotic cell cycle / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / response to ether / fibroblast activation / atrial septum development / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator ...cellular response to vitamin B1 / response to formaldehyde / response to water-immersion restraint stress / traversing start control point of mitotic cell cycle / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / response to ether / fibroblast activation / atrial septum development / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / receptor serine/threonine kinase binding / Trafficking of AMPA receptors / peroxisome proliferator activated receptor binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / negative regulation of protein processing / SUMO transferase activity / response to iron ion / NEDD8 ligase activity / AKT phosphorylates targets in the cytosol / atrioventricular valve morphogenesis / cellular response to peptide hormone stimulus / response to steroid hormone / ventricular septum development / endocardial cushion morphogenesis / positive regulation of muscle cell differentiation / cellular response to alkaloid / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / cardiac septum morphogenesis / blood vessel development / ligase activity / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / regulation of protein catabolic process / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / response to magnesium ion / SUMOylation of transcription factors / protein sumoylation / cellular response to UV-C / cellular response to estrogen stimulus / blood vessel remodeling / cellular response to actinomycin D / protein localization to nucleus / ribonucleoprotein complex binding / protein autoubiquitination / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / NPAS4 regulates expression of target genes / transcription repressor complex / positive regulation of mitotic cell cycle / regulation of heart rate / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / proteolysis involved in protein catabolic process / ubiquitin binding / positive regulation of protein export from nucleus / Stabilization of p53 / response to cocaine / establishment of protein localization / Regulation of RUNX3 expression and activity / cellular response to gamma radiation / protein destabilization / cellular response to growth factor stimulus / RING-type E3 ubiquitin transferase / Oncogene Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Methylation / centriolar satellite / cellular response to hydrogen peroxide / response to toxic substance / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / disordered domain specific binding / p53 binding / endocytic vesicle membrane / ubiquitin protein ligase activity / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Regulation of TP53 Degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of neuron projection development / 5S rRNA binding / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / Oxidative Stress Induced Senescence / cellular response to hypoxia / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / amyloid fibril formation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of cell cycle / postsynaptic density / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / protein domain specific binding / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / glutamatergic synapse / enzyme binding
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. ...E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Bera, A.K. / Rettie, S. / Bhardwaj, G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Defense Advanced Research Projects Agency (DARPA) 米国
Defense Threat Reduction Agency (DTRA) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Cyclic peptide structure prediction and design using AlphaFold2.
著者: Rettie, S.A. / Campbell, K.V. / Bera, A.K. / Kang, A. / Kozlov, S. / Bueso, Y.F. / De La Cruz, J. / Ahlrichs, M. / Cheng, S. / Gerben, S.R. / Lamb, M. / Murray, A. / Adebomi, V. / Zhou, G. / ...著者: Rettie, S.A. / Campbell, K.V. / Bera, A.K. / Kang, A. / Kozlov, S. / Bueso, Y.F. / De La Cruz, J. / Ahlrichs, M. / Cheng, S. / Gerben, S.R. / Lamb, M. / Murray, A. / Adebomi, V. / Zhou, G. / DiMaio, F. / Ovchinnikov, S. / Bhardwaj, G.
履歴
登録2024年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年6月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
B: Peptide
C: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
D: Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3406
ポリマ－28,2944
非ポリマー462
水28816
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
B: Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1703
ポリマ－14,1472
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area6220 Å2
手法PISA
2
C: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
D: Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1703
ポリマ－14,1472
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area6050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.775, 48.930, 49.266
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.643, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / Double minute 2 protein / Hdm2 / Oncoprotein Mdm2 / RING-type E3 ubiquitin transferase Mdm2 / p53- ...Double minute 2 protein / Hdm2 / Oncoprotein Mdm2 / RING-type E3 ubiquitin transferase Mdm2 / p53-binding protein Mdm2


分子量: 12332.134 Da / 分子数: 2 / 変異: E52A, K53A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MDM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00987, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質・ペプチド Peptide


分子量: 1814.948 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30 % w/v polyacylate 5100, sodium salt, 10% ethanol and 0.1 M MES-NaOH

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月31日
詳細: Horizontal pre-focus bimorph mirror & KB bimorph mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→24.47 Å / Num. obs: 15978 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 34.8 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.72→1.81 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.65 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2539 / CC1/2: 0.529 / Rpim(I) all: 0.75 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.72→24.47 Å / SU ML: 0.352 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 37.0878
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2704 1597 10.01 %
Rwork0.2216 14358 -
obs0.2264 15955 91.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→24.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1782 0 2 16 1800
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00531834
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69942476
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0452280
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0067308
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.0441696
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.72-1.770.45171610.40511437X-RAY DIFFRACTION99.88
1.77-1.840.3791610.35291433X-RAY DIFFRACTION100
1.84-1.90.3831420.3291252X-RAY DIFFRACTION99.93
1.93-20.38391190.30041060X-RAY DIFFRACTION95.85
2-2.10.38051020.2864941X-RAY DIFFRACTION65.89
2.1-2.230.30991580.2611402X-RAY DIFFRACTION99.87
2.27-2.410.30521180.25461058X-RAY DIFFRACTION98.41
2.41-2.650.32091580.26361431X-RAY DIFFRACTION100
2.65-3.030.32171600.23471438X-RAY DIFFRACTION99.94
3.03-3.820.25271590.20861439X-RAY DIFFRACTION99.94
3.82-24.470.2141590.17811467X-RAY DIFFRACTION99.82
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.56104749297-1.178129775922.090247970516.88774523195-1.00737725213.209162706840.1639217875310.1913206610830.124516930472-0.328541265011-0.06537746511750.5934904151050.0231445886768-0.162024327164-0.1122685580480.213452710371-0.0233364383192-0.00528445681990.2431727771610.02923940364990.279187164873-0.2491700313118.05591849705-24.0663573307
26.33880341136-1.61623773086-0.5780426069314.92658327859-1.64647988497.995215064020.166166397617-1.99942108421-0.2137510814412.31517214454-0.245781748537-0.634779133245-0.05784067771420.2797266918850.06379104291560.45170361366-0.1222372876840.0002572205286180.607650524314-0.02803344359070.3959404985936.481200845279.61706835424-13.2310031498
34.47602619562-0.760618114058-0.5751114610617.86359293671-0.7452918612695.168303128050.0877378414992-0.1531904089110.1019747504470.1118525317110.07705256159470.7855782559380.350984488772-0.370059928056-0.135525088180.259139397711-0.02903467923390.01899292053320.29130150210.01807578344850.2615475741348.6994785084810.8989168152-46.8382753256
48.33293210897-4.868627000981.649210110835.00479678417-3.019552276793.00479207666-0.778894944713-1.83114980901-0.08788467958422.232535995070.903079692531-1.036889312-0.145041153247-0.1380261158320.1037053948120.638216697002-0.01975539821570.02085047145740.6321716790650.06177598233470.32019842765616.119288452611.1940791448-35.8940993394
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain A and resseq 13:106)AA13 - 1061 - 94
22(chain B and resseq 1:16)BB1 - 161 - 16
33(chain C and resseq 13:106)CC13 - 1061 - 94
44(chain D and resseq 1:16)DD1 - 161 - 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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