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万見
- PDB-9cdx: Crystal structure of DLK with inhibitor bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cdx
タイトルCrystal structure of DLK with inhibitor bound
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 12
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / DUAL LEUCINE ZIPPER BEARING KINASE / COMPLEX / INHIBITOR / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mitogen-activated protein kinase kinase kinase / negative regulation of motor neuron apoptotic process / MAP kinase kinase kinase activity / JNK cascade / post-translational protein modification / protein serine/threonine kinase activator activity / growth cone / protein autophosphorylation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein phosphorylation ...mitogen-activated protein kinase kinase kinase / negative regulation of motor neuron apoptotic process / MAP kinase kinase kinase activity / JNK cascade / post-translational protein modification / protein serine/threonine kinase activator activity / growth cone / protein autophosphorylation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein phosphorylation / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 12/13 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 12 / : / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Skene, R.J. / Bell, J.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: In Silico Enabled Discovery of KAI-11101, a Preclinical DLK Inhibitor for the Treatment of Neurodegenerative Disease and Neuronal Injury.
著者: Lagiakos, H.R. / Zou, Y. / Igawa, H. / Therrien, E. / Lawrenz, M. / Kato, M. / Svensson, M. / Gray, F. / Jensen, K. / Dahlgren, M.K. / Pelletier, R.D. / Dingley, K. / Bell, J.A. / Liu, Z. / ...著者: Lagiakos, H.R. / Zou, Y. / Igawa, H. / Therrien, E. / Lawrenz, M. / Kato, M. / Svensson, M. / Gray, F. / Jensen, K. / Dahlgren, M.K. / Pelletier, R.D. / Dingley, K. / Bell, J.A. / Liu, Z. / Jiang, Y. / Zhou, H. / Skene, R.J. / Nie, Z.
履歴
登録2024年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3382
ポリマ－34,0181
非ポリマー3201
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.619, 39.960, 62.503
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 12 / Dual leucine zipper bearing kinase / DLK / Leucine-zipper protein kinase / ZPK / MAPK-upstream ...Dual leucine zipper bearing kinase / DLK / Leucine-zipper protein kinase / ZPK / MAPK-upstream kinase / MUK / Mixed lineage kinase


分子量: 34018.031 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 115-402 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K12, ZPK / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q12852, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物 ChemComp-A1AZP / (5P)-5-[(4R)-6-(propan-2-yl)imidazo[1,5-a]pyridin-1-yl]-3-(trifluoromethyl)pyridin-2-amine


分子量: 320.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15F3N4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 15.9% PEG 3350, 0.1M Magnesium Acetate, 0.1M HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→47.97 Å / Num. obs: 11162 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.187 / Rpim(I) all: 0.161 / Rrim(I) all: 0.248 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 2.38→2.47 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 1.249 / Num. unique obs: 1176 / Rsym value: 1.658 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PRIME-X精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.38→47.97 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 579 5.2 %
Rwork0.234 --
obs-11155 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 1.4 Å / Bsol: 64.79 Å2 / ksol: 0.354 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.778 Å20 Å20.488 Å2
2--0.814 Å20 Å2
3---1.964 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→47.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2129 0 23 23 2175
拘束条件タイプ: OPLS 2005X
LS精密化 シェル解像度: 2.38→2.47 Å / Rfactor Rfree error: 0.019
Rfactor反射数%反射
Rfree0.412 70 6.3 %
Rwork0.391 1115 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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