PDB-9cdv: Crystal Structure of Rhombotarget A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9cdv

タイトル

Crystal Structure of Rhombotarget A

要素

Rhombotarget A

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / De novo design / deep learning / Cyclic Peptide

生物種

Acinetobacter terrae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Bera, A.K. / Rettie, S. / Kang, A. / Bhardwaj, G.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2025
タイトル: Accurate de novo design of high-affinity protein-binding macrocycles using deep learning.
著者: Rettie, S.A. / Juergens, D. / Adebomi, V. / Bueso, Y.F. / Zhao, Q. / Leveille, A.N. / Liu, A. / Bera, A.K. / Wilms, J.A. / Uffing, A. / Kang, A. / Brackenbrough, E. / Lamb, M. / Gerben, S.R. ...

履歴

登録	2024年6月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9cdv.cif.gz	430.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9cdv.ent.gz	291.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9cdv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/9cdv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/9cdv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9cdtC 9cduC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Rhombotarget A

B: Rhombotarget A

ヘテロ分子

101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.156, 106.477, 71.305
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.040, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Rhombotarget A 分子量: 50566.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter terrae (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 485 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.04 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5 and 20 % (v/v) PEG 5000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.72931 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月16日詳細: Horizontal pre-focus bimorph mirror & KB bimorph mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.72931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→34.1 Å / Num. obs: 55105 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 26.72 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.208 / R_pim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 6.2
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / R_merge(I) obs: 1.61 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4079 / CC_1/2: 0.559 / R_pim(I) all: 0.72 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_5288	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→30.71 Å / SU ML: 0.2417 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.5291
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2344	2700	4.9 %
R_work	0.1954	52354	-
obs	0.1973	55054	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→30.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6710	0	17	485	7212

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0021	6809
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4986	9211
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0444	1081
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0029	1213
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.5092	2491

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.04	0.3416	140	0.2942	2788	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.04-2.08	0.3251	134	0.2904	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.12	0.3226	162	0.2804	2760	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.12-2.16	0.2874	132	0.2552	2718	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.16-2.21	0.2749	123	0.253	2787	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.21-2.27	0.3191	123	0.2369	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.33	0.2608	131	0.2417	2741	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.33-2.4	0.2889	159	0.2375	2745	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.4-2.48	0.28	137	0.2297	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.57	0.2359	149	0.2149	2717	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.57-2.67	0.2353	140	0.2137	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-2.79	0.2742	139	0.2072	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.94	0.2696	155	0.2085	2734	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.94-3.12	0.2296	158	0.196	2777	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.12-3.36	0.2514	140	0.1895	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
3.36-3.7	0.2185	145	0.1755	2742	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.7-4.23	0.2152	133	0.1539	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
4.23-5.33	0.1661	148	0.1388	2762	X-RAY DIFFRACTION	99.86
5.33-30.71	0.1691	152	0.1636	2812	X-RAY DIFFRACTION	99.8

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 5.74623675518 Å / Origin y: 9.00594902435 Å / Origin z: 17.655714687 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.164886554738 Å²	-0.0020835043798 Å²	-0.00667900666046 Å²	-	0.155449157848 Å²	0.0320874204122 Å²	-	-	0.182079865042 Å²
L	0.284212352329 °²	-0.0674096396373 °²	-0.159028615804 °²	-	0.303291232441 °²	0.249793153017 °²	-	-	0.777039968755 °²
S	-0.0164785903713 Å °	-0.0157623983891 Å °	-0.0161548390059 Å °	0.0128866268819 Å °	0.00235486922729 Å °	-0.00776330922757 Å °	0.0173988952011 Å °	0.035195728206 Å °	0.0168892730125 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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