PDB-9cdu: Crystal Structure of Rhombotarget A-peptide Complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9cdu

タイトル

Crystal Structure of Rhombotarget A-peptide Complex

要素

RBB_D10 peptide
Rhombotarget A

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / De novo design / deep learning / Cyclic peptide

生物種

Acinetobacter terrae (バクテリア)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.61 Å

データ登録者

Bera, A.K. / Rettie, S. / Kang, A. / Bhardwaj, G.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2025
タイトル: Accurate de novo design of high-affinity protein-binding macrocycles using deep learning.
著者: Rettie, S.A. / Juergens, D. / Adebomi, V. / Bueso, Y.F. / Zhao, Q. / Leveille, A.N. / Liu, A. / Bera, A.K. / Wilms, J.A. / Uffing, A. / Kang, A. / Brackenbrough, E. / Lamb, M. / Gerben, S.R. ...

履歴

登録	2024年6月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9cdu.cif.gz	330.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9cdu.ent.gz	222.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9cdu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9cdu_validation.pdf.gz	464.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9cdu_full_validation.pdf.gz	471.9 KB	表示
XML形式データ	9cdu_validation.xml.gz	38 KB	表示
CIF形式データ	9cdu_validation.cif.gz	48.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/9cdu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/9cdu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9cdtC 9cdvC 9hgcC 9hgdC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Rhombotarget A

B: RBB_D10 peptide

C: Rhombotarget A

D: RBB_D10 peptide

ヘテロ分子

105 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Rhombotarget A

B: RBB_D10 peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Rhombotarget A

D: RBB_D10 peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.778, 169.837, 59.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

#1: タンパク質	Rhombotarget A 分子量: 50566.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter terrae (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド	RBB_D10 peptide 分子量: 1617.818 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL 分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5 and 40 % v/v PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月28日 / 詳細: KB bimorph mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.61→34.56 Å / Num. obs: 32591 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 58.62 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.151 / R_pim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 6.6
反射シェル	解像度: 2.61→2.75 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 1.47 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4662 / CC_1/2: 0.409 / R_pim(I) all: 0.84 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_5246	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.61→34.56 Å / SU ML: 0.3543 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.1157
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2587	2000	6.15 %
R_work	0.2123	30541	-
obs	0.2151	32541	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.61→34.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6774	0	49	78	6901

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0018	6904
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4755	9322
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0422	1085
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0049	1227
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.1562	2546

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.61-2.67	0.386	140	0.3198	2135	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-2.74	0.3542	139	0.3086	2128	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.82	0.3169	142	0.2852	2168	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.92	0.3732	140	0.2802	2139	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.02	0.3492	142	0.266	2166	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.02-3.14	0.2745	143	0.2472	2179	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.14-3.28	0.2608	140	0.2222	2151	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.28-3.46	0.2388	142	0.2053	2159	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.46-3.67	0.2565	142	0.1966	2170	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.67-3.96	0.2371	143	0.1966	2188	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.96-4.35	0.2315	142	0.1813	2174	X-RAY DIFFRACTION	99.74
4.35-4.98	0.2079	145	0.1654	2203	X-RAY DIFFRACTION	99.62
4.98-6.27	0.2563	145	0.2191	2229	X-RAY DIFFRACTION	99.71
6.27-34.56	0.2517	155	0.2082	2352	X-RAY DIFFRACTION	99.84

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.84257467108	0.601911396997	1.35925998044	1.2363722198	0.847605025563	1.81847191364	0.0448677472284	-0.100948193473	0.123924602518	0.0566132845074	-0.116473857703	0.141162394082	-0.0135898994685	-0.136286463552	0.0713495924709	0.334686566208	0.0088282410061	0.0564886118756	0.312808854863	-0.0257641034677	0.301744844791	8.017	30.65	8.389
2	2.98236522088	3.58460999474	1.26107659572	4.65057992313	2.4812191852	3.25816458478	0.0113592380716	-0.661735528253	0.0815314238416	-0.465419085633	-0.579681742873	0.269225796436	0.230532290468	-0.431862386248	0.504323113544	0.843155449378	-0.0538591447916	-0.00750006169111	0.629452891108	-0.0356732672123	0.791134826108	3.128	41.926	17.998
3	4.29194622439	0.0518963617787	-1.50913844782	5.84034968977	0.224427790918	3.86926423174	-0.412062937505	-0.11399927774	0.27285870055	-0.0497422780282	-0.156098633896	-1.02897101389	-0.710511657371	0.557862203432	0.514648395013	1.06562587499	-0.273566189767	-0.207481054583	0.764391163321	0.222734010428	0.877136627199	40.231	35.079	-21.579
4	2.15824614636	1.20258793111	-0.221883065837	0.919090589629	-0.0983553136091	1.25439309486	0.0974298858244	-0.192266704544	0.127037161461	-0.331275022767	0.498175878294	-0.38518711418	-0.478468460968	1.0530053854	-0.559953803748	1.30246389185	-0.227705757739	0.222318724434	1.86948492239	0.0994379722189	1.43920211692	41.688	5.16	-28.267

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 2:443 )	A	2 - 443
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 2:14 )	B	2 - 14
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND RESID 2:14 )	C	2 - 14
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN D AND RESID 1:14 )	D	1 - 14

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