PDB-9cd7: FGFR3 Kinase Domain with Inhibitor TYRA-300

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9cd7

タイトル

FGFR3 Kinase Domain with Inhibitor TYRA-300

要素

Fibroblast growth factor receptor 3

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Kinase / Transferase / Inhibitor / Cancer / Achondroplasia / FGFR3 / FGFR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

t(4;14) translocations of FGFR3 / negative regulation of developmental growth / fibroblast growth factor receptor apoptotic signaling pathway / Signaling by FGFR3 fusions in cancer / bone maturation / chondrocyte proliferation / endochondral bone growth / FGFR3b ligand binding and activation / positive regulation of phospholipase activity / Signaling by activated point mutants of FGFR3 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.53 Å

データ登録者

Hoffman, I.H. / Nelson, K.J. / Rideout, M.C. / Nix, J.C. / Frye, C. / Bensen, D.C. / Hudkins, R.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Discovery of TYRA-300: First Oral Selective FGFR3 Inhibitor for the Treatment of Urothelial Cancers and Achondroplasia.
著者: Hudkins, R.L. / Allen, E. / Balcer, A. / Hoffman, I.D. / Iyer, S. / Neal, M. / Nelson, K.J. / Rideout, M. / Ye, Q. / Starrett, J.H. / Patel, P. / Harris, T. / Swanson, R.V. / Bensen, D.C.

履歴

登録	2024年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb9cd7.ent.gz		表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	9cd7_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9cd7_validation.xml.gz	36.8 KB	表示
CIF形式データ	9cd7_validation.cif.gz	47.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/9cd7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/9cd7	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (3) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (3) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (2) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (3)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (3)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (3)
#185 - 2015年5月
タイチン (Titin)
類似性 (2)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (3)

登録構造単位

A: Fibroblast growth factor receptor 3

B: Fibroblast growth factor receptor 3

C: Fibroblast growth factor receptor 3

ヘテロ分子

109 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fibroblast growth factor receptor 3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
36 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Fibroblast growth factor receptor 3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Fibroblast growth factor receptor 3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	180.686, 55.588, 138.668
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 127.452, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 458 - 755 / Label seq-ID: 11 - 308

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID
1	1	1
2	1	1
3	2	2
4	2	2
5	3	3
6	3	3

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

#1: タンパク質	Fibroblast growth factor receptor 3 / FGFR-3 分子量: 35107.359 Da / 分子数: 3 / 変異: C482A, C582S, K650E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGFR3, JTK4 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P22607, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物	ChemComp-A1AV2 / (3P)-5-[(1R)-1-(3,5-dichloropyridin-4-yl)ethoxy]-3-{6-[6-(methanesulfonyl)-2,6-diazaspiro[3.3]heptan-2-yl]pyridin-3-yl}-1H-indazole 分子量: 559.467 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₄Cl₂N₆O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.13 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.25 詳細: 17% PEG Smear Medium 10% Tacsimate pH 5.25 0.2M Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月16日
放射	モノクロメーター: Double-crystal Si(111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.53→48.17 Å / Num. obs: 36870 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.966 / R_merge(I) obs: 0.443 / R_pim(I) all: 0.183 / R_rim(I) all: 0.48 / Χ²: 1.06 / Net I/σ(I): 4.7 / Num. measured all: 249415
反射シェル	解像度: 2.53→2.64 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 3.534 / Num. measured all: 31050 / Num. unique obs: 4446 / CC_1/2: 0.21 / R_pim(I) all: 1.428 / R_rim(I) all: 3.817 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I) obs: 0.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.53→40.003 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 36.322 / SU ML: 0.341 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.566 / ESU R Free: 0.305 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2671	1654	4.487 %
R_work	0.2287	35207	-
all	0.23	-	-
obs	-	36861	99.765 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.443 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.865 Å²	-0 Å²	-1.008 Å²
2-	-	1.966 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.203 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.53→40.003 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6577	0	227	130	6934

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.012	6937
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6732
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.037	1.85	9377
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.381	1.769	15513
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.16	5	823
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.196	8.629	62
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.024	10	1210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	11.556	10	289
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	1045
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	7908
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1495
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	1337
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	6073
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	3317
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	3324
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	177
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.205	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.301	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.813	4.132	3319
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.803	4.133	3319
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.062	7.411	4133
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.064	7.413	4134
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.321	4.609	3618
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.085	4.584	3603
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.789	8.29	5232
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.59	8.249	5209
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.416	40.936	7521
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.418	40.942	7517
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.073	0.05	8592
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.083	0.05	8553
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.077	0.05	8971

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07272	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07272	0.0501
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0828	0.0501
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0828	0.0501
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07719	0.0501
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07719	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.53-2.595	0.409	135	0.372	2506	0.374	2641	0.861	0.882	100	0.369
2.595-2.666	0.394	102	0.354	2556	0.356	2660	0.884	0.902	99.9248	0.347
2.666-2.743	0.334	125	0.344	2420	0.343	2549	0.91	0.904	99.8431	0.336
2.743-2.827	0.388	126	0.327	2368	0.33	2501	0.887	0.921	99.7201	0.315
2.827-2.919	0.404	89	0.316	2327	0.319	2421	0.891	0.927	99.7935	0.302
2.919-3.021	0.339	86	0.293	2234	0.294	2324	0.928	0.938	99.8279	0.271
3.021-3.135	0.337	95	0.274	2148	0.277	2252	0.927	0.948	99.6004	0.248
3.135-3.262	0.297	119	0.259	2075	0.261	2205	0.942	0.955	99.5011	0.231
3.262-3.406	0.284	88	0.235	1972	0.237	2062	0.946	0.966	99.903	0.209
3.406-3.571	0.259	86	0.222	1895	0.224	1985	0.955	0.97	99.7985	0.196
3.571-3.762	0.237	80	0.204	1841	0.205	1924	0.961	0.979	99.8441	0.18
3.762-3.988	0.204	84	0.171	1718	0.172	1804	0.973	0.984	99.8891	0.149
3.988-4.261	0.196	84	0.166	1617	0.168	1702	0.976	0.983	99.9412	0.146
4.261-4.598	0.214	69	0.153	1529	0.155	1602	0.972	0.985	99.7503	0.132
4.598-5.03	0.233	74	0.168	1390	0.171	1464	0.967	0.983	100	0.142
5.03-5.613	0.245	62	0.181	1265	0.184	1330	0.968	0.982	99.7744	0.154
5.613-6.46	0.188	43	0.189	1126	0.189	1179	0.981	0.98	99.1518	0.16
6.46-7.86	0.209	38	0.177	987	0.178	1025	0.973	0.98	100	0.154
7.86-10.908	0.201	41	0.156	759	0.159	800	0.979	0.987	100	0.15
10.908-40.003	0.234	28	0.295	474	0.291	503	0.971	0.949	99.8012	0.293

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5711	-0.3443	-0.3703	1.4318	0.6933	0.9012	-0.0229	-0.0456	0.0097	0.1108	-0.0026	0.013	0.039	-0.0859	0.0255	0.0504	-0.0067	-0.026	0.1537	0.0185	0.0215	16.6664	-7.6938	9.0432
2	0.7496	0.0904	0.0088	0.3728	-0.8678	2.1072	-0.0146	0.0215	-0.0066	-0.0565	-0.006	-0.0067	0.1362	-0.0187	0.0206	0.0705	-0.0046	-0.0293	0.0654	-0.0147	0.0196	43.12	6.7312	27.6836
3	0.47	-0.2581	0.1097	0.2387	0.1145	2.1632	-0.0237	-0.0747	-0.092	0.0318	0.0086	-0.0399	0.194	0.1107	0.0151	0.126	0.0294	-0.0094	0.1551	0.023	0.1387	74.5446	-6.4984	38.8303

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)