PDB-9cck: Multi-copper oxidase with a C-terminal cupredoxin domain from Nit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9cck

タイトル

Multi-copper oxidase with a C-terminal cupredoxin domain from Nitrosopumilus maritimus

要素

(Copper-containing nitrite reductase) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Copper / trinuclear / hydroxylamine / cupredoxin

機能・相同性

機能・相同性情報

nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / electron transfer activity / oxidoreductase activity / copper ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Nitrosopumilus maritimus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.84 Å

データ登録者

Voland, R.W. / Lancaster, K.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: Nitrous oxide production via enzymatic nitroxyl from the nitrifying archaeon Nitrosopumilus maritimus.
著者: Voland, R.W. / Wang, H. / Abruna, H.D. / Lancaster, K.M.

履歴

登録	2024年6月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9cck.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9cck.ent.gz	788.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9cck.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9cck_validation.pdf.gz	515.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9cck_full_validation.pdf.gz	555.6 KB	表示
XML形式データ	9cck_validation.xml.gz	220.9 KB	表示
CIF形式データ	9cck_validation.cif.gz	302.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/9cck ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/9cck	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Copper-containing nitrite reductase

B: Copper-containing nitrite reductase

C: Copper-containing nitrite reductase

D: Copper-containing nitrite reductase

E: Copper-containing nitrite reductase

F: Copper-containing nitrite reductase

G: Copper-containing nitrite reductase

H: Copper-containing nitrite reductase

I: Copper-containing nitrite reductase

J: Copper-containing nitrite reductase

K: Copper-containing nitrite reductase

L: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

511 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Copper-containing nitrite reductase

B: Copper-containing nitrite reductase

C: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

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128 kDa, 3 ポリマー
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D: Copper-containing nitrite reductase

E: Copper-containing nitrite reductase

F: Copper-containing nitrite reductase

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128 kDa, 3 ポリマー
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3

G: Copper-containing nitrite reductase

H: Copper-containing nitrite reductase

I: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

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4

J: Copper-containing nitrite reductase

K: Copper-containing nitrite reductase

L: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
128 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	173.292, 92.976, 204.483
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.791, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Copper-containing nitrite reductase 分子量: 45943.699 Da / 分子数: 8 / 断片: residues 36-444 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nitrosopumilus maritimus (古細菌) / 遺伝子: Nmar_1354 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A9A2L1, nitrite reductase (NO-forming)
#2: タンパク質	Copper-containing nitrite reductase 分子量: 34942.988 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 36-344 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nitrosopumilus maritimus (古細菌) / 遺伝子: Nmar_1354 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A9A2L1, nitrite reductase (NO-forming)
#3: 化合物	... ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3867 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.93 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: potassium phosphate dibasic, BIS-TRIS propane, ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→138.61 Å / Num. obs: 556905 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 24.36 Å² / CC_1/2: 0.983 / R_pim(I) all: 0.135 / R_rim(I) all: 0.355 / Net I/av σ(I): 6.4 / Net I/σ(I): 1.31
反射シェル	解像度: 1.84→1.87 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 27367 / CC_1/2: 0.42 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.84→84.56 Å / SU ML: 0.2409 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.0063
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2258	27653	4.99 %
R_work	0.1988	526801	-
obs	0.2002	554454	99.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.84→84.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	35764	0	56	3867	39687

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0083	36868
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0039	50344
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0647	5364
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0082	6620
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.1563	4844

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.84-1.86	0.3771	888	0.3592	16870	X-RAY DIFFRACTION	95.69
1.86-1.88	0.3659	913	0.35	17135	X-RAY DIFFRACTION	97.55
1.88-1.91	0.3618	899	0.3371	17375	X-RAY DIFFRACTION	98.33
1.91-1.93	0.3605	921	0.3318	17430	X-RAY DIFFRACTION	98.77
1.93-1.95	0.3436	925	0.3228	17441	X-RAY DIFFRACTION	99.03
1.95-1.98	0.3342	931	0.3109	17534	X-RAY DIFFRACTION	99.19
1.98-2.01	0.3234	920	0.2914	17462	X-RAY DIFFRACTION	99.07
2.01-2.04	0.3145	917	0.2776	17508	X-RAY DIFFRACTION	99.17
2.04-2.07	0.2838	944	0.2589	17520	X-RAY DIFFRACTION	99.25
2.07-2.11	0.2736	882	0.2433	17519	X-RAY DIFFRACTION	99.22
2.11-2.14	0.2776	925	0.2441	17511	X-RAY DIFFRACTION	99.29
2.14-2.18	0.2656	963	0.2309	17497	X-RAY DIFFRACTION	99.09
2.18-2.22	0.2707	886	0.2323	17628	X-RAY DIFFRACTION	99.28
2.22-2.27	0.2738	886	0.2287	17621	X-RAY DIFFRACTION	99.41
2.27-2.32	0.2565	915	0.2277	17574	X-RAY DIFFRACTION	99.33
2.32-2.37	0.254	898	0.2262	17512	X-RAY DIFFRACTION	99.06
2.37-2.43	0.2694	924	0.2315	17344	X-RAY DIFFRACTION	98.39
2.43-2.5	0.2355	917	0.2093	17696	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.5-2.57	0.2456	902	0.2064	17651	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.57-2.65	0.2224	937	0.1918	17733	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.65-2.75	0.2355	929	0.1953	17544	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.75-2.86	0.2267	904	0.1916	17745	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.86-2.99	0.2178	977	0.1887	17688	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.99-3.15	0.2224	920	0.1836	17678	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.15-3.34	0.2025	918	0.1726	17759	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.34-3.6	0.1802	940	0.1604	17665	X-RAY DIFFRACTION	99.49
3.6-3.96	0.1769	959	0.1558	17642	X-RAY DIFFRACTION	99.26
3.96-4.54	0.158	905	0.1377	17613	X-RAY DIFFRACTION	98.53
4.54-5.72	0.1606	984	0.1439	17733	X-RAY DIFFRACTION	99.23
5.72-84.56	0.1938	924	0.1739	18173	X-RAY DIFFRACTION	99.18

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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