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- PDB-9cch: Solution structure of the Bsu Anti-TRAP trimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cch
タイトルSolution structure of the Bsu Anti-TRAP trimer
要素Anti-TRAP regulator
キーワードGENE REGULATION / inhibitor / zinc ribbon / trp operon
機能・相同性Tryptophan RNA-binding attenuator protein inhibitory protein / Tryptophan RNA-binding attenuator protein inhibitory protein / Heat shock protein DnaJ, cysteine-rich domain superfamily / Anti-TRAP regulator
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法溶液NMR / 溶液散乱 / simulated annealing
データ登録者Foster, M.P. / McElroy, C.A. / Ihms, E.C. / Kumar Yadav, D.
資金援助 米国, 9件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM077234 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM111135 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10 OD018483 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30 GM124168 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM141955 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM008512 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM128577 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM120923 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM062750 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution structure of the Bsu Anti-TRAP trimer
著者: Foster, M.P. / McElroy, C.A. / Ihms, E.C. / Kumar Yadav, D.
履歴
登録2024年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2025年6月25日ID: 2KO8
改定 1.02025年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anti-TRAP regulator
B: Anti-TRAP regulator
C: Anti-TRAP regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2476
ポリマ－17,0513
非ポリマー1963
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, not applicable, NMR Distance Restraints, NMR relaxation study, mass spectrometry, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Anti-TRAP regulator


分子量: 5683.575 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: rtpA, J5227_14785 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A063XE83
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験
手法
溶液NMR
溶液散乱
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic12D 1H-13C HSQC
121isotropic12D 1H-15N HSQC
131isotropic12D 1H-15N TROSY-HSQC
142isotropic13D 1H-13C NOESY
151isotropic13D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution12 mM [U-15N] f AT, 20 mM [U-100% 2H] TRIS, 20 mM beta-mercaptoethanol, 1 mM zinc chloride, 90% H2O/10% D2OpH was measured at 298 K; experiments performed at 328 K (55 C). Protein concentration is monomer concentration15N_sample90% H2O/10% D2O
solution28 mM [U-15N] f AT, 20 mM [U-100% 2H] TRIS, 20 mM beta-mercaptoethanol, 1 mM zinc chloride, 90% H2O/10% D2OpH was measured at 298 K; experiments performed at 328 K (55 C). Protein concentration is monomer concentration15N13C_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2 mMf AT[U-15N]1
20 mMTRIS[U-100% 2H]1
20 mMbeta-mercaptoethanolnatural abundance1
1 mMzinc chloridenatural abundance1
8 mMf AT[U-15N]2
20 mMTRIS[U-100% 2H]2
20 mMbeta-mercaptoethanolnatural abundance2
1 mMzinc chloridenatural abundance2
試料状態詳細: 20 mM [U-2H] TRIS, 20 mM beta-mercaptoethanol, 1 mM ZnCl2
イオン強度: 20 mM / Label: NMR buffer / pH: 7.5 pH* / 圧: 1 atm / 温度: 328 K

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データ収集

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker DRXBrukerDRX8001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8003updated console
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6004updated console

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRViewJBruce Johnsonchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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