PDB-9ccb: X-ray crystal structure of methyl-coenzyme M reductase glutamine ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ccb

タイトル

X-ray crystal structure of methyl-coenzyme M reductase glutamine methylase (MgmA) from Methanothermobacter marburgensis with hydroxycobalamin

要素

Radical SAM core domain-containing protein

キーワード

TRANSFERASE / Methyltransferase / Radical SAM / Metalloenzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

catalytic activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter marburgensis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Lloyd, C.T. / Booker, S.J.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2025
タイトル: Genetic and biochemical characterization of a radical SAM enzyme required for post-translational glutamine methylation of methyl-coenzyme M reductase.
著者: Rodriguez Carrero, R.J. / Lloyd, C.T. / Borkar, J. / Nath, S. / Mirica, L.M. / Nair, S. / Booker, S.J. / Metcalf, W.

履歴

登録	2024年6月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ccb.cif.gz	187.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ccb.ent.gz	144.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ccb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/9ccb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/9ccb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ecnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Radical SAM core domain-containing protein

ヘテロ分子

52.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.700, 72.143, 114.868
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Radical SAM core domain-containing protein 分子量: 50347.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter marburgensis (古細菌) 遺伝子: MTBMA_c15540 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: D9PY35
#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe₄S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-B12 / COBALAMIN 分子量: 1330.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₂H₈₉CoN₁₃O₁₄P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.62 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Calcium Chloride, 20% (w/v) PEG 3350, and 5 mM SAH

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0332 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 30506 / % possible obs: 89.2 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.089 / Χ²: 0.815 / Net I/σ(I): 8.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.08-2.14	3.5	0.603	1162	0.766	0.931	0.322	0.688	0.825	93
2.14-2.18	3.5	0.557	1084	0.789	0.939	0.302	0.638	0.875	91.2
2.18-2.22	3.4	0.455	1110	0.846	0.957	0.251	0.523	0.825	90.8
2.22-2.26	3.2	0.407	1113	0.788	0.939	0.231	0.47	0.912	92
2.26-2.31	3.4	0.4	1133	0.868	0.964	0.222	0.46	0.914	93
2.31-2.37	3.7	0.331	1152	0.92	0.979	0.172	0.375	0.874	92.8
2.37-2.42	4	0.288	1133	0.943	0.985	0.142	0.323	0.858	92.9
2.42-2.49	4	0.25	1137	0.952	0.988	0.123	0.28	0.904	93.3
2.49-2.56	3.9	0.206	1142	0.961	0.99	0.102	0.231	0.873	93.2
2.56-2.65	3.9	0.19	1134	0.966	0.991	0.094	0.213	0.888	92.3
2.65-2.74	3.8	0.156	1133	0.97	0.992	0.078	0.176	0.855	92
2.74-2.85	3.8	0.124	1137	0.981	0.995	0.062	0.139	0.778	92.3
2.85-2.98	3.7	0.104	1113	0.982	0.995	0.053	0.117	0.788	90.7
2.98-3.14	3.6	0.086	1120	0.99	0.997	0.045	0.098	0.829	90.3
3.14-3.33	3.3	0.065	1113	0.991	0.998	0.034	0.073	0.801	89.3
3.33-3.59	4	0.052	1128	0.994	0.999	0.025	0.058	0.792	90.2
3.59-3.95	3.3	0.043	829	0.994	0.998	0.022	0.048	0.951	66.4
3.95-4.52	4	0.029	1124	0.998	0.999	0.014	0.032	0.614	87.8
4.52-5.7	3.6	0.026	1008	0.996	0.999	0.014	0.029	0.666	78.4
5.7-50	3.7	0.024	1167	0.997	0.999	0.012	0.027	0.547	84.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1_5286	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHENIX	1.21.1_5286	位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.08→44.93 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2497	2862	9.38 %
R_work	0.1981	-	-
obs	0.2029	30506	65.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→44.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3289	0	101	158	3548

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	3472
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.538	4723
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.545	1366
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	520
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	628

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.08-2.12	0.2647	75	0.2713	726	X-RAY DIFFRACTION	33
2.12-2.16	0.3109	85	0.2463	826	X-RAY DIFFRACTION	40
2.16-2.2	0.2817	94	0.2435	902	X-RAY DIFFRACTION	43
2.2-2.24	0.2522	99	0.2409	951	X-RAY DIFFRACTION	45
2.24-2.29	0.2999	106	0.2337	1034	X-RAY DIFFRACTION	49
2.29-2.35	0.2716	109	0.2222	1092	X-RAY DIFFRACTION	52
2.35-2.41	0.2387	125	0.2169	1203	X-RAY DIFFRACTION	57
2.41-2.47	0.2559	136	0.2077	1297	X-RAY DIFFRACTION	62
2.47-2.54	0.2682	148	0.21	1456	X-RAY DIFFRACTION	68
2.54-2.63	0.2942	163	0.2179	1558	X-RAY DIFFRACTION	74
2.63-2.72	0.2966	174	0.2123	1666	X-RAY DIFFRACTION	78
2.72-2.83	0.2858	178	0.2174	1724	X-RAY DIFFRACTION	81
2.83-2.96	0.2655	176	0.2228	1723	X-RAY DIFFRACTION	82
2.96-3.11	0.2849	181	0.212	1756	X-RAY DIFFRACTION	82
3.11-3.31	0.2561	175	0.2075	1645	X-RAY DIFFRACTION	79
3.31-3.56	0.2215	178	0.1847	1791	X-RAY DIFFRACTION	83
3.56-3.92	0.1951	129	0.1763	1221	X-RAY DIFFRACTION	58
3.92-4.49	0.2367	186	0.1582	1762	X-RAY DIFFRACTION	83
4.49-5.65	0.2119	156	0.1695	1548	X-RAY DIFFRACTION	74
5.65-44.93	0.2424	189	0.197	1763	X-RAY DIFFRACTION	83

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7436	0.097	0.0561	0.8222	0.3431	1.6677	-0.1303	0.099	0.0231	-0.094	0.1141	-0.0353	-0.0617	0.1016	-0.0084	0.181	-0.0259	-0.0225	0.184	0.0305	0.1155	8.2787	-5.8341	-28.349
2	-0.1651	-0.256	-0.0904	0.3738	-0.1536	0.3107	0.0974	0.0272	-0.2137	-0.0551	0.0027	0.7262	-0.2017	-0.1937	-0.0245	0.2807	0.0675	-0.1052	0.2565	0.0365	0.3384	-4.8663	-3.3187	-24.8468
3	0.1239	0.2915	0.0144	0.7927	-0.7218	0.6006	0.0321	-0.0465	-0.0597	0.1612	0.0305	0.1681	0.0313	0.1247	0.0196	0.1282	0.0147	0.001	0.1634	-0.0015	0.1275	10.4268	-7.9334	-11.5853
4	0.7127	0.6339	-0.0018	0.5857	0.0168	0.2991	0.0461	0.0394	-0.0521	-0.0904	-0.0368	0.0459	-0.0705	0.0375	0.0363	0.1012	0.0161	0.0106	0.1226	-0.0154	0.1501	12.4161	-15.9408	-5.7516
5	0.686	-0.0324	0.6132	1.9352	-0.373	0.5823	0.1538	-0.1479	-0.1679	0.3705	-0.1599	-0.1931	0.0008	0.0283	-0.0007	0.0299	0.0071	-0.0384	0.1385	0.0228	0.1507	17.2905	-13.6919	0.6306
6	1.4196	-0.0014	0.4649	0.7226	-0.1552	1.4821	-0.028	-0.1483	0.1075	0.215	0.0294	-0.0312	-0.283	0.0083	0.0183	0.1215	0.0015	0.0238	0.096	-0.0152	0.0708	20.6699	4.8167	3.5966
7	1.0499	1.1195	0.4516	1.365	0.3473	1.1875	-0.0995	0.119	0.2322	-0.3349	-0.0299	-0.0783	-0.1052	0.1366	-0.1048	0.149	-0.0142	0.021	0.1217	0.0326	0.1599	24.8116	13.9419	-9
8	1.0303	-0.1726	0.6435	0.9044	-0.0159	0.7116	-0.1462	1.3729	0.4116	-0.9363	0.1223	-0.233	0.0157	0.7083	0.1654	0.2817	-0.061	0.0346	0.2716	0.0478	0.1112	25.3233	12.3496	-18.6075

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 23 through 126 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 127 through 158 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 159 through 206 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 207 through 244 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 245 through 275 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 276 through 354 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 355 through 421 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 422 through 449 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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