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- PDB-9cbt: Crystal structure of human sirtuin 3 fragment (residues 118-399) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cbt
タイトルCrystal structure of human sirtuin 3 fragment (residues 118-399) bound to intermediates from reaction with NAD and inhibitor NH6-10
要素NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / Deacetylase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of superoxide dismutase activity / positive regulation of catalase activity / NAD-dependent protein lysine delactylase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / peptidyl-lysine deacetylation / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein acetyllysine N-acetyltransferase / histone H3K14 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K9 deacetylase activity, NAD-dependent ...positive regulation of superoxide dismutase activity / positive regulation of catalase activity / NAD-dependent protein lysine delactylase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / peptidyl-lysine deacetylation / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein acetyllysine N-acetyltransferase / histone H3K14 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K9 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H4K16 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K18 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K56 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K4 deacetylase activity, NAD-dependent / histone deacetylase activity, NAD-dependent / protein deacetylation / positive regulation of oxidative phosphorylation / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / protein lysine deacetylase activity / cellular response to stress / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / NAD+ binding / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / aerobic respiration / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of insulin secretion / sequence-specific DNA binding / mitochondrial matrix / enzyme binding / protein-containing complex / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Fenwick, M.K. / Young, H.J. / Lin, H.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK107868-04 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM124165-01 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD021527 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: A Mitochondria-Targeting SIRT3 Inhibitor with Activity against Diffuse Large B Cell Lymphoma.
著者: Jana, S. / Shang, J. / Hong, J.Y. / Fenwick, M.K. / Puri, R. / Lu, X. / Melnick, A.M. / Li, M. / Lin, H.
履歴
登録2024年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月19日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
B: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3567
ポリマ－62,6802
非ポリマー2,6765
水6,449358
1
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5813
ポリマ－31,3401
非ポリマー1,2412
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7754
ポリマ－31,3401
非ポリマー1,4353
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.433, 63.193, 114.608
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.790, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial


分子量: 31340.084 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT3 / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q9NTG7

-
非ポリマー , 5種, 363分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-5IA / 2-{[(2S)-6-[(Z)-(1-{[(2R,3R,4R,5R)-5-({[(R)-{[(R)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}methyl)-4-hydroxy-2-sulfanyloxolan-3-yl]oxy}tetradecylidene)amino]-2-{[(benzyloxy)carbonyl]amino}hexanoyl]amino}-N,N,N-triethylethan-1-aminium (non-preferred name)


分子量: 1175.292 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H86N9O16P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-5I7 / (phenylmethyl) ~{N}-[(2~{S})-6-[[(2~{R},3~{a}~{R},5~{R},6~{R},6~{a}~{R})-5-[[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxymethyl]-6-oxidanyl-2-tridecyl-3~{a},5,6,6~{a}-tetrahydrofuro[2,3-d][1,3]oxathiol-2-yl]amino]-1-oxidanylidene-1-[2-(triethyl-$l^{4}-azanyl)ethylamino]hexan-2-yl]carbamate


分子量: 1175.292 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H86N9O16P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM Tris, pH 7.9, 100 mM MgCl2, 20 % w/v PEG8000, and 17.5 % w/v PEG400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→39.43 Å / Num. obs: 40149 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 35.08 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 119067 / Scaling rejects: 66
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.886 / Num. measured all: 8478 / Num. unique obs: 2834 / CC1/2: 0.663 / Rpim(I) all: 0.588 / Rrim(I) all: 1.068 / Net I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 99.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.12 Å39.43 Å
Translation3.12 Å39.43 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
Coot0.8.9.2モデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→39.43 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2391 2046 5.11 %
Rwork0.1984 38025 -
obs0.2005 40071 97.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 119.85 Å2 / Biso mean: 47.5708 Å2 / Biso min: 21.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→39.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4250 0 173 358 4781
Biso mean--42.98 49.96 -
残基数----544
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-20.43771250.38532544266999
2-2.050.3781350.34322561269699
2.05-2.10.40521770.30482520269798
2.1-2.160.29111240.2842539266398
2.16-2.230.28271230.25882541266498
2.23-2.310.33951210.25242588270998
2.31-2.40.30571180.24322558267698
2.4-2.510.30681800.22422470265097
2.51-2.650.30031210.21612529265096
2.65-2.810.23851330.20362534266797
2.81-3.030.26381310.19792530266197
3.03-3.330.21451390.19632534267397
3.33-3.820.20571640.1752476264096
3.82-4.810.18981330.15052551268496
4.81-39.430.18381220.16412550267294
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6927-0.1436-0.14651.6822-1.4373.60730.0677-0.010.2133-0.2016-0.1578-0.40610.00010.09720.08330.47770.05070.25070.35740.08520.541624.552818.917811.8591
29.1378-4.84822.76955.2562-4.46814.2384-0.1913-0.5051.45540.7858-0.4708-0.7148-1.48030.06060.82650.7067-0.03680.15540.3647-0.0040.686626.076828.736123.9321
30.52560.23160.35940.5326-0.66253.25010.05820.14230.2423-0.01820.09090.0579-0.2463-0.1514-0.13680.42220.02830.16870.37430.08440.477415.972318.522712.4375
42.7321-0.5541-2.03423.424-0.06673.53810.2317-0.10850.1897-0.2424-0.0737-0.4807-0.13340.3404-0.12670.1843-0.024-0.06850.2442-0.03090.294423.3616-5.725245.5816
57.53585.0887-6.97673.5818-4.78736.4785-1.08650.827-0.5151-1.09630.5111-0.4211.6567-0.70960.55340.58170.0112-0.04580.3457-0.05610.522921.8838-16.419334.4482
60.7660.2775-0.42811.4992-0.67113.58290.0410.14590.0484-0.30720.0768-0.04730.1542-0.0675-0.09880.27170.0006-0.01740.2525-0.00020.290714.4276-3.890838.2184
72.5691-0.7162-0.12463.9833-0.38022.89890.0018-0.077-0.11530.14010.0934-0.23860.08990.067-0.09540.24820.0197-0.03390.22540.01390.203114.8577-4.810657.0567
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 122 through 189 )A122 - 189
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 190 through 207 )A190 - 207
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 208 through 255 or resid 257 through 258 or resid 260 through 279 or resid 281 through 282 or resid 284 through 391)A208 - 255
4X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 208 through 255 or resid 257 through 258 or resid 260 through 279 or resid 281 through 282 or resid 284 through 391)A257 - 258
5X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 208 through 255 or resid 257 through 258 or resid 260 through 279 or resid 281 through 282 or resid 284 through 391)A260
6X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 208 through 255 or resid 257 through 258 or resid 260 through 279 or resid 281 through 282 or resid 284 through 391)A281 - 282
7X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 208 through 255 or resid 257 through 258 or resid 260 through 279 or resid 281 through 282 or resid 284 through 391)A284 - 391
8X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 122 through 189 )B122 - 189
9X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 190 through 207 )B190 - 207
10X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 208 through 255 or resid 257 through 258 or resid 260 through 279 or resid 281 through 282 or resid 284 through 327)B208 - 255
11X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 208 through 255 or resid 257 through 258 or resid 260 through 279 or resid 281 through 282 or resid 284 through 327)B257 - 258
12X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 208 through 255 or resid 257 through 258 or resid 260 through 279 or resid 281 through 282 or resid 284 through 327)B281 - 282
13X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 208 through 255 or resid 257 through 258 or resid 260 through 279 or resid 281 through 282 or resid 284 through 327)B284 - 327
14X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 328 through 395 )B328 - 395

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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