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- PDB-9cbr: Methionine synthase from Thermus thermophilus HB8, Homocysteine, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cbr
タイトルMethionine synthase from Thermus thermophilus HB8, Homocysteine, Folate, and Cobalamin Domains, Catalytic Conformation (Hcy-on)
要素Methionine synthase
キーワードTRANSFERASE / Methyl transferase / cobalamin-dependent / cobalamin binding / one-carbon metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine synthase / methionine synthase activity / homocysteine metabolic process / cobalamin binding / tetrahydrofolate metabolic process / methylation / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Vitamin B12-dependent methionine synthase, activation domain / Vitamin B12 dependent methionine synthase, activation domain / AdoMet activation domain profile. / Cobalamin-dependent methionine synthase / Methionine synthase, B12-binding domain / Vitamin B12-dependent methionine synthase, activation domain superfamily / B12-binding N-terminal domain profile. / B12 binding domain / Homocysteine-binding domain / Homocysteine-binding domain superfamily ...Vitamin B12-dependent methionine synthase, activation domain / Vitamin B12 dependent methionine synthase, activation domain / AdoMet activation domain profile. / Cobalamin-dependent methionine synthase / Methionine synthase, B12-binding domain / Vitamin B12-dependent methionine synthase, activation domain superfamily / B12-binding N-terminal domain profile. / B12 binding domain / Homocysteine-binding domain / Homocysteine-binding domain superfamily / Homocysteine S-methyltransferase / Homocysteine-binding domain profile. / : / Cobalamin (vitamin B12)-binding module, cap domain / B12 binding domain / Methionine synthase domain / B12 binding domain / Cobalamin-binding domain superfamily / B12-binding domain profile. / Cobalamin (vitamin B12)-binding domain / Pterin-binding domain / Pterin binding enzyme / Pterin-binding domain profile. / Dihydropteroate synthase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALAMIN / 5-METHYL-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLIC ACID / : / Methionine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Yamada, K. / Menjdoza, J. / Koutmos, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1945174 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Methionine synthase from Thermus thermophilus HB8, Homocysteine, Folate, and Cobalamin Domains, Catalytic Conformation (Hcy-on)
著者: Menjdoza, J. / Yamada, K. / Koutmos, M.
履歴
登録2024年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,2906
ポリマ－95,3301
非ポリマー1,9605
水4,342241
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.811, 115.101, 120.795
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Methionine synthase / 5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase


分子量: 95330.180 Da / 分子数: 1
変異: F110A, E123A, E124A, R268A, N283G, D651A, P652A, G653A, D759A, N774H, R826A
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
株: ATCC 27634 / DSM 579 / HB8 / 遺伝子: TTHA0618 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SKM5, methionine synthase

-
非ポリマー , 5種, 246分子

#2: 化合物 ChemComp-C2F / 5-METHYL-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLIC ACID / (6S)-5-メチルテトラヒドロ葉酸


分子量: 459.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H25N7O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.2 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.1 M Tris (pH 8.5), and 0.2 M NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月10日
詳細: K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing, with two horizontally deflecting mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→120.79 Å / Num. obs: 39748 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.908 / Rmerge(I) obs: 0.549 / Rpim(I) all: 0.251 / Rrim(I) all: 0.605 / Χ2: 1.05 / Net I/σ(I): 3.8 / Num. measured all: 222476
反射 シェル解像度: 2.38→2.47 Å / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 4.166 / Num. measured all: 19913 / Num. unique obs: 3707 / CC1/2: 0.221 / Rpim(I) all: 1.922 / Rrim(I) all: 4.604 / Χ2: 0.28 / Net I/σ(I) obs: 0.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
Aimlessデータスケーリング
DIALSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.38→83.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.886 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / SU B: 7.694 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24839 2019 5.1 %RANDOM
Rwork0.23645 ---
obs0.23707 37675 88.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.515 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--22.03 Å2-0 Å2-0 Å2
2--11.71 Å20 Å2
3---10.32 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.38→83.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6642 0 127 242 7011
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0126912
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0166767
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9031.8859385
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5931.76315551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8125866
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.186562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.528101167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.21057
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028139
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021516
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1611.9023470
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.161.9023471
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8863.4364334
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8863.4364335
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0811.9673442
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.0811.9673443
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.7313.5855052
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.61522.628993
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.59422.5728924
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.383→2.445 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.434 95 -
Rwork0.388 2417 -
obs--85.62 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.163 Å / Origin y: -19.513 Å / Origin z: -18.645 Å
111213212223313233
T0.0492 Å2-0.025 Å20.0026 Å2-0.1886 Å20.0036 Å2--0.0582 Å2
L0.4414 °2-0.6047 °2-0.0929 °2-1.1438 °20.1152 °2--0.2518 °2
S0.0359 Å °0.0673 Å °0.1126 Å °-0.0661 Å °0.0142 Å °-0.1621 Å °-0.0041 Å °-0.0143 Å °-0.0501 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 872
2X-RAY DIFFRACTION1A901 - 905

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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