PDB-9cbi: Crystal Structure of Danio rerio Histone Deacetylase 10 in Comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9cbi

タイトル

Crystal Structure of Danio rerio Histone Deacetylase 10 in Complex with p-Aminoethyl Phenylthioketone

要素

Polyamine deacetylase HDAC10

キーワード

HYDROLASE/INHIBITOR / hydrolase / histone deacetylase / inhibitor / metallohydrolase / HYDROLASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

polyamine deacetylation / spermidine deacetylation / HDACs deacetylate histones / acetylspermidine deacetylase / acetylspermidine deacetylase activity / acetylputrescine deacetylase / acetylputrescine deacetylase activity / deacetylase activity / homologous recombination / swimming behavior ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Goulart Stollmaier, J. / Christianson, D.W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2024
タイトル: Design, Synthesis, and Structural Evaluation of Acetylated Phenylthioketone Inhibitors of HDAC10.
著者: Goulart Stollmaier, J. / Watson, P.R. / Christianson, D.W.

履歴

登録	2024年6月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9cbi.cif.gz	287.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9cbi.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9cbi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9cbi_validation.pdf.gz	674.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9cbi_full_validation.pdf.gz	679.9 KB	表示
XML形式データ	9cbi_validation.xml.gz	25.5 KB	表示
CIF形式データ	9cbi_validation.cif.gz	33.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/9cbi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/9cbi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9cbfC 9cbgC 9cbhC 9cbjC 9cbkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Polyamine deacetylase HDAC10

ヘテロ分子

75.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.728, 80.728, 240.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Polyamine deacetylase HDAC10 / Histone deacetylase 10 分子量: 75055.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: hdac10 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: F1QCV2, acetylspermidine deacetylase, acetylputrescine deacetylase

-
非ポリマー , 6種, 36分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-A1AVQ / 1-[4-(2-aminoethyl)phenyl]-2-sulfanylethan-1-one 分子量: 195.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃NOS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.18 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10 mg/mL HDAC10 protein, 2 mM inhibitor, 0.2 M KH2PO4, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月22日詳細: Horizontal pre-focus bimorph mirror & KB bimorph mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→34.59 Å / Num. obs: 32444 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.8 % / B_iso Wilson estimate: 68.67 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.131 / R_pim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 10.4 % / R_merge(I) obs: 2.001 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3629 / CC_1/2: 0.582 / R_pim(I) all: 0.647 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21rc1_5156	精密化
autoPROC	1.0.5	データ削減
Aimless	0.7.13	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→34.59 Å / SU ML: 0.3469 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.4829
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2319	2009	6.23 %
R_work	0.2146	56826	-
obs	0.2157	32367	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 88.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→34.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4439	0	42	26	4507

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0022	4581
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5431	6254
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0416	727
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0045	810
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.5892	1536

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.53	0.4288	139	0.3969	2168	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.53-2.56	0.3711	142	0.3929	2033	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.56-2.6	0.368	144	0.3729	2167	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.6-2.64	0.3977	144	0.361	2080	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.64-2.68	0.4281	140	0.3508	2085	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.72	0.3627	138	0.3106	2057	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.72-2.76	0.3882	142	0.3266	2101	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.76-2.81	0.3397	138	0.2991	2144	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.86	0.3337	144	0.2856	2122	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-2.92	0.2827	134	0.284	2072	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-2.98	0.2701	145	0.274	2142	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.04	0.3205	130	0.2725	2083	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.11	0.2616	141	0.2576	2142	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.11-3.19	0.2832	126	0.2559	2072	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.19-3.28	0.2798	138	0.2504	2092	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.28-3.37	0.2485	146	0.2394	2140	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.48	0.2338	142	0.223	2096	X-RAY DIFFRACTION	100
3.48-3.6	0.2493	140	0.2053	2074	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6-3.75	0.2006	136	0.1953	2119	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.75-3.92	0.2211	139	0.1976	2096	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.92-4.13	0.1873	146	0.1898	2100	X-RAY DIFFRACTION	99.82
4.13-4.38	0.2139	134	0.1699	2118	X-RAY DIFFRACTION	100
4.38-4.72	0.1624	143	0.1692	2125	X-RAY DIFFRACTION	99.78
4.72-5.19	0.1855	134	0.1802	2106	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2-5.94	0.2578	146	0.2146	2079	X-RAY DIFFRACTION	99.87
5.95-7.47	0.2037	140	0.2037	2111	X-RAY DIFFRACTION	99.91
7.48-34.59	0.1961	145	0.1739	2102	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.68771418098	0.0585201798393	-0.0799697890906	1.95217971802	0.534048281433	1.58141040323	0.0191106623488	0.241673406075	0.0534999496644	0.151183736441	-0.0805265082373	0.01296390165	-0.00154721797217	-0.0597857296877	0.0701122017725	0.671218342687	0.240372707856	0.114166216275	0.571125824999	0.0823568714103	0.730206605826	12.4562900303	37.4746937001	33.4830243661
2	1.67669105594	0.768413038917	1.66405304114	0.69372097765	-0.166077804289	4.17787065885	0.0178093259101	0.48147809238	0.000780641684672	-0.0547577963522	-0.100809141868	0.238203385469	0.113402155091	-0.642259851262	0.130660458134	0.617912264262	0.219440564182	0.0861062612658	1.28222956775	-0.0774306517321	1.07560946951	-13.9649980259	28.1218757066	5.02959640633
3	2.43223546543	0.316024214925	1.84761359714	3.10315216654	-1.70747491885	2.7531665254	0.376721149912	0.338850555334	-0.285470468577	-0.247214835126	-0.292207941099	0.29262087416	0.699470197948	-0.195614386168	0.0332663855302	0.849968300919	0.174595985867	0.0249779374473	1.00641414568	-0.17774443458	1.02339187231	-4.17888249723	14.9342510476	9.72836430156
4	2.25112772378	0.272746362228	1.5854005772	2.93024723046	-1.43480945851	2.65478837059	-0.000758013440267	-0.0892339580802	-0.0750022506332	0.351303896997	-0.167757540495	0.129344365462	0.264428615489	-0.128187928972	0.161182390188	0.730657183623	0.163563971629	0.145547382846	0.769260910347	-0.11080809111	0.828865531491	-2.93827044797	20.0236286629	15.846964887

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 354 )	1 - 354	1 - 354
2	2	chain 'A' and (resid 355 through 503 )	355 - 503	355 - 449
3	3	chain 'A' and (resid 504 through 567 )	504 - 567	450 - 511
4	4	chain 'A' and (resid 568 through 676 )	568 - 676	512 - 613

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関連情報:EMDBヘッダ

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