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- PDB-9cbd: Pikromycin Thioesterase Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cbd
タイトルPikromycin Thioesterase Domain
要素Narbonolide/10-deoxymethynolide synthase PikA4, module 6
キーワードHYDROLASE / Polyketide synthase / PKS / Thioesterase / TE / Macrolactonization / Pikromycin
機能・相同性
機能・相同性情報


10-deoxymethynolide synthase / narbonolide synthase / macrolide biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / Thioesterase / Thioesterase domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding ...Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / Thioesterase / Thioesterase domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Pikromycin polyketide synthase component PikAIV
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces venezuelae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者McCullough, T.M. / Smith, J.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK042303 米国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024
タイトル: Substrate Trapping in Polyketide Synthase Thioesterase Domains: Structural Basis for Macrolactone Formation.
著者: McCullough, T.M. / Choudhary, V. / Akey, D.L. / Skiba, M.A. / Bernard, S.M. / Kittendorf, J.D. / Schmidt, J.J. / Sherman, D.H. / Smith, J.L.
履歴
登録2024年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月19日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Narbonolide/10-deoxymethynolide synthase PikA4, module 6
B: Narbonolide/10-deoxymethynolide synthase PikA4, module 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2822
ポリマ－62,2822
非ポリマー00
水5,495305
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area23270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.579, 105.932, 114.048
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Narbonolide/10-deoxymethynolide synthase PikA4, module 6 / Narbonolide/10-deoxymethynolide synthase PikAIV / Pikromycin polyketide synthase component PikAIV / ...Narbonolide/10-deoxymethynolide synthase PikAIV / Pikromycin polyketide synthase component PikAIV / Pikromycin PKS component PikAIV / Type I modular polyketide synthase PikAIV / PKS


分子量: 31140.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (バクテリア)
遺伝子: pikAIV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9ZGI2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.66 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.2 M lithium chloride, 25% w/v PEG4000, 100 mM HEPES, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48.04 Å / Num. obs: 48701 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 1.55 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 30777 / CC1/2: 0.55

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→48.038 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2283 2230 2.41 %
Rwork0.1975 --
obs0.1983 92404 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.038 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4190 0 0 305 4495
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084300
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8715860
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0882544
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049628
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006794
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.04350.3161360.32115600X-RAY DIFFRACTION100
2.0435-2.0910.35431200.31315689X-RAY DIFFRACTION100
2.091-2.14330.34251410.30525581X-RAY DIFFRACTION100
2.1433-2.20130.27631440.29055677X-RAY DIFFRACTION100
2.2013-2.26610.331550.27195641X-RAY DIFFRACTION100
2.2661-2.33920.2671270.24535678X-RAY DIFFRACTION100
2.3392-2.42280.27581470.23875620X-RAY DIFFRACTION100
2.4228-2.51980.24911400.23585670X-RAY DIFFRACTION100
2.5198-2.63450.2511340.23035626X-RAY DIFFRACTION100
2.6345-2.77340.25781440.22355607X-RAY DIFFRACTION99
2.7734-2.94710.2771340.21655655X-RAY DIFFRACTION100
2.9471-3.17460.23581440.25630X-RAY DIFFRACTION100
3.1746-3.4940.25131500.19755627X-RAY DIFFRACTION100
3.494-3.99940.1881380.16655638X-RAY DIFFRACTION100
3.9994-5.03790.17611390.15265620X-RAY DIFFRACTION99
5.0379-48.0380.18671370.15825615X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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