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- PDB-9cb5: Crystal structure of nucleolin in complex with MYC promoter G-qua... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cb5
タイトルCrystal structure of nucleolin in complex with MYC promoter G-quadruplex
要素
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
  • MYC promoter G-quadruplex
  • Nucleolin
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / MYC G-quadruplex / Nucleolin / modular protein / transcription factor / G4-epigenetic / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


macropinosome membrane / DNA topoisomerase binding / PH domain binding / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / cornified envelope / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / telomeric DNA binding / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / insulin receptor substrate binding / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol ...macropinosome membrane / DNA topoisomerase binding / PH domain binding / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / cornified envelope / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / telomeric DNA binding / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / insulin receptor substrate binding / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / cellular response to epidermal growth factor stimulus / cellular response to leukemia inhibitory factor / spliceosomal complex / mRNA 5'-UTR binding / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / chromosome / cell cortex / angiogenesis / negative regulation of translation / ribonucleoprotein complex / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nucleolin, RNA recognition motif 1 / Nucleolin, RNA recognition motif 2 / Nucleolin, RNA recognition motif 3 / Nucleolin, RNA recognition motif 4 / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain ...Nucleolin, RNA recognition motif 1 / Nucleolin, RNA recognition motif 2 / Nucleolin, RNA recognition motif 3 / Nucleolin, RNA recognition motif 4 / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Nucleolin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Chen, L. / Dickerhoff, J. / Noinaj, N. / Yang, D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA177585 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)U01CA240346 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Structural basis for nucleolin recognition of MYC promoter G-quadruplex.
著者: Chen, L. / Dickerhoff, J. / Zheng, K.W. / Erramilli, S. / Feng, H. / Wu, G. / Onel, B. / Chen, Y. / Wang, K.B. / Carver, M. / Lin, C. / Sakai, S. / Wan, J. / Vinson, C. / Hurley, L. / ...著者: Chen, L. / Dickerhoff, J. / Zheng, K.W. / Erramilli, S. / Feng, H. / Wu, G. / Onel, B. / Chen, Y. / Wang, K.B. / Carver, M. / Lin, C. / Sakai, S. / Wan, J. / Vinson, C. / Hurley, L. / Kossiakoff, A.A. / Deng, N. / Bai, Y. / Noinaj, N. / Yang, D.
履歴
登録2024年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleolin
B: Nucleolin
C: MYC promoter G-quadruplex
D: Fab heavy chain
F: MYC promoter G-quadruplex
G: Fab heavy chain
H: Fab light chain
I: Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,44012
ポリマ－194,2848
非ポリマー1564
水3,405189
1
A: Nucleolin
F: MYC promoter G-quadruplex
G: Fab heavy chain
I: Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,2206
ポリマ－97,1424
非ポリマー782
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8110 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area32200 Å2
手法PISA
2
B: Nucleolin
C: MYC promoter G-quadruplex
D: Fab heavy chain
H: Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,2206
ポリマ－97,1424
非ポリマー782
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8710 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area31940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.253, 134.660, 185.259
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 DGHI

#3: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 26722.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 抗体 Fab light chain


分子量: 23152.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 4分子 ABCF

#1: タンパク質 Nucleolin / Protein C23


分子量: 38462.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P19338
#2: DNA鎖 MYC promoter G-quadruplex


分子量: 8803.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 2種, 193分子

#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 20% PEG 8000, 3% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03317 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月11日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03317 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→48.43 Å / Num. obs: 56511 / % possible obs: 96.77 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 46.88 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.094 / Rrim(I) all: 0.246 / Rsym value: 0.226 / Net I/σ(I): 7.38
反射 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.89 / Num. unique obs: 3575 / CC1/2: 0.21 / Rpim(I) all: 0.858 / Rrim(I) all: 2.17 / Rsym value: 1.985 / % possible all: 87.34

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.1_5286: ???)精密化
HKL-2000v722データ削減
HKL-2000v722データスケーリング
PHENIX1.21.1_5286位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→48.43 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2542 1999 3.54 %
Rwork0.2323 --
obs0.2331 56511 96.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→48.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9064 1072 4 189 10329
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00210472
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55614464
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5223744
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041617
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041682
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.670.41311260.39243449X-RAY DIFFRACTION96.2
2.67-2.740.4321410.35423820X-RAY DIFFRACTION96
2.74-2.820.33491390.33073787X-RAY DIFFRACTION96
2.82-2.910.3481400.31713810X-RAY DIFFRACTION95
2.91-3.020.31361390.30693803X-RAY DIFFRACTION95
3.02-3.140.34021400.30373803X-RAY DIFFRACTION95
3.14-3.280.32481400.26563835X-RAY DIFFRACTION96
3.28-3.450.26711410.2343874X-RAY DIFFRACTION97
3.45-3.670.26461460.22233970X-RAY DIFFRACTION99
3.67-3.950.22571470.21184000X-RAY DIFFRACTION99
3.95-4.350.21371450.18843968X-RAY DIFFRACTION99
4.35-4.980.17991490.16874035X-RAY DIFFRACTION99
4.98-6.270.22921500.2034082X-RAY DIFFRACTION100
6.27-48.430.19881560.20584276X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.4735 Å / Origin y: -15.3436 Å / Origin z: 7.8566 Å
111213212223313233
T0.2241 Å2-0.0372 Å2-0.0262 Å2-0.2517 Å2-0.003 Å2--0.3826 Å2
L0.481 °2-0.0222 °2-0.3094 °2-0.3484 °2-0.0474 °2--1.141 °2
S0.0379 Å °-0.0538 Å °0.169 Å °0.0651 Å °-0.0028 Å °-0.1357 Å °-0.2479 Å °0.0719 Å °-0.0135 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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