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- PDB-9ca5: Rns pocket mutant - H20A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ca5
タイトルRns pocket mutant - H20A
要素AraC-family, transcriptional regulator Rns
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Mutation / DNA Binding / AraC Family
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator HTH, AraC- type / HTH domain AraC-type, conserved site / Bacterial regulatory proteins, araC family signature. / Helix-turn-helix domain / DNA binding HTH domain, AraC-type / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. / helix_turn_helix, arabinose operon control protein / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
AraC-family, transcriptional regulator Rns
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Tolbert, J.D. / Midget, C.R. / Kull, F.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI168157 米国
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Regulatory protein Rns
著者: Tolbert, J.F. / Talbot, K.M. / Midgett, C.R. / Munson, G.P. / Kull, F.J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2024年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AraC-family, transcriptional regulator Rns
B: AraC-family, transcriptional regulator Rns


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6062
ポリマ－61,6062
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1540 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area25330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.730, 97.930, 136.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 9 through 93 or resid 103...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 9 through 124 or resid 126...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11LYSLYSGLYGLYAA9 - 939 - 93
d_12ARGARGASNASNAA103 - 124103 - 124
d_13ASNASNSERSERAA126 - 127126 - 127
d_14ASNASNGLUGLUAA130 - 171130 - 171
d_15ASPASPARGARGAA173 - 176173 - 176
d_16TRPTRPPHEPHEAA178 - 262178 - 262
d_21LYSLYSASNASNBB9 - 1249 - 124
d_22ASNASNSERSERBB126 - 127126 - 127
d_23ASNASNGLUGLUBB130 - 171130 - 171
d_24ASPASPARGARGBB173 - 176173 - 176
d_25TRPTRPPHEPHEBB178 - 262178 - 262

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999666916069, -0.0257700862902, -0.00139984635365), (-0.0257320729036, 0.999415308827, -0.0225144599249), (0.00197922745089, -0.0224709397717, -0.999745537387) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999666916069, -0.0257700862902, -0.00139984635365), (-0.0257320729036, 0.999415308827, -0.0225144599249), (0.00197922745089, -0.0224709397717, -0.999745537387)
ベクター: -0.0803531543984, 0.189633716683, 18.1995524988)

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要素

#1: タンパク質 AraC-family, transcriptional regulator Rns


分子量: 30802.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A7ZGQ6
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1:1 v/v DMSO, 0.1 M succinnic acid, 14% PEG 3350, 0.03 M glycyl-glycyl-gylcine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.979351 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979351 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→46.1 Å / Num. obs: 13705 / % possible obs: 92.34 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 87.44 Å2 / CC1/2: 0.986 / CC star: 0.996 / Net I/σ(I): 3.08
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Num. unique obs: 1448 / CC1/2: 0.0739 / CC star: 0.371

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→46.1 Å / SU ML: 0.5663 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 41.26
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3149 1372 10.02 %
Rwork0.2641 12336 -
obs0.2694 13705 92.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 101.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→46.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4025 0 0 0 4025
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00634083
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74935479
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0478635
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0078677
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.42491559
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.753985605881 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-30.4561460.40991372X-RAY DIFFRACTION99.31
3-3.120.38191440.37231290X-RAY DIFFRACTION99.38
3.12-3.270.38381460.34341305X-RAY DIFFRACTION99.93
3.27-3.410.38811250.31561136X-RAY DIFFRACTION99.37
3.47-3.640.37891150.29121040X-RAY DIFFRACTION99.14
3.7-3.940.3599910.2917815X-RAY DIFFRACTION75.88
3.94-4.330.33141490.24521332X-RAY DIFFRACTION99.66
4.33-4.960.30351480.20661331X-RAY DIFFRACTION99.2
4.96-6.240.29891510.27521353X-RAY DIFFRACTION99.41
6.25-46.10.24491610.23551429X-RAY DIFFRACTION99.19
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.19609618462-1.00363975888-4.407635290292.591866006392.613440240997.458755762850.06410852623760.0850775282818-0.4024028906320.486289494554-0.09783089903430.143988645605-0.167138223638-0.1972757887110.06670289175760.735115767161-0.0604082437381-0.07043044434120.648119467950.09082967994340.79522450038611.6004480288-7.90334351676-4.1054607499
24.81326563494-1.11917005229-2.903346381227.60516962833-4.982095259157.062041663350.45191725511-0.06792341774680.6245924242860.74192167115-1.09481767546-0.666006632174-0.5553781624740.3826880473340.9470637818770.620203206162-0.161736962002-0.03223626949040.859386411921-0.08528159341950.73271492035814.07014703212.6959742857-11.9334922667
36.20516316331-4.612059491681.155297094484.038341942490.7726748234464.43192991287-0.1615628077560.312281768674-0.410021756887-0.109306425419-0.02314061175060.36286504905-0.4858444497020.528092448127-0.0188029199340.599741761886-0.02237067089420.07077873995050.799182283180.03657137561290.67372851664911.5594810561-2.40469121074-26.547451097
42.45106157616-0.1881766913580.2171521062141.30402268455-0.2687220308740.6901719591950.1445035847210.393057289425-0.184598759007-0.152529771535-0.2389944269590.002980813402880.0496443243239-0.06847207293010.05658280311070.917922076283-0.00450554901618-0.05428259736650.730283177618-0.04475133990460.761319203629-11.6275292266-2.8866346491524.4156351709
50.4600692411020.257328994028-0.4071082184437.82884868122-2.16885693450.7776954493720.185395369925-0.1502140231210.001899070364910.107778922095-0.09557273713350.9490256671460.14590068036-0.242322954009-0.05077447788830.5040611968710.000315203101073-0.03841217656180.812777489584-0.02920971013390.778426304896-13.51385428111.5545197546242.3694349475
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 9 through 143 )AA9 - 1431 - 128
22chain 'A' and (resid 144 through 204 )AA144 - 204129 - 189
33chain 'A' and (resid 205 through 262 )AA205 - 262190 - 247
44chain 'B' and (resid 9 through 190 )BB9 - 1901 - 173
55chain 'B' and (resid 191 through 263 )BB191 - 263174 - 246

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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