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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9c9x | ||||||
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タイトル | S.c INO80 in complex with Xenopus 0/80 nucleosome, Nucleosome | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / Chromatin Remodeler / nucleosome / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / nucleosome assembly / protein heterodimerization activity / DNA binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å | ||||||
![]() | Wu, H. / Kaur, U. / Narlikar, G.J. / Cheng, Y.F. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Autoinhibition imposed by a large conformational switch of INO80 regulates nucleosome positioning 著者: Kaur, U. / Wu, H. / Cheng, Y. / Narlikar, G.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 317.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 237.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 35.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 54.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 45375MC ![]() 9c9gC ![]() 9c9sC ![]() 9c9tC ![]() 9c9zC ![]() 9canC ![]() 9catC ![]() 9cauC ![]() 9cb7C ![]() 9ccdC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH
#1: タンパク質 | 分子量: 15403.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: LOC121398065, LOC108703785, LOC121398067, XELAEV_18002543mg 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 11394.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 14109.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: hist1h2aj, LOC494591, XELAEV_18003602mg / 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 13655.948 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#5: DNA鎖 | 分子量: 69840.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#6: DNA鎖 | 分子量: 70347.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-詳細
Has protein modification | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: CELL / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: OTHER |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 47.7 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 2.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 109876 / 対称性のタイプ: POINT |