PDB-9c9v: HBV capsid with compound 3i

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9c9v

タイトル

HBV capsid with compound 3i

要素

Capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / HBV capsid / assembly modulators

機能・相同性

機能・相同性情報

microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.63 Å

データ登録者

Olland, A.M. / Suto, R.K. / Fontano, E. / Colussi, T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Rational Design, Synthesis, and Structure-Activity Relationship of a Novel Isoquinolinone-Based Series of HBV Capsid Assembly Modulators Leading to the Identification of Clinical Candidate AB-836.
著者: Cole, A.G. / Kultgen, S.G. / Mani, N. / Fan, K.Y. / Ardzinski, A. / Stever, K. / Dorsey, B.D. / Mesaros, E.F. / Thi, E.P. / Graves, I. / Tang, S. / Harasym, T.O. / Lee, A.C.H. / Olland, A. / ...

履歴

登録	2024年6月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9c9v.cif.gz	401.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9c9v.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9c9v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/9c9v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/9c9v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (3) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Capsid protein

B: Capsid protein

C: Capsid protein

D: Capsid protein

E: Capsid protein

F: Capsid protein

ヘテロ分子

116 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Capsid protein

B: Capsid protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Capsid protein

D: Capsid protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Capsid protein

F: Capsid protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	151.944, 87.919, 108.503
Angle α, β, γ (deg.)	90, 102.748, 90
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Capsid protein / Core antigen / Core protein / HBcAg / p21.5 分子量: 18890.510 Da / 分子数: 6 / 変異: Y132A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: L7R9I1
#2: 化合物	ChemComp-A1AVK / N'-(3-chloro-4-fluorophenyl)-N-(2-methylpropyl)-N-[(1R)-1-(1-oxo-1,2-dihydroisoquinolin-4-yl)ethyl]urea 分子量: 415.888 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₃ClFN₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.56 % / 解説: large hexagonal crystals
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10% PEG 3350, 10 to 14% (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 8 to 10% isopropanol, and 100 mM ammonium citrate/citric acid pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.63→50 Å / Num. obs: 41271 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.937 / Net I/σ(I): 6.1
反射シェル	解像度: 2.63→2.72 Å / Num. unique obs: 3899 / CC_1/2: 0.609

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.63→48.409 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 39.586 / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.422 / ESU R Free: 0.282 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	2055	5.007 %
R_work	0.2239	38991	-
all	0.226	-	-
obs	-	41046	98.611 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.001 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.935 Å²	0 Å²	-0.235 Å²
2-	-	-0.743 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.618 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.63→48.409 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6235	0	174	0	6409

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	6668
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	6063
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.752	1.848	9149
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.625	1.754	13923
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.312	5	793
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.683	5	43
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.504	10	944
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.286	10	280
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	1018
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	7858
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	1608
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.247	0.2	1768
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.205	0.2	5408
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.198	0.2	3326
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	3366
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	145
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.169	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.1	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.169	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.073	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.742	6.101	3187
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.733	6.102	3187
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.056	10.935	3975
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.055	10.936	3976
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.29	6.084	3481
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.289	6.084	3481
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.388	11.168	5174
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.387	11.167	5175
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.805	57.694	7956
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.804	57.692	7957

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.63-2.698	0.426	122	0.4	2685	0.401	3029	0.85	0.856	92.6708	0.377
2.698-2.772	0.4	139	0.373	2704	0.375	2985	0.862	0.88	95.2429	0.346
2.772-2.852	0.366	149	0.328	2666	0.33	2915	0.89	0.913	96.5695	0.298
2.852-2.939	0.338	123	0.326	2661	0.327	2826	0.909	0.915	98.5138	0.3
2.939-3.035	0.366	139	0.316	2564	0.319	2723	0.903	0.923	99.2655	0.3
3.035-3.141	0.318	161	0.297	2460	0.299	2628	0.933	0.935	99.7336	0.281
3.141-3.259	0.311	133	0.247	2401	0.25	2540	0.933	0.956	99.7638	0.231
3.259-3.392	0.274	123	0.228	2344	0.23	2471	0.951	0.965	99.8381	0.216
3.392-3.542	0.266	124	0.213	2215	0.216	2339	0.951	0.971	100	0.206
3.542-3.714	0.255	129	0.225	2125	0.227	2254	0.953	0.967	100	0.23
3.714-3.913	0.25	95	0.207	2042	0.209	2138	0.963	0.972	99.9532	0.219
3.913-4.149	0.245	90	0.184	1942	0.187	2035	0.957	0.978	99.8526	0.198
4.149-4.433	0.2	88	0.161	1806	0.163	1896	0.973	0.983	99.8945	0.178
4.433-4.785	0.181	86	0.139	1709	0.141	1800	0.978	0.987	99.7222	0.157
4.785-5.237	0.21	79	0.175	1573	0.177	1653	0.973	0.983	99.9395	0.196
5.237-5.846	0.223	76	0.181	1437	0.184	1514	0.972	0.982	99.934	0.205
5.846-6.734	0.259	59	0.192	1251	0.195	1312	0.964	0.978	99.8476	0.222
6.734-8.208	0.237	55	0.205	1061	0.207	1122	0.967	0.974	99.4652	0.242
8.208-11.445	0.211	57	0.191	835	0.192	894	0.97	0.978	99.7763	0.258
11.445-48.409	0.232	28	0.301	510	0.297	538	0.969	0.943	100	0.37

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6489	-0.3057	0.2878	1.2006	-0.4438	0.1761	0.0098	-0.1261	-0.2133	0.1012	0.0201	0.0607	-0.0345	-0.0165	-0.0299	0.0105	-0.0029	0.0195	0.0116	-0.0226	0.2124	155.4126	-51.1709	138.6474
2	2.9009	-0.2616	-0.0253	1.3556	0.4235	0.1347	0.1135	-0.1363	0.224	0.1651	-0.0847	-0.0545	0.0553	-0.0324	-0.0288	0.0333	-0.0228	0.0068	0.0234	0.0227	0.1989	177.6199	-41.6958	138.459
3	1.2663	-0.7435	0.369	3.2216	0.1662	0.1602	0.027	-0.0978	0.01	0.0374	-0.0063	-0.1548	0.0156	-0.0371	-0.0207	0.0065	-0.0008	0.0297	0.0104	0.0202	0.2267	176.3167	-9.9248	137.5537
4	1.7061	-0.4695	-0.1463	2.8842	-0.6114	0.1681	-0.0001	-0.0635	-0.0708	0.1231	0.0169	0.2018	-0.0306	0.0037	-0.0168	0.0092	0.0053	-0.0171	0.01	-0.0308	0.2102	156.768	5.1464	137.4883
5	1.5724	0.9685	-0.3828	2.4044	0.3203	0.2646	-0.0412	-0.0393	0.2001	0.0937	0.1009	0.0615	0.0454	0.0483	-0.0597	0.0158	0.0093	-0.042	0.0117	-0.0001	0.2254	130.4726	-11.8163	137.4555
6	1.6706	0.8401	0.3328	2.5627	-0.2288	0.1398	-0.0716	-0.0701	-0.1581	0.0882	0.1051	-0.0847	-0.0383	-0.0406	-0.0335	0.0194	0.0144	0.0319	0.0197	-0.0139	0.2185	126.8999	-36.6293	137.027

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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