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- PDB-9c9o: M. tuberculosis PKS13 acyltransferase (AT) domain in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c9o
タイトルM. tuberculosis PKS13 acyltransferase (AT) domain in complex with SuFEx inhibitor CMX410 - reaction product
要素(Polyketide synthase ...) x 2
キーワードTRANSFERASE / polyketide synthase / acyltransferase domain / inhibitor / mycobacteria / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. ...: / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / : / Polyketide synthase Pks13
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Krieger, I.V. / Tang, S. / Sacchetini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01AI095208 米国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-040487 米国
Welch FoundationA-0015 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A SuFEx-based TB clinical candidate irreversibly inhibits Pks13
著者: Krieger, I.V. / Sacchetini, J.C.
履歴
登録2024年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyketide synthase Pks13
B: Polyketide synthase Pks13
C: Polyketide synthase Pks13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,35417
ポリマ－166,6203
非ポリマー3,73314
水7,999444
1
A: Polyketide synthase Pks13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3578
ポリマ－55,5271
非ポリマー1,8307
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Polyketide synthase Pks13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4508
ポリマ－55,5461
非ポリマー1,9047
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Polyketide synthase Pks13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5461
ポリマ－55,5461
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.673, 106.673, 258.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1101-

SO4

21A-1344-

HOH

31B-1221-

HOH

-
要素

-
Polyketide synthase ... , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Polyketide synthase Pks13


分子量: 55527.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pks13, Rv3800c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: I6X8D2, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: タンパク質 Polyketide synthase Pks13


分子量: 55546.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pks13, Rv3800c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: I6X8D2, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの

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糖 , 1種, 7分子

#3: 多糖
beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 451分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-A1AVL / 4-({2,6-difluoro-4-[3-(methanesulfonamido)-1H-1,2,4-triazol-1-yl]phenyl}methoxy)phenyl hydrogen sulfate


分子量: 476.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H14F2N4O7S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 444 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細The authors state that the chain C short peptide is part of the ordered N-terminal part of either ...The authors state that the chain C short peptide is part of the ordered N-terminal part of either chain A or chain B, but because of how much is missing, they cannot say whether is it from chain A or chain B.
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.78 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 1.7 M (NH4)2SO4, 4-6% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.920105 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.920105 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.019→98.62 Å / Num. obs: 79459 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 31.34 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.019→2.163 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.324 / Num. unique obs: 3973 / CC1/2: 0.579 / Rpim(I) all: 0.561 / % possible all: 67.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.02→52.24 Å / SU ML: 0.2437 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.5167
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 3980 5.01 %
Rwork0.1937 75465 -
obs0.1956 79445 80.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→52.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7172 0 244 444 7860
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00727589
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.913810319
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05091196
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081314
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.12081098
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.02-2.040.386410.313813X-RAY DIFFRACTION0.43
2.04-2.070.306690.3163150X-RAY DIFFRACTION4.7
2.07-2.10.4248310.2737561X-RAY DIFFRACTION17.19
2.1-2.130.3208560.27521150X-RAY DIFFRACTION34.7
2.13-2.160.3118900.26991529X-RAY DIFFRACTION46.94
2.16-2.190.31641120.2591902X-RAY DIFFRACTION57.82
2.19-2.220.30341130.25392340X-RAY DIFFRACTION70.57
2.22-2.240.3375670.26261475X-RAY DIFFRACTION74.71
2.26-2.30.28881280.24662491X-RAY DIFFRACTION89.02
2.3-2.340.30441570.2423231X-RAY DIFFRACTION97.47
2.34-2.380.29781790.25053283X-RAY DIFFRACTION99.91
2.38-2.430.29091810.24153355X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.490.25291850.22783284X-RAY DIFFRACTION99.97
2.49-2.540.29061590.2233326X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.610.2351610.21543351X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.680.27341740.21433299X-RAY DIFFRACTION99.86
2.68-2.760.24841650.21833324X-RAY DIFFRACTION99.83
2.76-2.850.27941770.22163327X-RAY DIFFRACTION99.89
2.85-2.950.2211790.22463347X-RAY DIFFRACTION99.83
2.95-3.070.26941880.23533334X-RAY DIFFRACTION99.91
3.07-3.20.24051700.22043354X-RAY DIFFRACTION99.91
3.2-3.370.27461830.19823355X-RAY DIFFRACTION99.77
3.37-3.590.21791730.18393375X-RAY DIFFRACTION99.94
3.59-3.860.19631760.1763390X-RAY DIFFRACTION99.83
3.86-4.250.19141780.14633404X-RAY DIFFRACTION99.94
4.25-4.860.17861880.13843425X-RAY DIFFRACTION99.86
4.87-6.130.2072030.16363443X-RAY DIFFRACTION99.81
6.13-52.240.17911970.16613647X-RAY DIFFRACTION99.15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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