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万見
- PDB-9c9e: Crystal structure of fluoroacetate dehalogenase 4A from Delftia a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c9e
タイトルCrystal structure of fluoroacetate dehalogenase 4A from Delftia acidovorans strain D4B
要素Fluoroacetate dehalogenase 4A
キーワードTRANSFERASE / Dehalogenase PFAS
生物種Delftia acidovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.585 Å
データ登録者Caputo, A.T. / Hu, M. / Scott, C.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation (CSIRO) オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures of two fluoroacetate dehalogenases
著者: Hu, M. / Caputo, A.T. / Scott, C.
履歴
登録2024年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fluoroacetate dehalogenase 4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4613
ポリマ－26,3291
非ポリマー1322
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.225, 68.496, 69.909
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Fluoroacetate dehalogenase 4A


分子量: 26329.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Delftia acidovorans (バクテリア)
株: D4B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 8 mg/ml A4, 2 M Ammonium sulfate, 2% (v/v) PEG400, 0.1 M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95374 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95374 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.585→48.926 Å / Num. obs: 27201 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 8.1 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 1.585→1.612 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 1302 / CC1/2: 0.528 / Rpim(I) all: 1.748

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
autoPROC1.0.5data processing
Aimless0.7.9データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
XDSJan 10, 2022 (BUILT 20220220)データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.585→48.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU R Cruickshank DPI: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.112 / SU Rfree Blow DPI: 0.105 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.103
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2487 1349 -RANDOM
Rwork0.2256 ---
obs0.2266 26822 92.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.827 Å20 Å20 Å2
2--1.9322 Å20 Å2
3----10.7592 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.585→48.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1612 0 6 123 1741
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0093207HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg15761HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d932SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes522HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1667HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion202SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2540SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.05
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.43
LS精密化 シェル解像度: 1.585→1.6 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4593 26 -
Rwork0.4118 --
obs--70.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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