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- PDB-9c9d: Protein receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c9d
タイトルProtein receptor
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2
  • Major histocompatibility complex class I-related gene protein
  • T Cell Receptor Alpha Variable 1-2
  • T cell receptor beta variable 6-1
キーワードIMMUNE SYSTEM / protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of antigen processing and presentation / negative regulation of T cell costimulation / positive regulation of tolerance induction / MHC class Ib protein complex binding / immune response-inhibiting cell surface receptor signaling pathway / inhibitory MHC class I receptor activity / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / negative regulation of postsynaptic density organization / positive regulation of long-term synaptic depression / MHC class Ib protein binding ...negative regulation of antigen processing and presentation / negative regulation of T cell costimulation / positive regulation of tolerance induction / MHC class Ib protein complex binding / immune response-inhibiting cell surface receptor signaling pathway / inhibitory MHC class I receptor activity / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / negative regulation of postsynaptic density organization / positive regulation of long-term synaptic depression / MHC class Ib protein binding / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / immune response-regulating signaling pathway / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / positive regulation of T cell tolerance induction / interleukin-10-mediated signaling pathway / protein phosphatase 1 binding / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of long-term synaptic potentiation / heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of protein metabolic process / beta-2-microglobulin binding / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / negative regulation of calcium ion transport / MHC class I protein binding / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / cellular defense response / T cell receptor binding / cell adhesion molecule binding / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of interleukin-6 production / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / cell-cell signaling / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / amyloid-beta binding / ER-Phagosome pathway / cellular response to lipopolysaccharide / protein refolding / early endosome membrane / defense response to Gram-negative bacterium / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / Golgi membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : ...: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-30W / Beta-2-microglobulin / Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2 / Major histocompatibility complex class I-related protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者MacLachlan, B. / Awad, W. / Vivian, J. / Rossjohn, J.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC) オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Protein complex
著者: MacLachlan, B.
履歴
登録2024年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
B: Beta-2-microglobulin
D: T Cell Receptor Alpha Variable 1-2
E: T cell receptor beta variable 6-1
F: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,02819
ポリマ－117,5195
非ポリマー1,50914
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.292, 115.530, 92.404
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.600, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

-
タンパク質 , 5種, 5分子 ABDEF

#1: タンパク質 Major histocompatibility complex class I-related gene protein / MHC class I-related gene protein / Class I histocompatibility antigen-like protein


分子量: 31711.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q95460
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質 T Cell Receptor Alpha Variable 1-2


分子量: 22781.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質 T cell receptor beta variable 6-1


分子量: 27677.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: タンパク質 Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2 / LIR-2 / Leukocyte immunoglobulin-like receptor 2 / CD85 antigen-like family member D / ...LIR-2 / Leukocyte immunoglobulin-like receptor 2 / CD85 antigen-like family member D / Immunoglobulin-like transcript 4 / ILT-4 / Monocyte/macrophage immunoglobulin-like receptor 10 / MIR-10


分子量: 23469.316 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 22-220 (Uniprot numbering) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LILRB2, ILT4, LIR2, MIR10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N423

-
非ポリマー , 6種, 170分子

#6: 化合物 ChemComp-30W / N-(6-formyl-4-oxo-3,4-dihydropteridin-2-yl)acetamide / Acetyl 6-formylpterin


分子量: 233.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H7N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.24 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: PEG 8K, (NH4)2SO4, MES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953731000423 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953731000423 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→43.78 Å / Num. obs: 35257 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 63.2 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 9.55
反射 シェル解像度: 2.9→3.004 Å / Num. unique obs: 3482 / CC1/2: 0.574

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→43.78 Å / SU ML: 0.4352 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.4174
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2155 1860 5.28 %
Rwork0.1897 33373 -
obs0.1911 35233 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→43.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7905 0 87 156 8148
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00188247
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4911232
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04071182
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00361468
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.58372956
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.980.41061270.34612576X-RAY DIFFRACTION99.85
2.98-3.070.33781610.31382517X-RAY DIFFRACTION99.78
3.07-3.170.29671510.27162557X-RAY DIFFRACTION99.96
3.17-3.280.25731350.24692558X-RAY DIFFRACTION99.63
3.28-3.410.26181440.23872573X-RAY DIFFRACTION99.85
3.41-3.560.22171320.21452567X-RAY DIFFRACTION99.93
3.56-3.750.23841290.19412584X-RAY DIFFRACTION99.82
3.75-3.990.22771480.17522564X-RAY DIFFRACTION99.96
3.99-4.290.19181350.15392563X-RAY DIFFRACTION99.89
4.3-4.730.17741340.13652575X-RAY DIFFRACTION99.6
4.73-5.410.15521520.14342572X-RAY DIFFRACTION99.85
5.41-6.810.19041610.18342587X-RAY DIFFRACTION99.89
6.81-43.780.19711510.17772580X-RAY DIFFRACTION98.41
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.04566354071670.0693534430143-0.07963093760450.200977346155-0.09381459176380.0384441622457-0.1100095070420.19040823153-0.634072146308-0.432839175480.1019220635030.1908627461030.198250064848-0.1079043908620.04591207608840.2618071995290.0196711219384-0.00545591581310.44699019215-0.01385958310120.537176122893-45.192806257952.515261583821.4977618886
20.283485950290.01395100112090.2197875542910.227956109230.08630266978720.0427582416392-0.0763297424916-0.09258819397960.01300721592990.0305390162789-0.1196483808110.0596077818009-0.298854104283-0.186601931703-8.81447926326E-60.6973887028950.130577153545-0.01759951516820.6375275283730.0218952660050.522868092787-59.055567538778.962692051526.7690373956
30.0437951576591-0.0408838304232-0.1525889314020.08013414930110.01665431027320.124400826339-0.1048836502370.03972102802740.128379682281-0.2219834876670.1058850974480.5330012889-0.389383787616-0.4686745459611.48513942667E-50.6990069237740.114137562462-0.1334226520180.6938937683690.02092610774940.68658208198-66.257990768175.703690237317.9265772307
40.3946646280180.022658313894-0.4861868775850.251739072254-0.01822947056490.509076146189-0.195593143047-0.156777057574-0.04422352631730.1801163325740.03381596539530.2901906875410.1853359821850.138231705267-1.26067563453E-50.5507017845410.0703991032131-0.004363905108750.407389126772-0.003995251058830.4553072014491.13038210724-8.36801368783.30384881535
50.2574908675480.1046969506130.120843926171-0.0191291480470.03699157201650.14730823472-0.1187677600770.02011719220240.318250210615-0.2511990853050.347144666582-0.2966038274230.1867006145470.1155825785780.0005999209445520.507012274815-0.0340910674490.1591210711070.436119981058-0.05674266163310.5573760359861.1913272114817.2835724258-5.37654310912
60.172833213830.055208674205-0.1503626841240.260477569924-0.05245795445510.1095604988390.01588640720410.104123921756-0.102802066822-0.178260263321-0.02068275954290.1268713184080.4513192453560.1350201681881.08805505633E-50.3759559199330.01515520422690.001434341702060.3571993327770.02932687599830.402049776255-26.542434717924.573061710320.7758253148
70.936295258276-0.295263372339-0.3698574654430.5899656766650.5246513659560.5089399488790.0631364340508-0.008660966263090.0428598114668-0.1112272112520.0500070556928-0.019414195603-0.0523234782678-0.03475320144062.0136325437E-60.336879043479-0.0148240090936-0.02667839387310.33788124620.0169716241240.320437728893-24.791472577735.110406834718.3268153383
80.4132352481280.419170909358-0.01838692402130.297940595849-0.02863762155740.116070885475-0.149891855593-0.175856149532-0.0539395485630.1448335818050.1884631295920.0319979017630.196923533132-0.0501597890324.40871903422E-60.5654811755360.0532448415448-0.0003951533609730.386803825898-0.01326988485420.341917875034-14.859556903515.993032490933.7713413034
90.0640370579793-0.009843690565650.1571638167070.0911334042589-0.05005971960970.124994347494-0.1438176929670.1481977224730.149836442943-0.1130942092980.0959524311041-0.00633055269042-0.203876057397-0.010730011248-2.35019869265E-50.4928143814530.0215586086270.05767115648780.461679770.07354456245510.305203857088-4.824750145988.9612980727928.920462274
100.415338917970.360164763781-0.07780894608870.320893288849-0.1096831647380.1031339586220.09104575121360.3563574573850.3415284920450.138709841160.008657125651940.0632472309135-0.1952617911860.5191507122930.02078415859280.512402518330.0813933773097-0.04612467691920.4988610461150.00247751493060.303742217913.598366511656.3803755462632.2025810519
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'E' and (resid 95 through 115 )EG95 - 11595 - 115
22chain 'E' and (resid 116 through 202 )EG116 - 202116 - 202
33chain 'E' and (resid 203 through 244 )EG203 - 244203 - 244
44chain 'F' and (resid 1 through 105 )FH1 - 1051 - 105
55chain 'F' and (resid 106 through 193 )FH106 - 193106 - 189
66chain 'A' and (resid 0 through 37 )AA0 - 371 - 38
77chain 'A' and (resid 38 through 158 )AA38 - 15839 - 159
88chain 'A' and (resid 159 through 195 )AA159 - 195160 - 196
99chain 'A' and (resid 196 through 239 )AA196 - 239197 - 238
1010chain 'A' and (resid 240 through 269 )AA240 - 269239 - 268
1111chain 'B' and (resid 0 through 30 )BD0 - 301 - 31
1212chain 'B' and (resid 31 through 61 )BD31 - 6132 - 62
1313chain 'B' and (resid 62 through 98 )BD62 - 9863 - 99
1414chain 'D' and (resid 1 through 135 )DF1 - 1351 - 135
1515chain 'D' and (resid 136 through 175 )DF136 - 175136 - 175
1616chain 'D' and (resid 176 through 200 )DF176 - 200176 - 200
1717chain 'E' and (resid 1 through 37 )EG1 - 371 - 37
1818chain 'E' and (resid 38 through 94 )EG38 - 9438 - 94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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