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万見
- PDB-9c9c: Protein receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c9c
タイトルProtein receptor
要素Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / protein
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of antigen processing and presentation / negative regulation of T cell costimulation / positive regulation of tolerance induction / MHC class Ib protein complex binding / immune response-inhibiting cell surface receptor signaling pathway / inhibitory MHC class I receptor activity / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / negative regulation of postsynaptic density organization / positive regulation of long-term synaptic depression / MHC class Ib protein binding ...negative regulation of antigen processing and presentation / negative regulation of T cell costimulation / positive regulation of tolerance induction / MHC class Ib protein complex binding / immune response-inhibiting cell surface receptor signaling pathway / inhibitory MHC class I receptor activity / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / negative regulation of postsynaptic density organization / positive regulation of long-term synaptic depression / MHC class Ib protein binding / immune response-regulating signaling pathway / positive regulation of T cell tolerance induction / interleukin-10-mediated signaling pathway / protein phosphatase 1 binding / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of long-term synaptic potentiation / heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of protein metabolic process / negative regulation of calcium ion transport / MHC class I protein binding / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / cellular defense response / cell adhesion molecule binding / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-6 production / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cell-cell signaling / amyloid-beta binding / cellular response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / immune response / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / cell surface / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular space / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者MacLachlan, B. / Awad, W. / Vivian, J. / Rossjohn, J.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC) オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Protein complex
著者: MacLachlan, B.
履歴
登録2024年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2
B: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,32810
ポリマ－46,9392
非ポリマー3898
水8,773487
1
A: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7125
ポリマ－23,4691
非ポリマー2434
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6165
ポリマ－23,4691
非ポリマー1464
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.165, 63.056, 144.736
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-538-

HOH

21A-576-

HOH

31A-634-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2 / LIR-2 / Leukocyte immunoglobulin-like receptor 2 / CD85 antigen-like family member D / ...LIR-2 / Leukocyte immunoglobulin-like receptor 2 / CD85 antigen-like family member D / Immunoglobulin-like transcript 4 / ILT-4 / Monocyte/macrophage immunoglobulin-like receptor 10 / MIR-10


分子量: 23469.316 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 22-220 (Uniprot numbering) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LILRB2, ILT4, LIR2, MIR10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N423
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE


分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 487 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: imidazole, peg

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→48.25 Å / Num. obs: 54877 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 23.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.66→1.69 Å / Num. unique obs: 2657 / CC1/2: 0.622

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.66→39.26 Å / SU ML: 0.2112 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.4762
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1956 2777 5.06 %
Rwork0.1736 52059 -
obs0.1747 54836 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→39.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2932 0 20 487 3439
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00583279
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85654532
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0583496
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0076587
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.32551234
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.66-1.690.31451400.30032539X-RAY DIFFRACTION98.75
1.69-1.720.28771310.27272567X-RAY DIFFRACTION98.79
1.72-1.750.28171420.24242538X-RAY DIFFRACTION99
1.75-1.790.23521300.22392576X-RAY DIFFRACTION98.83
1.79-1.830.24271470.2092510X-RAY DIFFRACTION99.18
1.83-1.870.21071470.19192583X-RAY DIFFRACTION99.2
1.87-1.920.25611450.19112569X-RAY DIFFRACTION99.2
1.92-1.970.20851290.18152577X-RAY DIFFRACTION99.3
1.97-2.030.21851220.18082587X-RAY DIFFRACTION99.38
2.03-2.090.22541600.18452558X-RAY DIFFRACTION99.49
2.09-2.170.18881350.15452578X-RAY DIFFRACTION99.45
2.17-2.250.20031380.1612601X-RAY DIFFRACTION99.67
2.25-2.360.17811400.16542588X-RAY DIFFRACTION99.71
2.36-2.480.22181530.1752597X-RAY DIFFRACTION99.71
2.48-2.630.19791080.18532670X-RAY DIFFRACTION99.75
2.63-2.840.24931160.19572627X-RAY DIFFRACTION99.64
2.84-3.120.20531420.18022648X-RAY DIFFRACTION99.89
3.12-3.580.18291350.16162656X-RAY DIFFRACTION99.86
3.58-4.50.13741510.13672698X-RAY DIFFRACTION100
4.5-39.260.18391660.17092792X-RAY DIFFRACTION99.26
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.204828874414-0.237875168217-0.07550830549070.4591630170640.1775473695950.5420373353760.01740814482820.0609130274483-0.038518204450.06584229496170.0262903283807-0.05567694873830.0534499918317-0.175258985154-1.07086015597E-90.0867379240243-0.0159918784785-0.0111109808040.1240456661230.01235482964320.0855765920467-11.5857732653-21.1370267268-3.65291279999
20.169457058040.249781759714-0.2922916673410.03295958683710.551988794145-0.0745435301979-0.01835923413460.1408118750150.008227924528870.1036898269030.0775104559801-0.0804178119455-0.15097550669-0.0943276396283-1.01493038089E-70.1233878991970.00871016610502-0.04650798581860.1387914830960.01425774565140.120175763309-7.35691629912-14.72275425090.0390603904262
3-0.2359327914150.1495935587230.5001490192271.117760930920.8427583062120.5988417611460.0292300583695-4.68256506149E-5-0.01504618096190.09406317029940.07307629886170.01647087687640.105297013648-0.0151866353015.17930573464E-90.133522239048-0.0080444495749-0.0036069072150.0869613170266-0.003124802971780.125599508391-0.961179301167-1.3163911290216.4779098829
40.257698908626-0.03876631277670.09609768466330.170216523768-0.247025167060.1025376609090.07700742951310.0342259486234-0.1252638850170.0421961355959-0.0486979449953-0.09578329506480.06312624469850.2307330719773.90209207977E-80.10110780878-0.004050666585270.0001764754771640.155814820967-0.002529618661740.14110314954113.741292258416.15510898121.5603044941
50.417187310759-0.4011773979250.4803917426-0.1682182464510.1792122891910.5013894830360.03180062838780.07877422243320.123393594350.0287703997202-0.009005962783910.0300834838744-0.09589750800610.00881834214688-7.87229914886E-80.111278630676-0.01116236913360.001499262210480.1078638508590.005248427577230.117364095056.5327991592423.369240253919.0309794592
60.3715802256960.06566679170720.1373317856010.2385641257190.09990178953760.08303935568320.0007079657204490.117709646482-0.0276405892919-0.0107129967959-0.006861377785280.0233568037910.004284182439250.13528362846.28568802349E-70.08932572470930.002555674881290.007852536609420.1672355797480.01395049732250.09059708271478.5915215818817.65484051539.03469032374
70.1177256307940.1753361601040.02871363289860.0802506421663-0.3416055908980.1100061556020.0009825024989660.0710713729448-0.0957762778986-0.00629922964911-0.132824638445-0.159806045816-0.1019708213040.1171035194329.49301980334E-80.1332562773380.003896921822110.006177308177150.1215456326890.01291230764260.16932795528111.1828303969-0.29383161098439.335070646
80.07925598261250.1696332726420.3240388987141.07851713409-0.8144080531730.686683608601-0.009937982893280.0697513273998-0.077587206055-0.00916028234913-0.0831514516276-0.104671942136-0.03221334111460.114562807184-2.95537975127E-80.1264833034210.003486410659270.005029459318570.1309243589290.01865965887020.1372383004647.32056564754-0.29816058453637.8978584025
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 4 through 69 )AA4 - 691 - 66
22chain 'A' and (resid 70 through 109 )AA70 - 10967 - 106
33chain 'A' and (resid 110 through 200 )AA110 - 200107 - 190
44chain 'B' and (resid 5 through 30 )BB5 - 301 - 26
55chain 'B' and (resid 31 through 73 )BB31 - 7327 - 69
66chain 'B' and (resid 74 through 92 )BB74 - 9270 - 88
77chain 'B' and (resid 93 through 119 )BB93 - 11989 - 115
88chain 'B' and (resid 120 through 199 )BB120 - 199116 - 189

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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