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- PDB-9c94: Crystal structure of menin in complex with inhibitor compound 20 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c94
タイトルCrystal structure of menin in complex with inhibitor compound 20
要素Menin
キーワードPROTEIN BINDING/INHIBITOR / PROTEIN BINDING / PROTEIN BINDING-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Y-form DNA binding / MLL1/2 complex / osteoblast development / negative regulation of JNK cascade / T-helper 2 cell differentiation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of protein phosphorylation / R-SMAD binding ...negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Y-form DNA binding / MLL1/2 complex / osteoblast development / negative regulation of JNK cascade / T-helper 2 cell differentiation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of protein phosphorylation / R-SMAD binding / histone methyltransferase complex / negative regulation of cell cycle / cleavage furrow / MLL1 complex / negative regulation of osteoblast differentiation / RHO GTPases activate IQGAPs / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / response to UV / four-way junction DNA binding / transcription repressor complex / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / response to gamma radiation / phosphoprotein binding / Post-translational protein phosphorylation / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / nuclear matrix / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / MAPK cascade / double-stranded DNA binding / protein-macromolecule adaptor activity / chromosome, telomeric region / transcription cis-regulatory region binding / endoplasmic reticulum lumen / negative regulation of cell population proliferation / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Bester, S.M. / Wu, W.-I. / Mou, T.-C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2025
タイトル: Design of Potent Menin-KMT2A Interaction Inhibitors with Improved In Vitro ADME Properties and Reduced hERG Affinity.
著者: Chapsal, B.D. / Kimbrough, J.R. / Bester, S.M. / Bergstrom, A. / Backos, D.S. / Campos, B. / McDonald, M.G. / Abrahamsen, R. / Allen, A.C. / Doerner Barbour, P.M. / Bettendorf, T. / Boys, M.L. ...著者: Chapsal, B.D. / Kimbrough, J.R. / Bester, S.M. / Bergstrom, A. / Backos, D.S. / Campos, B. / McDonald, M.G. / Abrahamsen, R. / Allen, A.C. / Doerner Barbour, P.M. / Bettendorf, T. / Boys, M.L. / Brown, K. / Chicarelli, M.J. / Cook, A.W. / Crooks, A.L. / Cruz, C.L. / Dahlke, J.R. / Eide, A. / Fell, J.B. / Fulton, J.L. / Gargus, M. / Gaudino, J.J. / Guarnieri, A.L. / Hansen, E.P. / Holt, M.C. / Kahn, D.R. / Laird, E.R. / Larsen, P.D. / Linwood, R. / Martinson, M.C. / McCown, J. / Mejia, M.J. / Moreno, D.A. / Mou, T.C. / Newhouse, B. / O'Leary, J.M. / Rodriguez, M.E. / Singh, A. / Sinik, L. / Strand, K.A. / Touney, E.E. / Wollenberg, L.A. / Wong, J. / Zhou, Y. / Fischer, J.P. / Allen, S.
履歴
登録2024年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Menin
B: Menin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,0664
ポリマ－114,0212
非ポリマー1,0452
水10,971609
1
A: Menin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5332
ポリマ－57,0101
非ポリマー5231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Menin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5332
ポリマ－57,0101
非ポリマー5231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.758, 87.476, 194.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Menin


分子量: 57010.496 Da / 分子数: 2 / 変異: A5T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEN1, SCG2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00255
#2: 化合物 ChemComp-A1AVG / {5-fluoro-2-[(5-{7-[(1-methylcyclopropyl)methyl]-2,7-diazaspiro[3.5]nonan-2-yl}-1,2,4-triazin-6-yl)oxy]phenyl}[(1R,5S)-3-oxa-8-azabicyclo[3.2.1]octan-8-yl]methanone


分子量: 522.614 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H35FN6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 609 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 22% PEG 3350, 0.1M HEPES pH6.9, 0.2M Na Thiocyanate, 4% Isopropanol, 1% Tacsimate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→97.31 Å / Num. obs: 37789 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 28.73 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rpim(I) all: 0.084 / Rrim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.98→2.09 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.837 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 9907 / CC1/2: 0.707 / Rpim(I) all: 0.394 / Rrim(I) all: 0.927 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
CrysalisProデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.98→54.49 Å / SU ML: 0.2315 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.8836
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2117 3426 5.06 %
Rwork0.178 64270 -
obs0.1797 37789 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→54.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7425 0 76 609 8110
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047741
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.764110532
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04471153
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071347
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.53112843
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.98-2.010.28141290.24812712X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.040.27941470.24232664X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.070.27081490.2272639X-RAY DIFFRACTION99.93
2.07-2.10.28541420.22872687X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.140.28391580.20682645X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.180.25781380.19682694X-RAY DIFFRACTION99.93
2.18-2.220.24731400.19152640X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.270.2089990.19362036X-RAY DIFFRACTION75.04
2.27-2.320.2751330.18992672X-RAY DIFFRACTION100
2.32-2.370.22491510.18742715X-RAY DIFFRACTION99.97
2.37-2.430.24131430.19122651X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.490.20971240.1912692X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.570.23641500.19142695X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.650.24761380.18232691X-RAY DIFFRACTION99.96
2.65-2.750.22651650.19432692X-RAY DIFFRACTION100
2.75-2.860.2591360.19662678X-RAY DIFFRACTION100
2.86-2.990.21621390.20082735X-RAY DIFFRACTION99.93
2.99-3.140.22531680.18692674X-RAY DIFFRACTION99.93
3.14-3.340.23681350.17422731X-RAY DIFFRACTION99.93
3.34-3.60.17161380.15952720X-RAY DIFFRACTION99.86
3.6-3.960.1731560.14942725X-RAY DIFFRACTION99.83
3.96-4.530.15561390.14032759X-RAY DIFFRACTION99.9
4.53-5.710.18361680.16012784X-RAY DIFFRACTION99.93
5.71-54.490.18631410.17182939X-RAY DIFFRACTION99.42
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.31963634866-0.893591938833-0.172297437171.855731710840.398227426550.4499632160870.0813028741830.141440482126-0.270218589882-0.15145695166-0.08381128687080.1998384883810.05430664902070.0276207326843-0.003692702941740.1865924536750.0267493975914-0.03151322725930.210003500747-0.01268087202310.176311864336-14.5236634731-12.114746965-24.0916760564
20.83972595747-0.1054862715870.2134869884251.61463176295-0.5653988247180.6701508680270.001683706479560.0328168376582-0.0441069634895-0.0265104349870.01914800241340.0269038701920.03509917158920.00388832975122-0.02077570732540.1254283805390.005602530895050.02440082245610.175819465831-0.008545974466920.1301180921529.3479868927916.8798884258-21.1950013189
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid 2 through 583)AA2 - 5831 - 464
22(chain 'B' and resid 2 through 582)BD2 - 5821 - 474

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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