PDB-9c8b: Minimal PutA proline dehydrogenase domain (design #2) with the FA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9c8b

タイトル

Minimal PutA proline dehydrogenase domain (design #2) with the FAD N5 modified with propanal resulting from inactivation with N-allylglycine (replicate #2)

要素

Bifunctional protein PutA

キーワード

OXIDOREDUCTASE / BETA/ALPHA BARREL / FLAVOENZYME / PROLINE CATABOLISM

機能・相同性

機能・相同性情報

proline dehydrogenase / proline dehydrogenase activity / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase activity / L-proline catabolic process to L-glutamate / proline biosynthetic process / cytoplasmic side of plasma membrane / DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sinorhizobium meliloti (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Tanner, J.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: Noncovalent Inhibition and Covalent Inactivation of Proline Dehydrogenase by Analogs of N -Propargylglycine.
著者: Tanner, J.J. / Ji, J. / Bogner, A.N. / Scott, G.K. / Patel, S.M. / Seravalli, J. / Gates, K.S. / Benz, C.C. / Becker, D.F.

履歴

登録	2024年6月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9c8b.cif.gz	318.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9c8b.ent.gz	255.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9c8b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/9c8b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/9c8b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8upzC 8uq0C 8uq1C 9c8aC 9c8cC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Bifunctional protein PutA

B: Bifunctional protein PutA

ヘテロ分子

91 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.892, 54.954, 76.092
Angle α, β, γ (deg.)	104.16, 100.38, 108.65
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Bifunctional protein PutA 分子量: 43773.988 Da / 分子数: 2 / 断片: proline dehydrogenase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 株: SM11 / 遺伝子: putA, SM11_chr0102 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: F7X6I3, proline dehydrogenase, L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase

#1: タンパク質

Bifunctional protein PutA

分子量: 43773.988 Da / 分子数: 2 / 断片: proline dehydrogenase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 株: SM11 / 遺伝子: putA, SM11_chr0102 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: F7X6I3, proline dehydrogenase, L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 484分子

#2: 化合物	ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH₂ 分子量: 787.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₅N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-CBG / PROPANAL / プロピオンアルデヒド分子量: 58.079 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₆O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.05 - 0.2 M sodium formate and 19 - 24% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.52→49.25 Å / Num. obs: 99633 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.044 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 13.6 / Num. measured all: 365203
反射シェル	解像度: 1.52→1.55 Å / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.589 / Num. measured all: 17932 / Num. unique obs: 4766 / CC_1/2: 0.815 / R_pim(I) all: 0.348 / R_rim(I) all: 0.685 / Net I/σ(I) obs: 1.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.52→49.25 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.15 / 位相誤差: 20.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1906	5008	5.03 %
R_work	0.168	-	-
obs	0.1691	99618	92.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.52→49.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5791	0	234	476	6501

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	6172
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.888	8408
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.419	2266
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	954
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1056

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.52-1.54	0.2705	154	0.2529	3054	X-RAY DIFFRACTION	90
1.54-1.56	0.2644	155	0.2509	3088	X-RAY DIFFRACTION	90
1.56-1.57	0.2768	187	0.2412	3078	X-RAY DIFFRACTION	91
1.57-1.59	0.2412	148	0.2254	3112	X-RAY DIFFRACTION	91
1.59-1.62	0.2632	160	0.2361	3085	X-RAY DIFFRACTION	91
1.62-1.64	0.2476	175	0.2219	3062	X-RAY DIFFRACTION	90
1.64-1.66	0.2464	179	0.2101	3082	X-RAY DIFFRACTION	91
1.66-1.69	0.2305	181	0.2113	3024	X-RAY DIFFRACTION	89
1.69-1.71	0.2209	166	0.2113	2896	X-RAY DIFFRACTION	86
1.71-1.74	0.2409	138	0.2005	2927	X-RAY DIFFRACTION	85
1.74-1.77	0.2484	186	0.1922	3224	X-RAY DIFFRACTION	95
1.77-1.8	0.1974	169	0.1847	3205	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8-1.84	0.2337	167	0.1821	3268	X-RAY DIFFRACTION	95
1.84-1.87	0.2104	165	0.1774	3235	X-RAY DIFFRACTION	95
1.87-1.91	0.2009	192	0.1806	3217	X-RAY DIFFRACTION	95
1.91-1.96	0.2167	161	0.1877	3286	X-RAY DIFFRACTION	95
1.96-2.01	0.2178	172	0.1889	3216	X-RAY DIFFRACTION	95
2.01-2.06	0.2214	150	0.1808	3237	X-RAY DIFFRACTION	95
2.06-2.12	0.1912	157	0.1755	3286	X-RAY DIFFRACTION	95
2.12-2.19	0.2078	160	0.1811	3162	X-RAY DIFFRACTION	94
2.19-2.27	0.2249	177	0.1813	3204	X-RAY DIFFRACTION	94
2.27-2.36	0.2066	171	0.1833	3140	X-RAY DIFFRACTION	92
2.36-2.47	0.207	136	0.1806	3103	X-RAY DIFFRACTION	91
2.47-2.6	0.2126	188	0.1782	3281	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6-2.76	0.2224	182	0.173	3246	X-RAY DIFFRACTION	96
2.76-2.97	0.189	145	0.1818	3258	X-RAY DIFFRACTION	95
2.97-3.27	0.2099	173	0.1687	3270	X-RAY DIFFRACTION	95
3.27-3.75	0.1616	186	0.149	3154	X-RAY DIFFRACTION	93
3.75-4.72	0.1293	130	0.1279	3107	X-RAY DIFFRACTION	91
4.72-49.25	0.1492	198	0.1405	3103	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6753	0.1963	-0.0024	2.1275	-0.1351	1.9764	-0.0009	0.025	0.0042	-0.2032	-0.0135	0.0737	0.0657	-0.1993	0.0074	0.1919	0.0266	-0.0024	0.167	-0.017	0.1243	12.8948	20.6032	52.0586
2	2.3006	0.5899	0.3168	1.4717	-0.2861	2.0644	0.0035	0.0042	0.0782	0.0586	0.0546	0.1217	-0.0026	-0.1447	-0.0379	0.1168	-0.0007	0.0208	0.1812	0.0051	0.1601	27.4159	5.7789	16.7554

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	peptide and chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	peptide and chain B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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