ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
---|
PHENIX | dev_5357精密化 | Aimless | | データスケーリング | XDS | | データ削減 | PHASER | | 位相決定 | |
|
---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→43.72 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
---|
Rfree | 0.2587 | 394 | 5.25 % |
---|
Rwork | 0.23 | - | - |
---|
obs | 0.2316 | 7508 | 99.85 % |
---|
|
---|
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
---|
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→43.72 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
---|
原子数 | 1342 | 0 | 25 | 6 | 1373 |
---|
|
---|
拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
---|
X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.003 | 1393 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.623 | 1891 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d13.017 | 505 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.049 | 221 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.005 | 235 | | | | | |
|
---|
LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
---|
3-3.43 | 0.3563 | 140 | 0.3236 | 2339 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.43-4.33 | 0.3063 | 121 | 0.2656 | 2369 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 4.33-43.72 | 0.209 | 133 | 0.1851 | 2406 | X-RAY DIFFRACTION | 100 |
|
---|
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
---|
1 | 5.771 | 1.2197 | 1.3298 | 4.1299 | -0.298 | 2.9124 | -0.2381 | -0.2133 | -0.0749 | -0.1258 | 0.1036 | 0.0274 | 0.0982 | -0.2071 | 0.1459 | 0.4285 | 0.015 | 0.0305 | 0.4991 | 0.0105 | 0.483 | 34.9029 | -34.2068 | 18.4601 | 2 | 7.0876 | -0.6526 | 0.6424 | 4.3392 | -0.8445 | 4.4756 | 0.1162 | -0.8166 | 0.0213 | 0.4281 | 0.0988 | 0.4193 | -0.1082 | -0.4951 | -0.1925 | 0.4565 | -0.0843 | 0.0392 | 0.6496 | 0.0103 | 0.4093 | 37.5899 | -31.8073 | 26.7914 |
|
---|
精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details |
---|
1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'A' and (resid 21 through 105 )2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'A' and (resid 106 through 189 ) | |
|
---|