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万見
- PDB-9c7w: human OC43 Main Protease (1-303) in complex with potent inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c7w
タイトルhuman OC43 Main Protease (1-303) in complex with potent inhibitor
要素ORF1ab polyprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / main protease / hydrolase / OC43 / protease / peptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / host cell membrane / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / omega peptidase activity / endonuclease activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade ...: / host cell membrane / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / omega peptidase activity / endonuclease activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / methyltransferase cap1 activity / cysteine-type deubiquitinase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / single-stranded RNA binding / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / proteolysis / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus HKU1-like / Coronavirus Nsp3 DPUP domain / Peptidase C30/C16, Betacoronavirus / Betacoronavirus, lineage A, NSP1 / NSP3, DPUP domain, murine hepatitis virus-like / Non-structural protein 2, MHV-like / Peptidase C16 family / Betacoronavirus, lineage A, NSP1 / DNA2/NAM7-like helicase / AAA domain ...RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus HKU1-like / Coronavirus Nsp3 DPUP domain / Peptidase C30/C16, Betacoronavirus / Betacoronavirus, lineage A, NSP1 / NSP3, DPUP domain, murine hepatitis virus-like / Non-structural protein 2, MHV-like / Peptidase C16 family / Betacoronavirus, lineage A, NSP1 / DNA2/NAM7-like helicase / AAA domain / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / : / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / : / : / Coronavirus replicase NSP7 / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ORF1ab polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human coronavirus OC43 (ヒトコロナウイルス OC43)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Tang, J.Y. / Knapp, M.S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Identification of Potent, Broad-Spectrum Coronavirus Main Protease Inhibitors for Pandemic Preparedness.
著者: Barkan, D.T. / Garland, K. / Zhang, L. / Eastman, R.T. / Hesse, M. / Knapp, M. / Ornelas, E. / Tang, J. / Cortopassi, W.A. / Wang, Y. / King, F. / Jia, W. / Nguyen, Z. / Frank, A.O. / Chan, R. ...著者: Barkan, D.T. / Garland, K. / Zhang, L. / Eastman, R.T. / Hesse, M. / Knapp, M. / Ornelas, E. / Tang, J. / Cortopassi, W.A. / Wang, Y. / King, F. / Jia, W. / Nguyen, Z. / Frank, A.O. / Chan, R. / Fang, E. / Fuller, D. / Busby, S. / Carias, H. / Donahue, K. / Tandeske, L. / Diagana, T.T. / Jarrousse, N. / Moser, H. / Sarko, C. / Dovala, D. / Moquin, S. / Marx, V.M.
履歴
登録2024年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF1ab polyprotein
B: ORF1ab polyprotein
C: ORF1ab polyprotein
D: ORF1ab polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,1128
ポリマ－131,8514
非ポリマー1,2614
水11,926662
1
A: ORF1ab polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2782
ポリマ－32,9631
非ポリマー3151
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ORF1ab polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2782
ポリマ－32,9631
非ポリマー3151
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: ORF1ab polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2782
ポリマ－32,9631
非ポリマー3151
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: ORF1ab polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2782
ポリマ－32,9631
非ポリマー3151
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.245, 129.805, 140.074
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
ORF1ab polyprotein


分子量: 32962.727 Da / 分子数: 4 / 変異: P3460L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human coronavirus OC43 (ヒトコロナウイルス OC43)
遺伝子: Pp1ab
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: U3M6R3
#2: 化合物
ChemComp-A1AUY / (8S)-3-(4,4-difluorocyclohexyl)-5-(pyrimidin-2-yl)pyrazolo[1,5-a]pyrimidine


分子量: 315.321 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15F2N5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 662 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 8% EG, 10% PEG 8K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 2.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→95.21 Å / Num. obs: 73340 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.133 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.08→2.087 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.895 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2188 / CC1/2: 0.291 / Rpim(I) all: 0.58 / % possible all: 84.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.08→70.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU R Cruickshank DPI: 0.245 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.258 / SU Rfree Blow DPI: 0.192 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.189
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2459 3582 -RANDOM
Rwork0.2142 ---
obs0.2158 72700 97.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.4119 Å20 Å20 Å2
2--0.6091 Å20 Å2
3---1.8028 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→70.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9070 0 92 662 9824
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0089506HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg113017HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3119SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1598HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9450HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1242SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies10HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8972SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.76
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.77
LS精密化 シェル解像度: 2.08→2.1 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3188 91 -
Rwork0.3118 --
obs0.3123 1454 80.93 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.140.22610.23390.42610.07081.0666-0.04180.04790.11080.0479-0.0417-0.06310.1108-0.06310.0834-0.0512-0.00410.0124-0.0253-0.02410.0502-13.6429-14.245433.3079
20.50580.4398-0.54220.477-0.27670.95330.09120.0706-0.16080.0706-0.08870.0366-0.16080.0366-0.0025-0.0201-0.0596-0.0182-0.01780.00180.0155-20.6392-48.362534.1037
30.2207-0.1527-0.40041.2884-0.29570.693-0.025-0.14180.0371-0.1418-0.02360.00650.03710.00650.0486-0.05780.01270.0013-0.0866-0.02290.0867-0.62741.484716.923
40.32910.15580.4251.083-0.02490.7171-0.02240.1076-0.0510.1076-0.0209-0.0296-0.051-0.02960.0433-0.04170.0008-0.0228-0.0746-0.00810.0658-34.0407-0.370851.3923
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 298
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A301
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 298
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B301
5X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C1 - 298
6X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C301
7X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D1 - 298
8X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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