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- PDB-9c7f: Human monoclonal antibody MAD24-01 bound to the N-terminus of cle... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c7f
タイトルHuman monoclonal antibody MAD24-01 bound to the N-terminus of cleaved circumsporozoite protein
要素
  • Circumsporozoite protein
  • Monoclonal antibody MAD24-01 Fab Heavy Chain
  • Monoclonal antibody MAD24-01 Fab Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / malaria
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell surface binding / symbiont entry into host / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / heparan sulfate proteoglycan binding / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Plasmodium circumsporozoite protein / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat
類似検索 - ドメイン・相同性
Circumsporozoite protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Moskovitz, R. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationDAC-1601-INV-056202 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Protective antibodies target cryptic epitope unmasked by cleavage of malaria sporozoite protein.
著者: Dacon, C. / Moskovitz, R. / Swearingen, K. / Da Silva Pereira, L. / Flores-Garcia, Y. / Aleshnick, M. / Kanatani, S. / Flynn, B. / Molina-Cruz, A. / Wollenberg, K. / Traver, M. / Kirtley, P. ...著者: Dacon, C. / Moskovitz, R. / Swearingen, K. / Da Silva Pereira, L. / Flores-Garcia, Y. / Aleshnick, M. / Kanatani, S. / Flynn, B. / Molina-Cruz, A. / Wollenberg, K. / Traver, M. / Kirtley, P. / Purser, L. / Dillon, M. / Bonilla, B. / Franco, A. / Petros, S. / Kritzberg, J. / Tucker, C. / Paez, G.G. / Gupta, P. / Shears, M.J. / Pazzi, J. / Edgar, J.M. / Teng, A.A. / Belmonte, A. / Oda, K. / Doumbo, S. / Krymskaya, L. / Skinner, J. / Li, S. / Ghosal, S. / Kayentao, K. / Ongoiba, A. / Vaughan, A. / Campo, J.J. / Traore, B. / Barillas-Mury, C. / Wijayalath, W. / Idris, A. / Crompton, P.D. / Sinnis, P. / Wilder, B.K. / Zavala, F. / Seder, R.A. / Wilson, I.A. / Tan, J.
履歴
登録2024年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
H: Monoclonal antibody MAD24-01 Fab Heavy Chain
L: Monoclonal antibody MAD24-01 Fab Light Chain
A: Monoclonal antibody MAD24-01 Fab Heavy Chain
B: Monoclonal antibody MAD24-01 Fab Light Chain
C: Monoclonal antibody MAD24-01 Fab Heavy Chain
D: Monoclonal antibody MAD24-01 Fab Light Chain
E: Monoclonal antibody MAD24-01 Fab Heavy Chain
F: Monoclonal antibody MAD24-01 Fab Light Chain
Q: Circumsporozoite protein
G: Circumsporozoite protein
I: Circumsporozoite protein
J: Circumsporozoite protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,68916
ポリマ－196,40612
非ポリマー2,2824
水25,4731414
1
H: Monoclonal antibody MAD24-01 Fab Heavy Chain
L: Monoclonal antibody MAD24-01 Fab Light Chain
J: Circumsporozoite protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6724
ポリマ－49,1023
非ポリマー5711
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Monoclonal antibody MAD24-01 Fab Heavy Chain
B: Monoclonal antibody MAD24-01 Fab Light Chain
G: Circumsporozoite protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6724
ポリマ－49,1023
非ポリマー5711
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Monoclonal antibody MAD24-01 Fab Heavy Chain
D: Monoclonal antibody MAD24-01 Fab Light Chain
I: Circumsporozoite protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6724
ポリマ－49,1023
非ポリマー5711
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
E: Monoclonal antibody MAD24-01 Fab Heavy Chain
F: Monoclonal antibody MAD24-01 Fab Light Chain
Q: Circumsporozoite protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6724
ポリマ－49,1023
非ポリマー5711
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.541, 88.320, 168.952
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 89.745, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 6 or resid 8...
d_2ens_1(chain "C" and (resid 1 through 6 or resid 8...
d_3ens_1(chain "E" and (resid 1 through 6 or resid 8...
d_4ens_1(chain "H" and (resid 1 through 6 or resid 8...
d_1ens_2(chain "B" and (resid 1 through 11 or resid 13...
d_2ens_2(chain "D" and (resid 1 through 11 or resid 13...
d_3ens_2(chain "F" and (resid 1 through 11 or resid 13...
d_4ens_2(chain "L" and (resid 1 through 11 or resid 13...
d_1ens_3chain "G"
d_2ens_3chain "I"
d_3ens_3chain "J"
d_4ens_3chain "Q"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1PCAPCAGLUGLUAC1 - 61 - 6
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d_13ens_1CYSCYSVALVALAC22 - 4822 - 48
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d_15ens_1SERSERPROPROAC180 - 185189 - 194
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d_22ens_1GLYGLYLEULEUCE8 - 208 - 20
d_23ens_1CYSCYSVALVALCE22 - 4822 - 48
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d_33ens_1CYSCYSVALVALEG22 - 4822 - 48
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d_35ens_1SERSERPROPROEG180 - 185189 - 194
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d_16ens_2LEULEUPROPROBD73 - 11373 - 113
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d_28ens_2NAGNAGNAGNAGNO1
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d_48ens_2NAGNAGNAGNAGKM1
d_11ens_3PCAPCAASPASPGJ12 - 191 - 8
d_21ens_3PCAPCAASPASPIK196 - 2031 - 8
d_31ens_3PCAPCAASPASPJL310 - 3171 - 8
d_41ens_3PCAPCAASPASPQI3 - 101 - 8

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999265773625, -0.0278053299047, 0.0263586283965), (0.0293814234081, -0.997679222636, 0.0614239422214), (0.0245895429109, 0.0621532971643, 0.997763660408)110.910905259, -78.33865672, 42.95783417
2given(0.999466029567, 0.0212375480132, -0.0248318806349), (0.0230685850019, -0.996845569213, 0.0759391304034), (-0.0231407892581, -0.0764714175022, -0.996803203334)-36.1559220091, -120.530744453, 40.9693309013
3given(-0.99972285139, -0.0158494473071, 0.0174073383532), (-0.0163540776726, 0.999438617492, -0.0292402806044), (-0.0169341238913, -0.0295168576648, -0.99942082756)74.1712059397, 43.7784650513, 84.4482088706
4given(-0.999495815893, -0.0309048561288, 0.00728037640807), (0.0312629639979, -0.997958618132, 0.0556886306061), (0.00554446526279, 0.0558881594291, 0.998421640661)111.4335529, -78.0266740514, 43.5861281906
5given(0.999764756504, 0.0216887048485, -0.000178140917774), (0.021637676327, -0.99677817723, 0.0772339068095), (0.00149753642978, -0.0772195925908, -0.997012984823)-36.9415100571, -120.181655063, 39.8431604391
6given(-0.999815583456, -0.0188638903146, 0.00359898889229), (-0.0189476349251, 0.999511387762, -0.0248590599979), (-0.00312829180115, -0.0249226679036, -0.999684487433)74.470743236, 43.5518496886, 83.9120062717
7given(-0.999905841756, -0.0115276531697, 0.00744451702745), (0.0118978549976, -0.998588504703, 0.0517633009128), (0.00683729974684, 0.0518470007554, 0.998631633709)112.954266618, -77.0795084031, 43.0590166414
8given(-0.999771554191, 0.0185468720038, 0.010623227788), (0.0184082526065, 0.999746020927, -0.0130011490703), (-0.0108616603582, -0.0128026239517, -0.999859048643)76.6767143065, 41.2422620985, 85.2622098817
9given(0.99578344245, -0.0533884573523, -0.0745989836596), (-0.0415312803463, -0.987458621842, 0.152317506879), (-0.0817954063154, -0.148577060042, -0.985512236725)-39.7425767532, -117.855595976, 40.159951977

-
要素

#1: 抗体
Monoclonal antibody MAD24-01 Fab Heavy Chain


分子量: 23996.875 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体
Monoclonal antibody MAD24-01 Fab Light Chain


分子量: 23275.926 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド
Circumsporozoite protein / CS / PfCSP


分子量: 1828.804 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q7K740
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.55 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 20% PEG 3350 and 0.2 M potassium fluoride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→45 Å / Num. obs: 192978 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 20.3 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.183 / Rpim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 3.6
反射 シェル解像度: 1.82→1.84 Å / Rmerge(I) obs: 1.024 / Num. unique obs: 9564 / CC1/2: 0.306 / Rpim(I) all: 0.482

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21rc1_5127精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.82→45 Å / SU ML: 0.2387 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.4468
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2383 9529 4.97 %
Rwork0.2106 182235 -
obs0.2119 191764 97.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13448 0 152 1414 15014
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003914062
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.820519150
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04742168
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00512452
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.50245018
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2CAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.10153805877
ens_1d_3CAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.986316787454
ens_1d_4CAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.450271217525
ens_2d_2DBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.910498205115
ens_2d_3DBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.855497042173
ens_2d_4DBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.60683323078
ens_3d_2JGX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.480134076886
ens_3d_3JGX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.567760215785
ens_3d_4JGX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.25819756723
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.82-1.840.38681390.36812930X-RAY DIFFRACTION46.87
1.84-1.860.35993180.35316054X-RAY DIFFRACTION97.58
1.86-1.880.33883270.33866051X-RAY DIFFRACTION98.68
1.88-1.910.33533420.3186116X-RAY DIFFRACTION98.61
1.91-1.930.34083150.30296108X-RAY DIFFRACTION98.97
1.93-1.960.29412960.29586213X-RAY DIFFRACTION98.98
1.96-1.990.31973220.28416108X-RAY DIFFRACTION99.17
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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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